RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 LCE5AQ5TCM9 118 aa7.15□□□□□ -1.27
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP19-3Q7Z4W3 81 aa7.1□□□□□ -1.27
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP19-5Q3LI72 72 aa7.04□□□□□ -1.28
CLN3-260ENST00000637578 LCE3AQ5TA76 89 aa7.03□□□□□ -1.28
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP25-1Q3LHN0 102 aa6.99□□□□□ -1.29
CLN3-260ENST00000637578 DSTQ03001 7570 aaKnown RBP6.99□□□□□ -1.29
CLN3-260ENST00000637578 MT1GP13640 62 aa6.95□□□□□ -1.3
CLN3-260ENST00000637578 ROMO1P60602 79 aa6.9□□□□□ -1.31
CLN3-260ENST00000637578 BRK1Q8WUW1 75 aa6.88□□□□□ -1.31
CLN3-260ENST00000637578 PP632Q6XCG6 107 aa6.86□□□□□ -1.31
CLN3-260ENST00000637578 MT1LQ93083 61 aa6.86□□□□□ -1.31
CLN3-260ENST00000637578 MT1MQ8N339 61 aa6.82□□□□□ -1.32
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP12-3P60328 96 aa6.75□□□□□ -1.33
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP23-1A1A580 65 aa6.74□□□□□ -1.33
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP4-9Q9BYQ8 210 aa6.72□□□□□ -1.33
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP4-3Q9BYR4 195 aa6.65□□□□□ -1.35
CLN3-260ENST00000637578 LCE4AQ5TA78 99 aa6.61□□□□□ -1.35
CLN3-260ENST00000637578 LCE1DQ5T752 114 aa6.6□□□□□ -1.35
CLN3-260ENST00000637578 GPR98Q8WXG9 6306 aa6.54□□□□□ -1.36
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-4Q6L8H1 288 aa6.53□□□□□ -1.36
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP4-7Q9BYR0 210 aa6.51□□□□□ -1.37
CLN3-260ENST00000637578 MT4P47944 62 aa6.49□□□□□ -1.37
CLN3-260ENST00000637578 HMCN1Q96RW7 5635 aa6.49□□□□□ -1.37
CLN3-260ENST00000637578 PMAIP1Q13794 54 aa6.48□□□□□ -1.37
CLN3-260ENST00000637578 PRO0628Q9UI54 55 aa6.46□□□□□ -1.38
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP15-1Q3LI76 137 aa6.45□□□□□ -1.38
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP4-6Q9BYQ5 205 aa6.35□□□□□ -1.39
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP19-4Q3LI73 84 aa6.34□□□□□ -1.39
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-5Q701N2 237 aaPredicted RBP6.29□□□□□ -1.4
CLN3-260ENST00000637578 AHNAK2Q8IVF2 5795 aa6.27□□□□□ -1.41
CLN3-260ENST00000637578 LCE3CQ5T5A8 94 aa6.26□□□□□ -1.41
CLN3-260ENST00000637578 PRAC1Q96KF2 57 aa6.18□□□□□ -1.42
CLN3-260ENST00000637578 LOC100996750A0A140TA64 210 aa6.16□□□□□ -1.42
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-10Q6L8G5 202 aa6.14□□□□□ -1.43
CLN3-260ENST00000637578 SPRR5A0A1B0GTR4 108 aa6.13□□□□□ -1.43
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP20-2Q3LI61 65 aa6.13□□□□□ -1.43
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP12-4P60329 112 aa6.07□□□□□ -1.44
CLN3-260ENST00000637578 SYNE1Q8NF91 8797 aaKnown RBP6.01□□□□□ -1.45
CLN3-260ENST00000637578 KTN1-AS1Q86SY8 53 aa6□□□□□ -1.45
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-3Q6L8H2 238 aa5.99□□□□□ -1.45
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP9-6A8MVA2 160 aa5.93□□□□□ -1.46
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-7Q6L8G8 165 aa5.9□□□□□ -1.46
CLN3-260ENST00000637578 MT1AP04731 61 aa5.84□□□□□ -1.48
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP6-1Q3LI64 71 aa5.8□□□□□ -1.48
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-2Q701N4 177 aa5.73□□□□□ -1.49
CLN3-260ENST00000637578 H3BS24 57 aa5.72□□□□□ -1.49
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP9-4Q9BYQ2 154 aa5.64□□□□□ -1.51
CLN3-260ENST00000637578 A0A0A0MQY5 61 aa5.6□□□□□ -1.51
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP4-11Q9BYQ6 195 aa5.59□□□□□ -1.51
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP6-2Q3LI66 62 aa5.52□□□□□ -1.53
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-8O75690 187 aa5.42□□□□□ -1.54
CLN3-260ENST00000637578 MT3P25713 68 aa5.33□□□□□ -1.56
CLN3-260ENST00000637578 OBSCNQ5VST9 7968 aa5.3□□□□□ -1.56
CLN3-260ENST00000637578 AHNAKQ09666 5890 aaKnown RBP5.15□□□□□ -1.59
CLN3-260ENST00000637578 MUC5BQ9HC84 5762 aaPredicted RBP5.13□□□□□ -1.59
CLN3-260ENST00000637578 MUC5ACP98088 5654 aa5.13□□□□□ -1.59
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-1Q6L8H4 278 aa5.13□□□□□ -1.59
CLN3-260ENST00000637578 LUZP6Q538Z0 58 aa5.09□□□□□ -1.59
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP9-9Q9BYP9 154 aa5.09□□□□□ -1.59
CLN3-260ENST00000637578 LCE1EQ5T753 118 aa4.92□□□□□ -1.62
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP4-2Q9BYR5 136 aa4.65□□□□□ -1.67
CLN3-260ENST00000637578 NDUFAF8A1L188 74 aa4.61□□□□□ -1.67
CLN3-260ENST00000637578 LCE3DQ9BYE3 92 aa4.59□□□□□ -1.67
CLN3-260ENST00000637578 LCE1CQ5T751 118 aa4.57□□□□□ -1.68
CLN3-260ENST00000637578 LCE1BQ5T7P3 118 aa4.57□□□□□ -1.68
CLN3-260ENST00000637578 LCE3EQ5T5B0 92 aa4.4□□□□□ -1.71
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-6Q6L8G9 129 aaPredicted RBP4.18□□□□□ -1.74
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP4-12Q9BQ66 201 aa4.14□□□□□ -1.75
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP5-11Q6L8G4 156 aa4.13□□□□□ -1.75
CLN3-260ENST00000637578 LCE1FQ5T754 118 aa4.02□□□□□ -1.77
CLN3-260ENST00000637578 INE1O15225 51 aa3.89□□□□□ -1.79
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP21-2Q3LI59 83 aa3.85□□□□□ -1.79
CLN3-260ENST00000637578 PHGR1C9JFL3 82 aa3.57□□□□□ -1.84
CLN3-260ENST00000637578 PRM1P04553 51 aa3.57□□□□□ -1.84
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP4-4Q9BYR3 166 aa3.46□□□□□ -1.86
CLN3-260ENST00000637578 MUC19Q7Z5P9 8384 aa3.27□□□□□ -1.89
CLN3-260ENST00000637578 KRTAP21-1Q3LI58 79 aa2.7□□□□□ -1.98
CLN3-260ENST00000637578 MUC16Q8WXI7 14507 aa2.37□□□□□ -2.03
Retrieved 78 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.6 ms