RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	ERAS	Q7Z444	233 aa		7.21	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		7.21	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ALKBH7	Q9BT30	221 aa	Predicted RBP	7.21	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		7.21	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV5-45	A0A087WSX0	123 aa		7.2	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM1	B2RUZ4	78 aa		7.2	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS2	P07478	247 aa		7.2	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	SEC11A	P67812	179 aa		7.2	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00469	Q8N7U9	141 aa		7.2	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	GNB1L	Q9BYB4	327 aa		7.2	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464		F8VRH5	84 aa		7.19	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CKS1B	P61024	79 aa		7.19	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2B	P63146	152 aa		7.19	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		7.19	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PAPPA-AS1	Q5QFB9	102 aa		7.19	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	SEC11C	Q9BY50	192 aa		7.19	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		7.19	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	G0S2	P27469	103 aa		7.18	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	C10orf91	Q5T1B1	145 aa		7.18	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	SCGB3A1	Q96QR1	104 aa		7.18	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	C22orf24	Q9Y442	160 aa		7.18	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TINCR	A0A1B0GVN0	87 aa		7.17	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CST9L	Q9H4G1	147 aa		7.17	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	GEMIN7	Q9H840	131 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV1-50	A0A075B6I6	118 aa		7.16	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A096LNJ9	63 aa		7.16	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CXCL5	P42830	114 aa		7.16	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PDZD11	Q5EBL8	140 aa		7.16	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01549	A6NIU2	74 aa		7.15	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	COMMD7	Q86VX2	200 aa		7.15	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	COX7B2	Q8TF08	81 aa		7.15	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	URB1-AS1	Q96HZ7	61 aa		7.15	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	TP73-AS1	Q9UF72	201 aa		7.15	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CARHSP1	Q9Y2V2	147 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF861P	O60384	105 aa		7.14	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	S100P	P25815	95 aa		7.14	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL18	Q9H0U6	180 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	NUPR1	O60356	82 aa		7.13	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SPINK8	P0C7L1	97 aa		7.13	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PMVK	Q15126	192 aa		7.13	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	COX19	Q49B96	90 aa		7.13	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV5-37	A0A075B6J1	123 aa		7.12	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FABP9	Q0Z7S8	132 aa		7.12	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RHEB	Q15382	184 aa		7.12	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	7.12	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FA2H	Q7L5A8	372 aa		7.12	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	7.12	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV5-39	A0A0G2JS06	123 aa		7.11	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLC3	P0DOY3	106 aa		7.11	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00167	Q96N53	147 aa		7.11	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	BCE1	O60756	84 aa		7.1	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP13-1	Q8IUC0	172 aa		7.1	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	C18orf32	Q8TCD1	76 aa		7.1	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS10P5	Q9NQ39	176 aa		7.1	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF22	P17026	224 aa	Predicted RBP	7.09	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL13A	P40429	203 aa	Known RBP	7.09	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SMCO4	Q9NRQ5	59 aa		7.09	□□□□□ -1.27
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087X002	238 aa		7.08	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL37AP8	A6NKH3	93 aa		7.08	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB5B	P61020	215 aa		7.08	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	GAGE10	A6NGK3	116 aa		7.07	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	SCO1	O75880	301 aa		7.07	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PMCHL1	Q16048	86 aa		7.07	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BRM9	83 aa		7.06	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	HBD	P02042	147 aa		7.06	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00614	P0C842	121 aa		7.06	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RPL28	P46779	137 aa	Known RBP	7.06	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464		Q8NDZ9	215 aa		7.06	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAPPC1	Q9Y5R8	145 aa		7.06	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	C11orf86	A6NJI1	115 aa		7.05	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP5L	O75964	103 aa		7.05	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	VPREB1	P12018	145 aa		7.05	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	YPEL4	Q96NS1	127 aa		7.05	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PFN2	P35080	140 aa		7.04	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP13-2	Q52LG2	175 aa		7.04	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		7.04	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFA6	P56556	154 aa		7.03	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NKAPP1	Q8N9T2	125 aa		7.03	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF625	Q96I27	306 aa	Predicted RBP	7.03	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		7.03	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ERG28	Q9UKR5	140 aa		7.03	□□□□□ -1.28
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV2-28	A0A075B6P5	120 aa		7.02	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV2D-28	P01615	120 aa		7.02	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	APOC3	P02656	99 aa		7.02	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	BAGE3	Q86Y29	109 aa		7.02	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	MUC2	Q02817	5179 aa		7	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM238	C9JI98	176 aa		7	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464		M0R378	163 aa		7	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	CRYGA	P11844	174 aa		7	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	COX17	Q14061	63 aa		7	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR4	Q16378	134 aa		7	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM126A	Q9H061	195 aa		7	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SNAPIN	O95295	136 aa		6.99	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2A	P49459	152 aa		6.99	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM170B	Q5T4T1	132 aa		6.99	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	SVBP	Q8N300	66 aa		6.99	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		6.99	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV12-1	A0A0B4J245	112 aa		6.98	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPAN13	O95857	204 aa		6.98	□□□□□ -1.29
PTPRF-211	ENST00000467464	PRLH	P81277	87 aa		6.98	□□□□□ -1.29

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 146 ms