RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489537.5

SF3A3-208, Transcript of splicing factor 3a subunit 3, human

TSL 4

Gene SF3A3, Length 891 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SF3A3-208	ENST00000489537	C16orf54	Q6UWD8	224 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	RBPMS2	Q6ZRY4	209 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	C19orf35	Q6ZS72	473 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537		Q8N2B8	174 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	RNF152	Q8N8N0	203 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	NUDT10	Q8NFP7	164 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	OR4X2	Q8NGF9	303 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	FRZB	Q92765	325 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	HIST1H2BH	Q93079	126 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	NUDT11	Q96G61	164 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	UBE2E2	Q96LR5	201 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	LINC00477	Q96M19	166 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	MS4A10	Q96PG2	267 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	HIST1H2BN	Q99877	126 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	HIST1H2BM	Q99879	126 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	ASCL2	Q99929	193 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	ABCA1	O95477	2261 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	WNK2	Q9Y3S1	2297 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	C19orf71	A6NCJ1	209 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	INAFM1	C9JVW0	142 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	CD5L	O43866	347 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	IGHV4-59	P01825	116 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	RAB4A	P20338	218 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PSMB8	P28062	276 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	NDUFA6	P56556	154 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PAFAH1B2	P68402	229 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	HBB	P68871	147 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	S100A12	P80511	92 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	HIST1H1A	Q02539	215 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	SMUG1	Q53HV7	270 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	OR10J3	Q5JRS4	329 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	LEMD1	Q68G75	181 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PRNT	Q86SH4	94 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	ZFP82	Q8N141	532 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	TMEM18	Q96B42	140 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	NRN1	Q9NPD7	142 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	ATR	Q13535	2644 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	IGHV7-4-1	A0A0J9YVY3	117 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PGPEP1L	A6NFU8	196 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	FABP5P3	A8MUU1	101 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	HIGD1C	A8MV81	97 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	SNURFL	B1AK76	121 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537		F2Z2F3	143 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	SLC17A3	O00476	420 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	CHEK1	O14757	476 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	IGHV3-23	P01764	117 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	LGALS1	P09382	135 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	CRISP2	P16562	243 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	RAB4B	P61018	213 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	BLCAP	P62952	87 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	GNG5	P63218	68 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537		Q0VG73	95 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	OR5I1	Q13606	314 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	LCN12	Q6JVE5	192 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PRR27	Q6MZM9	219 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	EXOC3-AS1	Q8N2X6	119 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	OR10J6P	Q8NGY7	276 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	ZNF418	Q8TF45	676 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	C16orf92	Q96LL3	132 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PRR25	Q96S07	402 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	RNASE7	Q9H1E1	156 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	AURKAIP1	Q9NWT8	199 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PEMT	Q9UBM1	199 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	COL6A5	A8TX70	2615 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	HIVEP2	P31629	2446 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PRPF8	Q6P2Q9	2335 aa	Known RBP eCLIP	4.88	□□□□□ -1.63	2e-7	■■■□□ 18.7
SF3A3-208	ENST00000489537	TRAV2	A0A0B4J234	112 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	TRAV34	A0A0B4J273	112 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537		A0A1B0GUT8	65 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	CLPSL1	A2RUU4	121 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	TMEM189	A5PLL7	270 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	LINC01548	A6NM66	108 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537		A8MWP6	167 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	IGLV2-11	P01706	119 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	APCS	P02743	223 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PMCH	P20382	165 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	ZNF138	P52744	262 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	CMC4	P56277	68 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	SNRPD3	P62318	126 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	C9orf47	Q6ZRZ4	202 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	NUP35	Q8NFH5	326 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	OR2D3	Q8NGH3	330 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	MYOZ3	Q8TDC0	251 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	GLMP	Q8WWB7	406 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	NEU1	Q99519	415 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	SMPX	Q9UHP9	88 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537		S4R3C0	116 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	ANK2	Q01484	3957 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	ARHGAP32	A7KAX9	2087 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	PHOX2A	O14813	284 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	ESD	P10768	282 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	TSPO	P30536	169 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	UNQ5830/PRO19650/PRO19816	Q6UY13	95 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	BAGE3	Q86Y29	109 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	LINC00518	Q8N0U6	118 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3A3-208	ENST00000489537	LINC00479	Q96M42	142 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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