RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	CACNA1F	O60840	1977 aa		33.11	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	COPS6	Q7L5N1	327 aa		33.11	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		33.11	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	33.1	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		33.1	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	33.1	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	GPT	P24298	496 aa		33.1	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	33.1	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	33.1	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		33.1	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		33.09	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	33.09	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	33.09	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	33.09	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		33.09	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	STYK1	Q6J9G0	422 aa		33.08	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	33.08	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		33.08	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		33.08	■■■□□ 2.89
NME3-208	ENST00000565379	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		33.07	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	33.07	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	MASTL	Q96GX5	879 aa		33.07	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		33.06	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	33.06	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	IFFO2	Q5TF58	517 aa		33.06	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	33.06	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	LMNB1	P20700	586 aa		33.05	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	FLII	Q13045	1269 aa		33.05	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		33.05	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		33.05	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	33.04	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	ERFE	Q4G0M1	354 aa		33.04	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	CNKSR1	Q969H4	720 aa		33.04	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	RRAGC	Q9HB90	399 aa		33.04	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		33.04	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	33.03	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		33.03	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	SUSD4	Q5VX71	490 aa		33.03	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	OLFM4	Q6UX06	510 aa		33.03	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	PTPRC	P08575	1304 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	FSTL1	Q12841	308 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	DNAJC5G	Q8N7S2	189 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		33.02	■■■□□ 2.88
NME3-208	ENST00000565379	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		33.01	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	KIF16B	Q96L93	1317 aa		33.01	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	NPR1	P16066	1061 aa		33	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	33	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	KSR2	Q6VAB6	950 aa		33	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	33	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	G2E3	Q7L622	706 aa		33	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		33	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	32.99	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		32.99	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		32.99	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		32.99	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		32.98	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	SLC51A	Q86UW1	340 aa		32.98	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	NTSR2	O95665	410 aa		32.97	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	32.96	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		32.96	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	NYX	Q9GZU5	481 aa		32.96	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		32.95	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		32.95	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		32.95	■■■□□ 2.87
NME3-208	ENST00000565379	GLTPD2	A6NH11	291 aa		32.94	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	32.94	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	BCAR3	O75815	825 aa		32.93	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	TCIRG1	Q13488	830 aa		32.93	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		32.93	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	CRY2	Q49AN0	593 aa		32.92	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	32.92	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	32.92	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	32.92	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		32.92	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	32.9	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	32.9	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	PARP10	Q53GL7	1025 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	CCDC93	Q567U6	631 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	SYNE4	Q8N205	404 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		32.89	■■■□□ 2.86
NME3-208	ENST00000565379	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		32.88	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	32.88	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		32.87	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	WDR90	Q96KV7	1748 aa		32.87	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	SOGA3	Q5TF21	947 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	NLRP10	Q86W26	655 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	32.86	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	32.86	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	32.85	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	MYD88	Q99836	296 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	SNED1	Q8TER0	1413 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		32.84	■■■□□ 2.85
NME3-208	ENST00000565379	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	32.84	■■■□□ 2.85

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