RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271	IL17RE	Q8NFR9	667 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	28.76	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	MRC1	P22897	1456 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	NEFM	P07197	916 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	28.74	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		28.73	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	ANP32C	O43423	234 aa		28.71	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	28.71	■■■□□ 2.19
NME3-210	ENST00000567271	ATP6V1A	P38606	617 aa		28.7	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	28.7	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	28.7	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	28.7	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	28.69	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		28.69	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		28.69	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	C5	P01031	1676 aa		28.68	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	TEF	Q10587	303 aa		28.68	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	ITPK1	Q13572	414 aa		28.68	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	28.68	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		28.68	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		28.68	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		28.67	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	28.66	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	NFE2L2	Q16236	605 aa		28.66	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		28.66	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		28.66	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	CASZ1	Q86V15	1759 aa		28.65	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	SLC39A6	Q13433	755 aa		28.65	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	MCM10	Q7L590	875 aa		28.65	■■■□□ 2.18
NME3-210	ENST00000567271	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		28.64	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	DCTN1	Q14203	1278 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	CCDC184	Q52MB2	194 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		28.63	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	C4B	P0C0L5	1744 aa		28.62	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	AK7	Q96M32	723 aa		28.61	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	LRP5	O75197	1615 aa		28.6	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	28.6	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	ZBTB7A	O95365	584 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	RUNDC1	Q96C34	613 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	SPON1	Q9HCB6	807 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		28.59	■■■□□ 2.17
NME3-210	ENST00000567271	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	BTBD11	A6QL63	1104 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	ZNF790	Q6PG37	636 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	28.57	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	KCP	Q6ZWJ8	1503 aa		28.57	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	28.56	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	RIPK4	P57078	832 aa		28.56	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		28.56	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	MTFR1L	Q9H019	292 aa		28.56	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	28.55	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		28.55	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		28.55	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	28.55	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		28.54	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		28.54	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	UBR2	Q8IWV8	1755 aa		28.53	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	28.53	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	GNPAT	O15228	680 aa		28.53	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	28.53	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	MRS2	Q9HD23	443 aa		28.53	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	28.53	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	SSFA2	P28290	1259 aa		28.52	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	SMIM5	Q71RC9	77 aa		28.52	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		28.52	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	28.52	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	28.52	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	28.52	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	TJP1	Q07157	1748 aa		28.52	■■■□□ 2.16
NME3-210	ENST00000567271	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		28.51	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	MSH5	O43196	834 aa		28.51	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	KCNQ3	O43525	872 aa		28.51	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	28.51	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	28.5	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	PHF14	O94880	888 aa		28.5	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	PTGER2	P43116	358 aa		28.5	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	28.5	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		28.49	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		28.49	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	28.49	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	RPS6KA4	O75676	772 aa		28.48	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	28.48	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	NEUROD2	Q15784	382 aa		28.48	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		28.48	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		28.48	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	28.47	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		28.47	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	MYH14	Q7Z406	1995 aa	Known RBP	28.46	■■■□□ 2.15
NME3-210	ENST00000567271	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		28.45	■■■□□ 2.14
NME3-210	ENST00000567271	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		28.45	■■■□□ 2.14
NME3-210	ENST00000567271	APAF1	O14727	1248 aa		28.44	■■■□□ 2.14
NME3-210	ENST00000567271	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	28.44	■■■□□ 2.14
NME3-210	ENST00000567271	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		28.44	■■■□□ 2.14
NME3-210	ENST00000567271	ADRA2B	P18089	450 aa		28.43	■■■□□ 2.14
NME3-210	ENST00000567271	STARD3NL	O95772	234 aa		28.42	■■■□□ 2.14
NME3-210	ENST00000567271	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	28.42	■■■□□ 2.14
NME3-210	ENST00000567271	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	28.42	■■■□□ 2.14

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