RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		12.35	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	TXNRD1	Q16881	649 aa		12.35	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		12.35	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	ZSWIM6	Q9HCJ5	1215 aa		12.35	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	STK32B	Q9NY57	414 aa		12.35	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	TONSL	Q96HA7	1378 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	EXOC5	O00471	708 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	PTGER2	P43116	358 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP4-213	ENST00000488520	NFAT5	O94916	1531 aa		12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	HOXB1	P14653	301 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	SLC15A2	Q16348	729 aa		12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	MARVELD3	Q96A59	401 aa		12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	EVC2	Q86UK5	1308 aa		12.33	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		12.32	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	FOXK1	P85037	733 aa		12.32	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		12.32	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	CRISPLD2	Q9H0B8	497 aa		12.32	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	BCL9	O00512	1426 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	PAPPA	Q13219	1627 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	EMP3	P54852	163 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	ZNF784	Q8NCA9	323 aa	Predicted RBP	12.31	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	SYT17	Q9BSW7	474 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	USP54	Q70EL1	1684 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	TNS2	Q63HR2	1409 aa		12.3	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	12.3	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	PDE4A	P27815	886 aa		12.29	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	DSG2	Q14126	1118 aa		12.29	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	12.29	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		12.29	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	CCDC7	Q96M83	1385 aa		12.29	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	ABCC6	O95255	1503 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	SLC34A2	O95436	690 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	GPR153	Q6NV75	609 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	PLPP6	Q8IY26	295 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	CFAP44	Q96MT7	982 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	MTFR1L	Q9H019	292 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	12.28	□□□□□ -0.44
USP4-213	ENST00000488520	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	12.27	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	ARX	Q96QS3	562 aa		12.27	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	LY75	O60449	1722 aa		12.27	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		12.27	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	PCDH10	Q9P2E7	1040 aa		12.26	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	12.26	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		12.25	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	ZNF827	Q17R98	1081 aa		12.25	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	IL2RB	P14784	551 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	ERBB3	P21860	1342 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	12.24	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	ARSI	Q5FYB1	569 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R15B	Q5SWA1	713 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	NME9	Q86XW9	330 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		12.23	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	FAM205C	A6NFA0	338 aa		12.23	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	GPR162	Q16538	588 aa		12.23	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	TMC1	Q8TDI8	760 aa		12.23	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		12.23	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	12.22	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		12.21	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	USP31	Q70CQ4	1352 aa		12.21	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	ITGB4	P16144	1822 aa		12.21	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	KCNQ4	P56696	695 aa		12.21	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	C1QTNF8	P60827	252 aa		12.21	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	12.21	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	12.21	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	PCDHGA4	Q9Y5G9	962 aa		12.21	□□□□□ -0.45
USP4-213	ENST00000488520	MFSD10	Q14728	455 aa		12.2	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	CDAN1	Q8IWY9	1227 aa		12.2	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	12.2	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	DDX27	Q96GQ7	796 aa	Known RBP	12.2	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	HS3ST6	Q96QI5	342 aa		12.2	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	C5	P01031	1676 aa		12.19	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		12.19	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	PTCD2	Q8WV60	388 aa	Known RBP	12.19	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	KHSRP	Q92945	711 aa	Known RBP eCLIP	12.19	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		12.19	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	MAP3K5	Q99683	1374 aa		12.18	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	POLD1	P28340	1107 aa		12.18	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	12.18	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		12.17	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		12.17	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		12.17	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		12.17	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	POTEB3	A0JP26	581 aa		12.16	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	12.16	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	POTEB	Q6S5H4	581 aa		12.16	□□□□□ -0.46
USP4-213	ENST00000488520	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		12.16	□□□□□ -0.46

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