Protein–RNA interactions for Protein: O54879

Hmgb3, High mobility group protein B3, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hmgb3O54879 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Hmgb3O54879 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
Hmgb3O54879 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
Hmgb3O54879 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Hmgb3O54879 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Hmgb3O54879 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
Hmgb3O54879 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Hmgb3O54879 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.72
Hmgb3O54879 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Hmgb3O54879 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Hmgb3O54879 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Hmgb3O54879 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Hmgb3O54879 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Hmgb3O54879 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Hmgb3O54879 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Hmgb3O54879 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Hmgb3O54879 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Hmgb3O54879 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Hmgb3O54879 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Hmgb3O54879 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Hmgb3O54879 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
Hmgb3O54879 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Hmgb3O54879 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Hmgb3O54879 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Hmgb3O54879 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Hmgb3O54879 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Hmgb3O54879 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Hmgb3O54879 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Hmgb3O54879 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Hmgb3O54879 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Hmgb3O54879 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Hmgb3O54879 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Hmgb3O54879 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
Hmgb3O54879 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Hmgb3O54879 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Hmgb3O54879 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Hmgb3O54879 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Hmgb3O54879 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Hmgb3O54879 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Hmgb3O54879 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Hmgb3O54879 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Hmgb3O54879 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
Hmgb3O54879 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Hmgb3O54879 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Hmgb3O54879 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Hmgb3O54879 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Hmgb3O54879 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Hmgb3O54879 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Hmgb3O54879 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Hmgb3O54879 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Hmgb3O54879 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Hmgb3O54879 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Hmgb3O54879 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Hmgb3O54879 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Hmgb3O54879 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Hmgb3O54879 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Hmgb3O54879 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Hmgb3O54879 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Hmgb3O54879 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Hmgb3O54879 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Hmgb3O54879 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Hmgb3O54879 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Hmgb3O54879 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Hmgb3O54879 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Hmgb3O54879 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Hmgb3O54879 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Hmgb3O54879 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Hmgb3O54879 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
Hmgb3O54879 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Hmgb3O54879 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Hmgb3O54879 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Hmgb3O54879 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Hmgb3O54879 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Hmgb3O54879 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Hmgb3O54879 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Hmgb3O54879 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
Hmgb3O54879 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Hmgb3O54879 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Hmgb3O54879 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Hmgb3O54879 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Hmgb3O54879 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Hmgb3O54879 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Hmgb3O54879 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Hmgb3O54879 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Hmgb3O54879 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Hmgb3O54879 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
Hmgb3O54879 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Hmgb3O54879 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Hmgb3O54879 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Hmgb3O54879 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Hmgb3O54879 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Hmgb3O54879 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Hmgb3O54879 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Hmgb3O54879 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Hmgb3O54879 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Hmgb3O54879 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Hmgb3O54879 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Hmgb3O54879 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Hmgb3O54879 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Hmgb3O54879 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.2 ms