Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J1G7

Trbv1, T cell receptor beta, variable 1 (Fragment), mousemouse

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Length 116 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
Trbv1A0A0B4J1G7 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Trbv1A0A0B4J1G7 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Trbv1A0A0B4J1G7 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Trbv1A0A0B4J1G7 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Trbv1A0A0B4J1G7 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Trbv1A0A0B4J1G7 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Trbv1A0A0B4J1G7 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Trbv1A0A0B4J1G7 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Trbv1A0A0B4J1G7 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Trbv1A0A0B4J1G7 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Trbv1A0A0B4J1G7 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Trbv1A0A0B4J1G7 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Trbv1A0A0B4J1G7 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Trbv1A0A0B4J1G7 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Trbv1A0A0B4J1G7 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Trbv1A0A0B4J1G7 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trbv1A0A0B4J1G7 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Trbv1A0A0B4J1G7 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Trbv1A0A0B4J1G7 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trbv1A0A0B4J1G7 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trbv1A0A0B4J1G7 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
Trbv1A0A0B4J1G7 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Trbv1A0A0B4J1G7 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Trbv1A0A0B4J1G7 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
Trbv1A0A0B4J1G7 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Trbv1A0A0B4J1G7 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Trbv1A0A0B4J1G7 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Trbv1A0A0B4J1G7 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Trbv1A0A0B4J1G7 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Trbv1A0A0B4J1G7 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Trbv1A0A0B4J1G7 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Trbv1A0A0B4J1G7 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trbv1A0A0B4J1G7 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trbv1A0A0B4J1G7 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trbv1A0A0B4J1G7 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trbv1A0A0B4J1G7 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trbv1A0A0B4J1G7 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Trbv1A0A0B4J1G7 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trbv1A0A0B4J1G7 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trbv1A0A0B4J1G7 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trbv1A0A0B4J1G7 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Trbv1A0A0B4J1G7 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trbv1A0A0B4J1G7 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Trbv1A0A0B4J1G7 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trbv1A0A0B4J1G7 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trbv1A0A0B4J1G7 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Trbv1A0A0B4J1G7 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trbv1A0A0B4J1G7 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trbv1A0A0B4J1G7 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trbv1A0A0B4J1G7 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trbv1A0A0B4J1G7 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trbv1A0A0B4J1G7 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trbv1A0A0B4J1G7 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Trbv1A0A0B4J1G7 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Trbv1A0A0B4J1G7 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Trbv1A0A0B4J1G7 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Trbv1A0A0B4J1G7 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Trbv1A0A0B4J1G7 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Trbv1A0A0B4J1G7 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Trbv1A0A0B4J1G7 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Trbv1A0A0B4J1G7 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Trbv1A0A0B4J1G7 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Trbv1A0A0B4J1G7 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Trbv1A0A0B4J1G7 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Trbv1A0A0B4J1G7 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trbv1A0A0B4J1G7 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trbv1A0A0B4J1G7 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trbv1A0A0B4J1G7 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trbv1A0A0B4J1G7 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trbv1A0A0B4J1G7 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trbv1A0A0B4J1G7 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trbv1A0A0B4J1G7 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trbv1A0A0B4J1G7 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trbv1A0A0B4J1G7 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trbv1A0A0B4J1G7 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Trbv1A0A0B4J1G7 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Trbv1A0A0B4J1G7 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Trbv1A0A0B4J1G7 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Trbv1A0A0B4J1G7 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Trbv1A0A0B4J1G7 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Trbv1A0A0B4J1G7 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Trbv1A0A0B4J1G7 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Trbv1A0A0B4J1G7 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Trbv1A0A0B4J1G7 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Trbv1A0A0B4J1G7 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trbv1A0A0B4J1G7 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trbv1A0A0B4J1G7 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Trbv1A0A0B4J1G7 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trbv1A0A0B4J1G7 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
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