Protein–RNA interactions for Protein: Q6KC79

NIPBL, Nipped-B-like protein, humanhuman

eCLIP

Length 2,804 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NIPBLQ6KC79 HDAC7-202ENST00000354334 4065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.75□□□□□ -1.012e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-220ENST00000446863 557 ntTSL 48.66□□□□□ -1.022e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-229ENST00000497531 672 ntTSL 38.46□□□□□ -1.052e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 PHKB-202ENST00000323584 4283 ntTSL 1 (best) BASIC8.44□□□□□ -1.062e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 NUP107-205ENST00000535718 2655 ntTSL 1 (best)8.14□□□□□ -1.112e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 SPTBN2-211ENST00000617502 3498 ntTSL 5 BASIC8.08□□□□□ -1.122e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-205ENST00000415814 852 ntTSL 37.83□□□□□ -1.162e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TMX2-207ENST00000529403 1697 ntTSL 27.48□□□□□ -1.212e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DNTTIP2-206ENST00000496672 811 ntTSL 1 (best)7.46□□□□□ -1.222e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ITGB1-217ENST00000494395 562 ntTSL 37.36□□□□□ -1.232e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TMX2-206ENST00000528110 829 ntTSL 27.11□□□□□ -1.272e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DNTTIP2-207ENST00000528680 499 ntTSL 37.11□□□□□ -1.272e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-205ENST00000414630 627 ntTSL 57.07□□□□□ -1.282e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CYTOR-207ENST00000414584 772 ntTSL 1 (best) BASIC6.95□□□□□ -1.32e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 SPTBN2-209ENST00000533211 8128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.95□□□□□ -1.32e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 SPTBN2-204ENST00000529997 8085 ntTSL 5 BASIC6.93□□□□□ -1.32e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TMX2-208ENST00000530114 663 ntTSL 36.92□□□□□ -1.32e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ZKSCAN1-206ENST00000620510 9192 ntTSL 5 BASIC6.68□□□□□ -1.342e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 SPTBN2-201ENST00000309996 7866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.63□□□□□ -1.352e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 KMT2A-201ENST00000389506 13655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.53□□□□□ -1.362e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ZKSCAN1-205ENST00000535170 8758 ntTSL 2 BASIC6.49□□□□□ -1.372e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CYTOR-214ENST00000629257 323 ntTSL 56.36□□□□□ -1.392e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ARHGAP35-206ENST00000614079 7696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.31□□□□□ -1.42e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-209ENST00000429383 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.17□□□□□ -1.422e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ITGB1-201ENST00000302278 3640 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.442e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-217ENST00000448598 572 ntTSL 46.05□□□□□ -1.442e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TMX2-202ENST00000378312 1521 ntTSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.462e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-214ENST00000443386 561 ntTSL 45.83□□□□□ -1.482e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-217ENST00000444756 545 ntTSL 45.83□□□□□ -1.482e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-219ENST00000446818 3124 ntTSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.482e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TMX2-201ENST00000278422 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.79□□□□□ -1.482e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ZNF121-201ENST00000320451 1563 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.78□□□□□ -1.482e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DNTTIP2-201ENST00000359208 2199 ntTSL 25.77□□□□□ -1.492e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 PHKB-201ENST00000299167 5464 ntTSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.492e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 MAPK14-203ENST00000310795 1066 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.522e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-228ENST00000486224 526 ntTSL 35.52□□□□□ -1.532e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CTC1-201ENST00000315684 7021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.552e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ZKSCAN1-201ENST00000324306 9418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.572e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-219ENST00000453049 585 ntTSL 45.07□□□□□ -1.62e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 MAPK14-209ENST00000496250 2750 ntTSL 1 (best)4.63□□□□□ -1.672e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-218ENST00000449088 783 ntTSL 54.55□□□□□ -1.682e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-210ENST00000428819 533 ntTSL 44.55□□□□□ -1.682e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-206ENST00000420131 568 ntTSL 44.55□□□□□ -1.682e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ZNF121-202ENST00000586602 7177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.45□□□□□ -1.72e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CNTRL-204ENST00000373847 3372 ntTSL 1 (best) BASIC4.44□□□□□ -1.72e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 NUP107-211ENST00000539906 3004 ntTSL 2 BASIC4.37□□□□□ -1.712e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 KMT2A-213ENST00000534358 16602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.35□□□□□ -1.712e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 MAPK14-208ENST00000491957 2777 ntTSL 1 (best)4.33□□□□□ -1.722e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CYTOR-204ENST00000409898 560 ntTSL 5 BASIC4.29□□□□□ -1.722e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-207ENST00000423590 545 ntTSL 54.27□□□□□ -1.732e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 NUP107-202ENST00000378905 2859 ntTSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.732e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DNTTIP2-202ENST00000436063 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.18□□□□□ -1.742e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-212ENST00000432366 557 ntTSL 54.06□□□□□ -1.762e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CNTRL-207ENST00000373855 7660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.03□□□□□ -1.762e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ICE2-203ENST00000558181 7060 ntTSL 1 (best)3.95□□□□□ -1.782e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 NUP107-201ENST00000229179 6457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.94□□□□□ -1.782e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CNTRL-209ENST00000431571 1833 ntTSL 23.8□□□□□ -1.82e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CNTRL-206ENST00000373851 3132 ntTSL 23.79□□□□□ -1.82e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ICE2-201ENST00000261520 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.68□□□□□ -1.822e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ITGB1-205ENST00000423113 3729 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC3.49□□□□□ -1.852e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-201ENST00000253692 7854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.37□□□□□ -1.872e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-230ENST00000507877 578 ntTSL 43.23□□□□□ -1.892e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CNTRL-205ENST00000373850 5824 ntTSL 2 BASIC3.11□□□□□ -1.912e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-211ENST00000430405 637 ntTSL 52.88□□□□□ -1.952e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-213ENST00000434420 386 ntTSL 42.77□□□□□ -1.972e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ICE2-216ENST00000561328 5901 ntTSL 1 (best)2.62□□□□□ -1.992e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CNTRL-201ENST00000238341 7431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.59□□□□□ -1.992e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 CYTOR-203ENST00000409139 519 ntTSL 32.32□□□□□ -2.042e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 DMTF1-215ENST00000446796 610 ntTSL 52.18□□□□□ -2.062e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 NUP107-207ENST00000537662 825 ntTSL 21.38□□□□□ -2.192e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 SCAF11-207ENST00000484275 562 ntTSL 3-0.26□□□□□ -2.452e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-212ENST00000433533 471 ntTSL 3-0.38□□□□□ -2.472e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 TBC1D5-225ENST00000480435 560 ntTSL 5-0.69□□□□□ -2.522e-6■■■■■ 44.5
NIPBLQ6KC79 ACAP2-212ENST00000481463 561 ntTSL 316.63■□□□□ 0.253e-7■■■■■ 44.4
NIPBLQ6KC79 ACAP2-205ENST00000447662 700 ntTSL 514.45□□□□□ -0.13e-7■■■■■ 44.4
NIPBLQ6KC79 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.133e-7■■■■■ 44.4
NIPBLQ6KC79 ACAP2-211ENST00000480906 1802 ntTSL 1 (best)11.37□□□□□ -0.593e-7■■■■■ 44.4
NIPBLQ6KC79 ACAP2-215ENST00000618471 3207 ntTSL 5 BASIC7.36□□□□□ -1.233e-7■■■■■ 44.4
NIPBLQ6KC79 ACAP2-216ENST00000635383 1647 ntTSL 56.78□□□□□ -1.323e-7■■■■■ 44.4
NIPBLQ6KC79 ACAP2-201ENST00000326793 7160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.73□□□□□ -1.333e-7■■■■■ 44.4
NIPBLQ6KC79 ACAP2-203ENST00000439666 235 ntTSL 34.08□□□□□ -1.763e-7■■■■■ 44.4
NIPBLQ6KC79 HFM1-204ENST00000448819 540 ntTSL 58.46□□□□□ -1.062e-6■■■■■ 44.3
NIPBLQ6KC79 HFM1-201ENST00000370425 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.26□□□□□ -2.052e-6■■■■■ 44.3
NIPBLQ6KC79 HFM1-208ENST00000488023 1699 ntTSL 51.19□□□□□ -2.222e-6■■■■■ 44.3
NIPBLQ6KC79 HFM1-207ENST00000481900 2020 ntTSL 50.03□□□□□ -2.42e-6■■■■■ 44.3
NIPBLQ6KC79 HFM1-202ENST00000427444 672 ntTSL 5-0.98□□□□□ -2.572e-6■■■■■ 44.3
NIPBLQ6KC79 USP32-208ENST00000589335 691 ntTSL 517.36■□□□□ 0.378e-8■■■■■ 44.2
NIPBLQ6KC79 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.78e-8■■■■■ 44.2
NIPBLQ6KC79 USP32-211ENST00000590133 2563 ntTSL 27.99□□□□□ -1.138e-8■■■■■ 44.2
NIPBLQ6KC79 USP32-214ENST00000592339 4045 ntTSL 1 (best) BASIC4.35□□□□□ -1.718e-8■■■■■ 44.2
NIPBLQ6KC79 SNORD91B-202ENST00000608459 222 ntBASIC2.69□□□□□ -1.982e-18■■■■■ 44
NIPBLQ6KC79 SNORD91B-201ENST00000391250 95 nt-0.98□□□□□ -2.572e-18■■■■■ 44
NIPBLQ6KC79 CWF19L1-204ENST00000468709 2402 ntTSL 27.57□□□□□ -1.29e-12■■■■■ 43.8
NIPBLQ6KC79 CWF19L1-206ENST00000478047 2694 ntTSL 26.5□□□□□ -1.379e-12■■■■■ 43.8
NIPBLQ6KC79 CWF19L1-201ENST00000354105 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.56□□□□□ -1.529e-12■■■■■ 43.8
NIPBLQ6KC79 CWF19L1-207ENST00000482452 1606 ntTSL 55.39□□□□□ -1.559e-12■■■■■ 43.8
NIPBLQ6KC79 HSPA9-212ENST00000523929 780 ntTSL 412.6□□□□□ -0.396e-32■■■■■ 43.7
NIPBLQ6KC79 HSPA9-210ENST00000508003 582 ntTSL 29.98□□□□□ -0.816e-32■■■■■ 43.7
NIPBLQ6KC79 HSPA9-202ENST00000501917 275 ntTSL 33.12□□□□□ -1.916e-32■■■■■ 43.7
NIPBLQ6KC79 SNORD63-201ENST00000384262 68 ntBASIC-2.19□□□□□ -2.766e-32■■■■■ 43.7
Retrieved 100 of 8,528 protein–RNA pairs in 461.8 ms