Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.33
Col17a1Q07563 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC42.11■■■■■ 4.33
Col17a1Q07563 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
Col17a1Q07563 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
Col17a1Q07563 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC42.06■■■■■ 4.32
Col17a1Q07563 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
Col17a1Q07563 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
Col17a1Q07563 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.04■■■■■ 4.32
Col17a1Q07563 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
Col17a1Q07563 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.97■■■■■ 4.31
Col17a1Q07563 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.97■■■■■ 4.31
Col17a1Q07563 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.96■■■■■ 4.31
Col17a1Q07563 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.96■■■■■ 4.31
Col17a1Q07563 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC41.95■■■■■ 4.31
Col17a1Q07563 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC41.93■■■■■ 4.3
Col17a1Q07563 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC41.93■■■■■ 4.3
Col17a1Q07563 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.9■■■■■ 4.3
Col17a1Q07563 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC41.9■■■■■ 4.3
Col17a1Q07563 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.9■■■■■ 4.3
Col17a1Q07563 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.88■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.87■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.87■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.87■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.86■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC41.86■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC41.86■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.84■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC41.84■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.83■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.82■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.82■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC41.82■■■■■ 4.29
Col17a1Q07563 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.8■■■■■ 4.28
Col17a1Q07563 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC41.79■■■■■ 4.28
Col17a1Q07563 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC41.79■■■■■ 4.28
Col17a1Q07563 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.78■■■■■ 4.28
Col17a1Q07563 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC41.77■■■■■ 4.28
Col17a1Q07563 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC41.71■■■■■ 4.27
Col17a1Q07563 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.71■■■■■ 4.27
Col17a1Q07563 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.67■■■■■ 4.26
Col17a1Q07563 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC41.67■■■■■ 4.26
Col17a1Q07563 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.67■■■■■ 4.26
Col17a1Q07563 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC41.66■■■■■ 4.26
Col17a1Q07563 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.61■■■■■ 4.25
Col17a1Q07563 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.61■■■■■ 4.25
Col17a1Q07563 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC41.59■■■■■ 4.25
Col17a1Q07563 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC41.57■■■■■ 4.25
Col17a1Q07563 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
Col17a1Q07563 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.55■■■■■ 4.24
Col17a1Q07563 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC41.55■■■■■ 4.24
Col17a1Q07563 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.54■■■■■ 4.24
Col17a1Q07563 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.53■■■■■ 4.24
Col17a1Q07563 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.51■■■■■ 4.23
Col17a1Q07563 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC41.5■■■■■ 4.23
Col17a1Q07563 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC41.5■■■■■ 4.23
Col17a1Q07563 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC41.5■■■■■ 4.23
Col17a1Q07563 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.46■■■■■ 4.23
Col17a1Q07563 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
Col17a1Q07563 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
Col17a1Q07563 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.43■■■■■ 4.22
Col17a1Q07563 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC41.42■■■■■ 4.22
Col17a1Q07563 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.42■■■■■ 4.22
Col17a1Q07563 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.41■■■■■ 4.22
Col17a1Q07563 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC41.41■■■■■ 4.22
Col17a1Q07563 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.39■■■■■ 4.22
Col17a1Q07563 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC41.38■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.38■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC41.37■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.36■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC41.36■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.35■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC41.34■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC41.34■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.34■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC41.33■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.33■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC41.33■■■■■ 4.21
Col17a1Q07563 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
Col17a1Q07563 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.31■■■■■ 4.2
Col17a1Q07563 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.29■■■■■ 4.2
Col17a1Q07563 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC41.27■■■■■ 4.2
Col17a1Q07563 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC41.27■■■■■ 4.2
Col17a1Q07563 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.2■■■■■ 4.19
Col17a1Q07563 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.19■■■■■ 4.18
Col17a1Q07563 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.17■■■■■ 4.18
Col17a1Q07563 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.14■■■■■ 4.18
Col17a1Q07563 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.14■■■■■ 4.18
Col17a1Q07563 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC41.09■■■■■ 4.17
Col17a1Q07563 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC41.09■■■■■ 4.17
Col17a1Q07563 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC41.09■■■■■ 4.17
Col17a1Q07563 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.09■■■■■ 4.17
Col17a1Q07563 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC41.09■■■■■ 4.17
Col17a1Q07563 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.08■■■■■ 4.17
Col17a1Q07563 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC41.07■■■■■ 4.16
Col17a1Q07563 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC41.07■■■■■ 4.16
Col17a1Q07563 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.06■■■■■ 4.16
Col17a1Q07563 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.05■■■■■ 4.16
Col17a1Q07563 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
Col17a1Q07563 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC41.04■■■■■ 4.16
Col17a1Q07563 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.02■■■■■ 4.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.2 ms