Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 ZRANB2-204ENST00000477096 3677 ntTSL 1 (best)2.76□□□□□ -1.975e-10■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 WASF2-202ENST00000618852 5676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.53□□□□□ -0.44e-9■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 WASF2-201ENST00000536657 1083 ntTSL 2 BASIC7.48□□□□□ -1.214e-9■□□□□ 10.4
CPSF6Q16630 LINC01029-201ENST00000577408 1249 nt14□□□□□ -0.174e-7■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 AMD1-202ENST00000368877 1605 ntTSL 2 BASIC8.59□□□□□ -1.033e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 AMD1-201ENST00000368876 3040 ntTSL 5 BASIC7.24□□□□□ -1.253e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 AMD1-207ENST00000612642 4745 ntTSL 1 (best)7.22□□□□□ -1.253e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 AMD1-206ENST00000465404 782 ntTSL 56.68□□□□□ -1.343e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 AMD1-203ENST00000368882 3059 ntTSL 2 BASIC6.43□□□□□ -1.383e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 AMD1-208ENST00000619590 4329 ntTSL 26.21□□□□□ -1.413e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 AMD1-205ENST00000451850 3121 ntTSL 1 (best)5.98□□□□□ -1.453e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 AMD1-204ENST00000368885 3438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.64□□□□□ -1.513e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 MALAT1-203ENST00000544868 480 ntTSL 3 BASIC7.58□□□□□ -1.26e-61■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.273e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.083e-8■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 EIF3A-202ENST00000462527 1192 ntTSL 28.05□□□□□ -1.123e-9■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 EZH2-210ENST00000498186 1876 ntTSL 223.9■■□□□ 1.424e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.334e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.124e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.654e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 EZH2-209ENST00000492143 3641 ntTSL 216.08■□□□□ 0.164e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 EZH2-202ENST00000350995 2477 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.37□□□□□ -0.434e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 EZH2-205ENST00000476773 2572 ntTSL 2 BASIC9.11□□□□□ -0.954e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 EZH2-203ENST00000460911 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.36□□□□□ -1.234e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.092e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 LUC7L3-214ENST00000508482 1597 ntTSL 212.35□□□□□ -0.432e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 LUC7L3-205ENST00000504065 1071 ntTSL 58.21□□□□□ -1.12e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 LUC7L3-216ENST00000509487 647 ntTSL 35.29□□□□□ -1.562e-7■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 RAD21-201ENST00000297338 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.09□□□□□ -0.954e-14■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 RAD21-203ENST00000517749 1003 ntTSL 1 (best) BASIC7.4□□□□□ -1.224e-14■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 RAD21-204ENST00000518055 896 ntTSL 2 BASIC5.96□□□□□ -1.464e-14■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 RAD21-210ENST00000523986 2506 ntTSL 2 BASIC4.24□□□□□ -1.734e-14■□□□□ 10.2
CPSF6Q16630 LUC7L3-203ENST00000503728 783 ntTSL 57.31□□□□□ -1.241e-6■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 SLU7-201ENST00000297151 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.76□□□□□ -0.854e-6■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 NSUN5P1-201ENST00000393633 4792 ntTSL 217.25■□□□□ 0.357e-7■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.152e-9■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.017e-7■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.047e-7■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MSMO1-201ENST00000261507 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.232e-9■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC12.6□□□□□ -0.397e-7■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-233ENST00000638130 1034 ntTSL 510.84□□□□□ -0.675e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-223ENST00000637308 1072 ntTSL 510.62□□□□□ -0.715e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-206ENST00000473478 484 ntTSL 410.22□□□□□ -0.775e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-210ENST00000496158 544 ntTSL 58.82□□□□□ -15e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-205ENST00000470063 324 ntTSL 38.57□□□□□ -1.045e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-225ENST00000637445 958 ntTSL 58.57□□□□□ -1.045e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-204ENST00000469438 252 ntTSL 38.39□□□□□ -1.075e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-230ENST00000637997 1602 ntTSL 57.41□□□□□ -1.225e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-216ENST00000635796 1371 ntTSL 56.68□□□□□ -1.345e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-209ENST00000488372 548 ntTSL 46.39□□□□□ -1.395e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-232ENST00000638090 2039 ntTSL 56.31□□□□□ -1.45e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-207ENST00000478190 4131 ntTSL 24.37□□□□□ -1.715e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-202ENST00000407073 9512 ntTSL 1 (best) BASIC4.01□□□□□ -1.775e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MBD5-224ENST00000637316 100 ntTSL 52.64□□□□□ -1.995e-11■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.731e-7■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.221e-7■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MRFAP1-204ENST00000512914 1982 nt15.67■□□□□ 0.11e-7■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.21e-7■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MCM3-202ENST00000419835 2523 ntTSL 2 BASIC12.14□□□□□ -0.472e-10■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MCM3-201ENST00000229854 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.93□□□□□ -0.822e-10■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MCM3-207ENST00000616552 3208 ntTSL 1 (best) BASIC9.22□□□□□ -0.932e-10■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MCM3-203ENST00000421471 1030 ntTSL 59.2□□□□□ -0.942e-10■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 MCM3-205ENST00000596288 3169 ntTSL 1 (best) BASIC8.71□□□□□ -1.022e-10■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-220ENST00000551524 460 ntTSL 29.55□□□□□ -0.882e-39■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.042e-6■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 SAMD1-201ENST00000269724 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 518.11■□□□□ 0.492e-6■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.485e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 NRBP2-208ENST00000532940 1782 ntTSL 1 (best)23.46■■□□□ 1.355e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 RALBP1-205ENST00000585015 945 ntTSL 322.82■■□□□ 1.241e-10■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.245e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 NRBP2-210ENST00000533846 1623 ntTSL 1 (best)22.65■■□□□ 1.225e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.155e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-215ENST00000450019 1689 ntTSL 521.91■■□□□ 1.15e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.085e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.015e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-208ENST00000430807 733 ntTSL 320.82■□□□□ 0.925e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.915e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.895e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.755e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 SMC4-211ENST00000469858 1971 ntTSL 217.64■□□□□ 0.412e-6■□□□□ 10
CPSF6Q16630 NRBP2-206ENST00000530347 1037 ntTSL 517.62■□□□□ 0.415e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.345e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-211ENST00000434168 862 ntTSL 317.11■□□□□ 0.335e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 NRBP2-209ENST00000533093 3877 ntTSL 1 (best)16.95■□□□□ 0.35e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 NRBP2-204ENST00000529747 3693 ntTSL 216.59■□□□□ 0.255e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.241e-10■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-203ENST00000399807 2241 ntTSL 515.92■□□□□ 0.145e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-226ENST00000490583 888 ntTSL 315.55■□□□□ 0.085e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 PGGHG-206ENST00000476372 2879 ntTSL 215.36■□□□□ 0.055e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 ZCCHC7-203ENST00000461038 2793 ntTSL 1 (best)14.89□□□□□ -0.032e-6■□□□□ 10
CPSF6Q16630 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC14.88□□□□□ -0.038e-14■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-205ENST00000401886 1559 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.115e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 PGGHG-205ENST00000474221 4418 ntTSL 214.25□□□□□ -0.135e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 ACIN1-201ENST00000262710 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.141e-10■□□□□ 10
CPSF6Q16630 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.182e-6■□□□□ 10
CPSF6Q16630 SARS-202ENST00000369923 1882 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.242e-6■□□□□ 10
CPSF6Q16630 SARS-201ENST00000234677 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.252e-6■□□□□ 10
CPSF6Q16630 TANGO2-213ENST00000444651 847 ntTSL 313.27□□□□□ -0.295e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 PGGHG-204ENST00000409655 2963 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.335e-8■□□□□ 10
CPSF6Q16630 PGGHG-203ENST00000409548 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.395e-8■□□□□ 10
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