Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	YPS1	YLR120C	1710 nt		13.73	□□□□□ -0.21
SHP1	P34223	SUF2	tP(AGG)C	72 nt		13.72	□□□□□ -0.21
SHP1	P34223	SUF10	tP(AGG)N	72 nt		13.72	□□□□□ -0.21
SHP1	P34223	ALF1	YNL148C	765 nt		13.71	□□□□□ -0.21
SHP1	P34223	YDR095C	YDR095C	411 nt		13.68	□□□□□ -0.22
SHP1	P34223	YJL152W	YJL152W	360 nt		13.63	□□□□□ -0.23
SHP1	P34223	LPX1	YOR084W	1164 nt		13.63	□□□□□ -0.23
SHP1	P34223	SIS1	YNL007C	1059 nt		13.59	□□□□□ -0.23
SHP1	P34223	MRPL8	YJL063C	717 nt		13.57	□□□□□ -0.24
SHP1	P34223	ERV46	YAL042W	1248 nt		13.57	□□□□□ -0.24
SHP1	P34223	SPP1	YPL138C	1062 nt		13.56	□□□□□ -0.24
SHP1	P34223	TIR4	YOR009W	1464 nt		13.54	□□□□□ -0.24
SHP1	P34223	IDH1	YNL037C	1083 nt		13.5	□□□□□ -0.25
SHP1	P34223	YHR165W-A	YHR165W-A	312 nt		13.49	□□□□□ -0.25
SHP1	P34223	YDR433W	YDR433W	441 nt		13.44	□□□□□ -0.26
SHP1	P34223	RTG1	YOL067C	534 nt		13.42	□□□□□ -0.26
SHP1	P34223	RPP2A	YOL039W	321 nt		13.41	□□□□□ -0.26
SHP1	P34223	SPT5	YML010W	3192 nt		13.4	□□□□□ -0.26
SHP1	P34223	PTP1	YDL230W	1008 nt		13.4	□□□□□ -0.26
SHP1	P34223	YEL076C-A	YEL076C-A	651 nt		13.39	□□□□□ -0.27
SHP1	P34223	YEL076C	YEL076C	651 nt		13.39	□□□□□ -0.27
SHP1	P34223	YKR040C	YKR040C	504 nt		13.39	□□□□□ -0.27
SHP1	P34223	YLR464W	YLR464W	651 nt		13.39	□□□□□ -0.27
SHP1	P34223	MXR2	YCL033C	507 nt		13.38	□□□□□ -0.27
SHP1	P34223	ART5	YGR068C	1761 nt		13.37	□□□□□ -0.27
SHP1	P34223	GBP2	YCL011C	1284 nt		13.37	□□□□□ -0.27
SHP1	P34223	ADO1	YJR105W	1023 nt		13.35	□□□□□ -0.27
SHP1	P34223	MEP2	YNL142W	1500 nt		13.32	□□□□□ -0.28
SHP1	P34223	CAC2	YML102W	1407 nt		13.31	□□□□□ -0.28
SHP1	P34223	YMR057C	YMR057C	372 nt		13.31	□□□□□ -0.28
SHP1	P34223	GFD2	YCL036W	1701 nt		13.28	□□□□□ -0.28
SHP1	P34223	UBX6	YJL048C	1191 nt		13.28	□□□□□ -0.28
SHP1	P34223	PET9	YBL030C	957 nt		13.27	□□□□□ -0.29
SHP1	P34223	YCL048W-A	YCL048W-A	240 nt		13.2	□□□□□ -0.3
SHP1	P34223	DED1	YOR204W	1815 nt		13.17	□□□□□ -0.3
SHP1	P34223	DCW1	YKL046C	1350 nt		13.17	□□□□□ -0.3
SHP1	P34223	TCD2	YKL027W	1344 nt		13.15	□□□□□ -0.3
SHP1	P34223	FPS1	YLL043W	2010 nt		13.12	□□□□□ -0.31
SHP1	P34223	FRD1	YEL047C	1413 nt		13.12	□□□□□ -0.31
SHP1	P34223	RRD1	YIL153W	1182 nt		13.1	□□□□□ -0.31
SHP1	P34223	RTS2	YOR077W	699 nt		13.07	□□□□□ -0.32
SHP1	P34223	HUA1	YGR268C	597 nt		13.05	□□□□□ -0.32
SHP1	P34223	IRC15	YPL017C	1500 nt		13.01	□□□□□ -0.33
SHP1	P34223	FMT1	YBL013W	1206 nt		13	□□□□□ -0.33
SHP1	P34223	YDR094W	YDR094W	336 nt		12.98	□□□□□ -0.33
SHP1	P34223	EMI2	YDR516C	1503 nt		12.98	□□□□□ -0.33
SHP1	P34223	PTH1	YHR189W	573 nt		12.96	□□□□□ -0.33
SHP1	P34223	SOR2	YDL246C	1074 nt		12.94	□□□□□ -0.34
SHP1	P34223	SOR1	YJR159W	1074 nt		12.94	□□□□□ -0.34
SHP1	P34223	YDL221W	YDL221W	552 nt		12.92	□□□□□ -0.34
SHP1	P34223	CUE1	YMR264W	612 nt		12.91	□□□□□ -0.34
SHP1	P34223	YCL042W	YCL042W	360 nt		12.89	□□□□□ -0.35
SHP1	P34223	YFL015W-A	YFL015W-A	318 nt		12.88	□□□□□ -0.35
SHP1	P34223	GIS3	YLR094C	1509 nt		12.88	□□□□□ -0.35
SHP1	P34223	YKL030W	YKL030W	606 nt		12.86	□□□□□ -0.35
SHP1	P34223	YLR235C	YLR235C	399 nt		12.84	□□□□□ -0.35
SHP1	P34223	LCB1	YMR296C	1677 nt		12.82	□□□□□ -0.36
SHP1	P34223	FMP52	YER004W	696 nt		12.77	□□□□□ -0.37
SHP1	P34223	CWP1	YKL096W	720 nt		12.76	□□□□□ -0.37
SHP1	P34223	ADH2	YMR303C	1047 nt		12.75	□□□□□ -0.37
SHP1	P34223	YMR090W	YMR090W	684 nt		12.74	□□□□□ -0.37
SHP1	P34223	YIL100W	YIL100W	354 nt		12.69	□□□□□ -0.38
SHP1	P34223	SDH1	YKL148C	1923 nt		12.68	□□□□□ -0.38
SHP1	P34223	SCC4	YER147C	1875 nt		12.68	□□□□□ -0.38
SHP1	P34223	DIC1	YLR348C	897 nt		12.63	□□□□□ -0.39
SHP1	P34223	TIM23	YNR017W	669 nt		12.63	□□□□□ -0.39
SHP1	P34223	SSA4	YER103W	1929 nt		12.62	□□□□□ -0.39
SHP1	P34223	YBR220C	YBR220C	1683 nt		12.61	□□□□□ -0.39
SHP1	P34223	PCM1	YEL058W	1674 nt		12.61	□□□□□ -0.39
SHP1	P34223	PAU16	YKL224C	372 nt		12.58	□□□□□ -0.4
SHP1	P34223	YFR018C	YFR018C	1092 nt		12.57	□□□□□ -0.4
SHP1	P34223	tL(GAG)G	tL(GAG)G	82 nt		12.56	□□□□□ -0.4
SHP1	P34223	SNF6	YHL025W	999 nt		12.55	□□□□□ -0.4
SHP1	P34223	PRE6	YOL038W	765 nt		12.55	□□□□□ -0.4
SHP1	P34223	YLR179C	YLR179C	606 nt		12.53	□□□□□ -0.4
SHP1	P34223	RNQ1	YCL028W	1218 nt		12.5	□□□□□ -0.41
SHP1	P34223	WSC2	YNL283C	1512 nt		12.5	□□□□□ -0.41
SHP1	P34223	YIH1	YCR059C	777 nt		12.49	□□□□□ -0.41
SHP1	P34223	SBA1	YKL117W	651 nt		12.49	□□□□□ -0.41
SHP1	P34223	AHT1	YHR093W	549 nt		12.45	□□□□□ -0.42
SHP1	P34223	YPR064W	YPR064W	420 nt		12.45	□□□□□ -0.42
SHP1	P34223	TAD3	YLR316C	969 nt		12.43	□□□□□ -0.42
SHP1	P34223	RRT5	YFR032C	870 nt		12.42	□□□□□ -0.42
SHP1	P34223	RRT12	YCR045C	1476 nt		12.4	□□□□□ -0.42
SHP1	P34223	YFL066C	YFL066C	1179 nt		12.35	□□□□□ -0.43
SHP1	P34223	YLL053C	YLL053C	459 nt		12.35	□□□□□ -0.43
SHP1	P34223	YNL195C	YNL195C	786 nt		12.35	□□□□□ -0.43
SHP1	P34223	BIO4	YNR057C	714 nt		12.34	□□□□□ -0.43
SHP1	P34223	YHL050C	YHL050C	2094 nt		12.33	□□□□□ -0.44
SHP1	P34223	YSC84	YHR016C	1407 nt		12.32	□□□□□ -0.44
SHP1	P34223	FTR1	YER145C	1215 nt		12.29	□□□□□ -0.44
SHP1	P34223	PEX25	YPL112C	1185 nt		12.29	□□□□□ -0.44
SHP1	P34223	BDH1	YAL060W	1149 nt		12.28	□□□□□ -0.44
SHP1	P34223	GAL1	YBR020W	1587 nt		12.27	□□□□□ -0.44
SHP1	P34223	SIM1	YIL123W	1431 nt		12.26	□□□□□ -0.45
SHP1	P34223	YSP3	YOR003W	1437 nt		12.26	□□□□□ -0.45
SHP1	P34223	AQY1	YPR192W	918 nt		12.24	□□□□□ -0.45
SHP1	P34223	TRM5	YHR070W	1500 nt		12.22	□□□□□ -0.45
SHP1	P34223	YNL115C	YNL115C	1935 nt		12.2	□□□□□ -0.46
SHP1	P34223	STB1	YNL309W	1263 nt		12.16	□□□□□ -0.46

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