Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-206ENST00000477249 891 ntTSL 514.77□□□□□ -0.053e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-219ENST00000578757 920 ntTSL 1 (best)14.77□□□□□ -0.053e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-217ENST00000497774 1662 ntTSL 514.21□□□□□ -0.133e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-208ENST00000480811 968 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.173e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-207ENST00000478103 712 ntTSL 311.91□□□□□ -0.53e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-227ENST00000583400 712 ntTSL 411.58□□□□□ -0.563e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-222ENST00000580770 572 ntTSL 411.53□□□□□ -0.563e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-201ENST00000460249 773 ntTSL 311.53□□□□□ -0.563e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-204ENST00000475947 598 ntTSL 211.53□□□□□ -0.563e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-223ENST00000581361 843 ntTSL 1 (best) BASIC11.17□□□□□ -0.623e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-221ENST00000580180 753 ntTSL 210.42□□□□□ -0.743e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-220ENST00000579473 585 ntTSL 4 BASIC9.24□□□□□ -0.933e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-230ENST00000584926 604 ntTSL 58.91□□□□□ -0.983e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-210ENST00000481898 993 ntTSL 1 (best)8.91□□□□□ -0.983e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-216ENST00000492250 565 ntTSL 55.45□□□□□ -1.543e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 LRRC75A-AS1-211ENST00000483140 936 ntTSL 24.82□□□□□ -1.643e-23■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC18.86■□□□□ 0.615e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.565e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.315e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 HSPA9-205ENST00000505110 518 ntTSL 416.48■□□□□ 0.232e-16■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 HSPA9-208ENST00000507115 663 ntTSL 310.48□□□□□ -0.732e-16■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 HSPA9-203ENST00000504810 584 ntTSL 37.06□□□□□ -1.282e-16■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.036e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 IL6ST-206ENST00000381298 9057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.96e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 IL6ST-205ENST00000381294 2574 ntTSL 1 (best) BASIC2.81□□□□□ -1.966e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 IL6ST-210ENST00000503773 3031 ntTSL 52.69□□□□□ -1.986e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 IL6ST-201ENST00000336909 8776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.31□□□□□ -2.046e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 IL6ST-203ENST00000381287 8667 ntTSL 5 BASIC1.05□□□□□ -2.246e-8■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 ACTN4-211ENST00000589528 441 ntTSL 217.74■□□□□ 0.431e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.31e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 AP1G2-201ENST00000308724 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.142e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 AP1G2-204ENST00000465445 2554 ntTSL 513.1□□□□□ -0.312e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 AP1G2-205ENST00000535852 2471 ntTSL 1 (best)12.92□□□□□ -0.342e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 PSMD14-202ENST00000437630 577 ntTSL 512.5□□□□□ -0.415e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 AP1G2-203ENST00000460049 2672 ntTSL 1 (best)12.44□□□□□ -0.422e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 AP1G2-230ENST00000557162 561 ntTSL 411.83□□□□□ -0.522e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 AP1G2-222ENST00000556152 673 ntTSL 311.61□□□□□ -0.552e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 AP1G2-202ENST00000397120 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.42□□□□□ -0.582e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 AP1G2-215ENST00000554977 569 ntTSL 49.92□□□□□ -0.822e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 YWHAZ-217ENST00000521328 511 ntTSL 511.94□□□□□ -0.54e-7■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 RPL24-203ENST00000469605 799 ntTSL 2 BASIC12.54□□□□□ -0.46e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 RPL24-201ENST00000394077 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.45□□□□□ -0.746e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 RPL24-205ENST00000488288 1857 ntTSL 210.27□□□□□ -0.767e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 RPL24-202ENST00000464595 668 ntTSL 1 (best)8.94□□□□□ -0.986e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 RPL24-206ENST00000495401 478 ntTSL 2 BASIC7.23□□□□□ -1.256e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 HDAC1-203ENST00000463172 895 ntTSL 214.77□□□□□ -0.052e-9■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 HDAC1-207ENST00000481281 721 ntTSL 514.69□□□□□ -0.062e-9■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 HDAC1-202ENST00000428704 664 ntTSL 29.89□□□□□ -0.832e-9■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 HDAC1-205ENST00000472928 532 ntTSL 27.24□□□□□ -1.252e-9■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.472e-7■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.352e-7■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.052e-7■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.932e-7■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-209ENST00000565255 754 ntTSL 319.61■□□□□ 0.735e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-208ENST00000564920 562 ntTSL 518.81■□□□□ 0.65e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.494e-6■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 ANAPC7-211ENST00000552087 910 ntTSL 517.66■□□□□ 0.425e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-213ENST00000567891 584 ntTSL 317.11■□□□□ 0.335e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 ANAPC7-205ENST00000471602 930 ntTSL 1 (best)16.11■□□□□ 0.175e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-214ENST00000567996 1070 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.245e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 ANAPC7-206ENST00000481473 1836 ntTSL 1 (best)13.48□□□□□ -0.255e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 ANAPC7-202ENST00000452721 1455 ntTSL 210.68□□□□□ -0.75e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 MBNL1-216ENST00000478535 1451 ntTSL 1 (best)8.12□□□□□ -1.118e-15■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-215ENST00000568670 285 ntTSL 38.11□□□□□ -1.115e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 ANAPC7-207ENST00000486321 748 ntTSL 25.77□□□□□ -1.495e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-201ENST00000300027 4713 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.29□□□□□ -1.565e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-202ENST00000310775 4743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.41□□□□□ -1.75e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-203ENST00000447611 3690 ntTSL 23.84□□□□□ -1.795e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-205ENST00000563250 700 ntTSL 53.06□□□□□ -1.925e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 FANCI-210ENST00000565522 233 ntTSL 52.7□□□□□ -1.985e-10■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 KDM3A-207ENST00000462197 448 ntTSL 31.7□□□□□ -2.149e-7■■□□□ 12.8
LIN28BQ6ZN17 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.566e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 ABL1-202ENST00000372348 3824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.536e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.847e-8■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.817e-8■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 EXOSC3-203ENST00000465229 1625 ntTSL 218.34■□□□□ 0.537e-8■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 EXOSC3-205ENST00000482614 462 ntTSL 517.4■□□□□ 0.387e-8■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 EXOSC3-207ENST00000490516 773 ntTSL 216.38■□□□□ 0.217e-8■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.197e-8■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 EXOSC3-206ENST00000489414 535 ntTSL 49.4□□□□□ -0.97e-8■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 EXOSC3-204ENST00000465860 509 ntTSL 25.39□□□□□ -1.557e-8■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.732e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 LONP1-211ENST00000590558 2884 ntTSL 518.46■□□□□ 0.552e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.522e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.382e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 LONP1-208ENST00000589473 793 ntTSL 317.34■□□□□ 0.372e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.062e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 LONP1-206ENST00000587552 2816 ntTSL 214.36□□□□□ -0.112e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 LONP1-202ENST00000540670 3002 ntTSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.292e-7■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.774e-36■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 ASGR1-207ENST00000574330 887 ntTSL 518.85■□□□□ 0.614e-36■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 TRPM4-214ENST00000601347 642 ntTSL 416.44■□□□□ 0.223e-6■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 TRPM4-209ENST00000598502 3695 ntTSL 1 (best)15.02□□□□□ -0.013e-6■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 TRPM4-207ENST00000596338 3993 ntTSL 214.66□□□□□ -0.063e-6■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 TRPM4-211ENST00000598697 3349 ntTSL 214.23□□□□□ -0.133e-6■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 TRPM4-205ENST00000595519 3702 ntTSL 1 (best)13.79□□□□□ -0.23e-6■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 TRPM4-201ENST00000252826 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.243e-6■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 TRPM4-202ENST00000427978 3444 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.333e-6■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 CAPZA1-206ENST00000498626 650 ntTSL 57.36□□□□□ -1.231e-6■■□□□ 12.7
LIN28BQ6ZN17 HIVEP1-209ENST00000627968 8924 ntTSL 5 BASIC12.01□□□□□ -0.496e-7■■□□□ 12.7
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 534.5 ms