RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 MIER1Q8N108 512 aa39.56■■■■□ 3.92
LIMCH1-211ENST00000509638 TNS2Q63HR2 1409 aa39.55■■■■□ 3.92
LIMCH1-211ENST00000509638 SEPT12Q8IYM1 358 aa39.55■■■■□ 3.92
LIMCH1-211ENST00000509638 TATP17735 454 aaPredicted RBP39.53■■■■□ 3.92
LIMCH1-211ENST00000509638 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP39.52■■■■□ 3.92
LIMCH1-211ENST00000509638 PLEKHG2Q9H7P9 1386 aa39.49■■■■□ 3.91
LIMCH1-211ENST00000509638 RSPH6AQ9H0K4 717 aa39.49■■■■□ 3.91
LIMCH1-211ENST00000509638 EP400Q96L91 3159 aa39.49■■■■□ 3.91
LIMCH1-211ENST00000509638 DDB1Q16531 1140 aa39.48■■■■□ 3.91
LIMCH1-211ENST00000509638 CCER2I3L3R5 266 aa39.46■■■■□ 3.91
LIMCH1-211ENST00000509638 PRKAR2BP31323 418 aa39.45■■■■□ 3.91
LIMCH1-211ENST00000509638 FCHSD2O94868 740 aa39.43■■■■□ 3.9
LIMCH1-211ENST00000509638 EXOC5O00471 708 aa39.42■■■■□ 3.9
LIMCH1-211ENST00000509638 ZCRB1Q8TBF4 217 aaKnown RBP39.42■■■■□ 3.9
LIMCH1-211ENST00000509638 PNISRQ8TF01 805 aaKnown RBP39.42■■■■□ 3.9
LIMCH1-211ENST00000509638 ADAMTS8Q9UP79 889 aa39.4■■■■□ 3.9
LIMCH1-211ENST00000509638 PDE3BQ13370 1112 aa39.38■■■■□ 3.9
LIMCH1-211ENST00000509638 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa39.37■■■■□ 3.89
LIMCH1-211ENST00000509638 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa39.37■■■■□ 3.89
LIMCH1-211ENST00000509638 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP39.37■■■■□ 3.89
LIMCH1-211ENST00000509638 SPG7Q9UQ90 795 aa39.37■■■■□ 3.89
LIMCH1-211ENST00000509638 KRT27Q7Z3Y8 459 aa39.36■■■■□ 3.89
LIMCH1-211ENST00000509638 AMOTQ4VCS5 1084 aa39.34■■■■□ 3.89
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LIMCH1-211ENST00000509638 PHACTR3Q96KR7 559 aa39.33■■■■□ 3.89
LIMCH1-211ENST00000509638 MARCH10Q8NA82 808 aaPredicted RBP39.32■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 PLEKHF1Q96S99 279 aa39.32■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 PNNQ9H307 717 aaKnown RBP39.32■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF530Q6P9A1 599 aaPredicted RBP39.3■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC146Q8IYE0 955 aa39.3■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 CYP27B1O15528 508 aa39.29■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa39.29■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 NEFMP07197 916 aa39.29■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM182BQ5T319 152 aa39.29■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM9BQ8IZU0 186 aa39.29■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 MTHFSDQ2M296 383 aaKnown RBP39.28■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 DOT1LQ8TEK3 1739 aa39.28■■■■□ 3.88
LIMCH1-211ENST00000509638 DLG5Q8TDM6 1919 aa39.28■■■■□ 3.88
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LIMCH1-211ENST00000509638 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa39.25■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 PHKG2P15735 406 aa39.25■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 SBF2Q86WG5 1849 aa39.24■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 GAS2L2Q8NHY3 880 aa39.24■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 IFNL2Q8IZJ0 200 aa39.23■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 RUNDC1Q96C34 613 aa39.23■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 C1orf141Q5JVX7 400 aa39.22■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 ILDR2Q71H61 639 aa39.22■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 SCN11AQ9UI33 1791 aa39.2■■■■□ 3.87
LIMCH1-211ENST00000509638 KAT6BQ8WYB5 2073 aa39.19■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 BCL9O00512 1426 aa39.19■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 MAP3K5Q99683 1374 aa39.18■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 AKAP4Q5JQC9 854 aa39.17■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 NHSQ6T4R5 1651 aa39.17■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 ADAMTS7Q9UKP4 1686 aa39.17■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 KDM6AO15550 1401 aaPredicted RBP39.16■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 NFE2L2Q16236 605 aa39.15■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM196AQ6ZSG2 479 aa39.15■■■■□ 3.86
LIMCH1-211ENST00000509638 ITGB4P16144 1822 aa39.14■■■■□ 3.86
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LIMCH1-211ENST00000509638 DCAF5Q96JK2 942 aa39.1■■■■□ 3.85
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LIMCH1-211ENST00000509638 RRP7AQ9Y3A4 280 aaKnown RBP39.09■■■■□ 3.85
LIMCH1-211ENST00000509638 APAF1O14727 1248 aa39.08■■■■□ 3.85
LIMCH1-211ENST00000509638 TNS1Q9HBL0 1735 aaKnown RBP39.08■■■■□ 3.85
LIMCH1-211ENST00000509638 ACSBG1Q96GR2 724 aa39.08■■■■□ 3.85
LIMCH1-211ENST00000509638 MRC1P22897 1456 aa39.05■■■■□ 3.84
LIMCH1-211ENST00000509638 BTAF1O14981 1849 aa39.05■■■■□ 3.84
LIMCH1-211ENST00000509638 NEUROD2Q15784 382 aa39.04■■■■□ 3.84
LIMCH1-211ENST00000509638 RIPK4P57078 832 aa39.04■■■■□ 3.84
LIMCH1-211ENST00000509638 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa39.03■■■■□ 3.84
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LIMCH1-211ENST00000509638 SIPA1L3O60292 1781 aaPredicted RBP39.02■■■■□ 3.84
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LIMCH1-211ENST00000509638 LGR6Q9HBX8 967 aa39.01■■■■□ 3.84
LIMCH1-211ENST00000509638 KCNQ2O43526 872 aa39■■■■□ 3.83
LIMCH1-211ENST00000509638 TRIM37O94972 964 aa39■■■■□ 3.83
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LIMCH1-211ENST00000509638 HTATSF1O43719 755 aaKnown RBP38.98■■■■□ 3.83
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LIMCH1-211ENST00000509638 IL17REQ8NFR9 667 aa38.98■■■■□ 3.83
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LIMCH1-211ENST00000509638 PTF1AQ7RTS3 328 aa38.97■■■■□ 3.83
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LIMCH1-211ENST00000509638 TMOD3Q9NYL9 352 aa38.94■■■■□ 3.82
LIMCH1-211ENST00000509638 CABP4P57796 275 aa38.93■■■■□ 3.82
LIMCH1-211ENST00000509638 TRIM35Q9UPQ4 493 aa38.93■■■■□ 3.82
LIMCH1-211ENST00000509638 THUMPD2Q9BTF0 503 aaKnown RBP38.92■■■■□ 3.82
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC52A2Q9HAB3 445 aa38.91■■■■□ 3.82
LIMCH1-211ENST00000509638 PAPPAQ13219 1627 aa38.91■■■■□ 3.82
LIMCH1-211ENST00000509638 TEFQ10587 303 aa38.9■■■■□ 3.82
LIMCH1-211ENST00000509638 PIGBQ92521 554 aa38.89■■■■□ 3.82
LIMCH1-211ENST00000509638 NFATC2IPQ8NCF5 419 aa38.88■■■■□ 3.81
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