RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428445.1

VARS-216, Transcript of valyl-tRNA synthetase, humanhuman

TSL 5

Gene VARS, Length 863 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VARS-216ENST00000428445 SHANK3Q9BYB0 1731 aa23.24■■□□□ 1.31
VARS-216ENST00000428445 DOT1LQ8TEK3 1739 aa23.23■■□□□ 1.31
VARS-216ENST00000428445 ANKRD36BQ8N2N9 1353 aa23.23■■□□□ 1.31
VARS-216ENST00000428445 SLC24A1O60721 1099 aa23.22■■□□□ 1.31
VARS-216ENST00000428445 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa23.22■■□□□ 1.31
VARS-216ENST00000428445 NSD2O96028 1365 aa23.22■■□□□ 1.31
VARS-216ENST00000428445 KLHL34Q8N239 644 aa23.21■■□□□ 1.31
VARS-216ENST00000428445 TUBGCP6Q96RT7 1819 aa23.21■■□□□ 1.31
VARS-216ENST00000428445 SLC27A3Q5K4L6 730 aa23.2■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 TFCP2L1Q9NZI6 479 aa23.2■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 TMF1P82094 1093 aa23.19■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa23.19■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 ZNF784Q8NCA9 323 aaPredicted RBP23.19■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 USP47Q96K76 1375 aa23.18■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP23.16■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 LY75O60449 1722 aa23.16■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 CARD14Q9BXL6 1004 aa23.15■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 QSER1Q2KHR3 1735 aa23.14■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 CHD4Q14839 1912 aa23.14■■□□□ 1.3
VARS-216ENST00000428445 MSH5O43196 834 aa23.13■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 GPR162Q16538 588 aa23.13■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 SLC16A10Q8TF71 515 aa23.13■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa23.13■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 RTL1A6NKG5 1358 aa23.13■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 TATP17735 454 aaPredicted RBP23.12■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 POLD1P28340 1107 aa23.12■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP23.12■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 NLGN2Q8NFZ4 835 aa23.12■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 KIF20BQ96Q89 1820 aa23.11■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP23.11■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa23.11■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 GOLGB1Q14789 3259 aaKnown RBP23.11■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 MAP3K5Q99683 1374 aa23.1■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 COL24A1Q17RW2 1714 aa23.09■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP23.09■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 MSL1Q68DK7 614 aa23.09■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 INSRP06213 1382 aa23.09■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa23.08■■□□□ 1.29
VARS-216ENST00000428445 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP23.08■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP23.07■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 CYP27B1O15528 508 aa23.07■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 SMIM5Q71RC9 77 aa23.06■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 CGNL1Q0VF96 1302 aa23.06■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 FLT4P35916 1363 aa23.05■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 NSD3Q9BZ95 1437 aa23.05■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa23.04■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa23.04■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 CDCA8Q53HL2 280 aa23.03■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa23.02■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 AMIGO3Q86WK7 504 aa23.02■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 ITGB4P16144 1822 aa23.02■■□□□ 1.28
VARS-216ENST00000428445 PALLDQ8WX93 1383 aa23.01■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 C5P01031 1676 aa23.01■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP23.01■■□□□ 1.271e-21■□□□□ 8.4
VARS-216ENST00000428445 POLR3GLQ9BT43 218 aa23.01■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 TAF1LQ8IZX4 1826 aa23.01■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP23■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 PIGBQ92521 554 aa22.99■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 EYA1Q99502 592 aa22.98■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP22.97■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 KIF24Q5T7B8 1368 aa22.97■■□□□ 1.27
VARS-216ENST00000428445 PHF14O94880 888 aa22.95■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 C1QTNF8P60827 252 aa22.95■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 PKD1L3Q7Z443 1732 aa22.95■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 WASHC2AQ641Q2 1341 aa22.94■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 PCGF6Q9BYE7 350 aa22.94■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 POLKQ9UBT6 870 aa22.94■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 C4BP0C0L5 1744 aa22.94■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa22.93■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP22.93■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 WWC3Q9ULE0 1092 aa22.93■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 SPG7Q9UQ90 795 aa22.93■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 SMARCC1Q92922 1105 aaPredicted RBP22.92■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 AK7Q96M32 723 aa22.92■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 ASAP1Q9ULH1 1129 aa22.92■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa22.92■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 NCAPD2Q15021 1401 aa22.91■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 LINC00116Q8NCU8 138 aa22.91■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa22.9■■□□□ 1.26
VARS-216ENST00000428445 RPL17-C18orf32A0A0A6YYL6 228 aaKnown RBP22.89■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 LOC102724428A0A0B4J2F2 783 aa22.89■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 SIK1P57059 783 aa22.89■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP22.89■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 FLAD1Q8NFF5 587 aa22.89■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 UBR3Q6ZT12 1888 aa22.89■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 PHKG2P15735 406 aa22.88■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 ITPK1Q13572 414 aa22.88■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 TMOD3Q9NYL9 352 aa22.88■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 GRIN3BO60391 1043 aa22.87■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 CD2APQ9Y5K6 639 aa22.87■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 IFNL2Q8IZJ0 200 aa22.86■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 ATG3Q9NT62 314 aa22.86■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 GIGYF1O75420 1035 aaPredicted RBP22.85■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 ATP6V1AP38606 617 aa22.85■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP22.84■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 PANK3Q9H999 370 aa22.83■■□□□ 1.25
VARS-216ENST00000428445 GNPATO15228 680 aa22.82■■□□□ 1.24
VARS-216ENST00000428445 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP22.82■■□□□ 1.24
VARS-216ENST00000428445 SLC4A9Q96Q91 983 aa22.81■■□□□ 1.24
VARS-216ENST00000428445 IGSF1Q8N6C5 1336 aa22.81■■□□□ 1.24
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