RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 NBPF8Q3BBV2 869 aa32.22■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP32.22■■■□□ 2.75
CLN3-232ENST00000568443 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP32.19■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 PLCH1Q4KWH8 1693 aa32.19■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 CABP2Q9NPB3 220 aa32.19■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 NWD2Q9ULI1 1742 aa32.19■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 GLI3P10071 1580 aa32.17■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 TRPM1Q7Z4N2 1603 aa32.17■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 TOPAZ1Q8N9V7 1692 aa32.17■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP32.17■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 BTG4Q9NY30 223 aa32.16■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 QRICH2Q9H0J4 1663 aa32.15■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP32.15■■■□□ 2.74
CLN3-232ENST00000568443 NUTM2GQ5VZR2 741 aa32.13■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 PPIP5K1Q6PFW1 1433 aa32.13■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 PRDM11Q9NQV5 511 aa32.12■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 SEPT12Q8IYM1 358 aa32.11■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 COL14A1Q05707 1796 aaKnown RBP32.11■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 EVC2Q86UK5 1308 aa32.1■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 ABTB2Q8N961 1025 aa32.1■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 CRYBG1Q9Y4K1 1723 aa32.09■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 ONECUT3O60422 494 aaPredicted RBP32.08■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 CABP1Q9NZU7 370 aa32.08■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 EP400Q96L91 3159 aa32.07■■■□□ 2.73
CLN3-232ENST00000568443 CCDC125Q86Z20 511 aa32.07■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 ZC3H6P61129 1189 aaKnown RBP32.05■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 KIAA0232Q92628 1395 aa32.05■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 TONSLQ96HA7 1378 aa32.05■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 A0A0G2JS52 829 aa32.04■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 MYT1Q01538 1121 aa32.04■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 NRAPQ86VF7 1730 aa32.03■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 CHRNA2Q15822 529 aa32.03■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 NLRP13Q86W25 1043 aa32.02■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 BRWD3Q6RI45 1802 aa32.01■■■□□ 2.72
CLN3-232ENST00000568443 FAM98CQ17RN3 349 aaKnown RBP32.01■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 BRD4O60885 1362 aaPredicted RBP32.01■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 PHRF1Q9P1Y6 1649 aaKnown RBP32■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 CARD11Q9BXL7 1154 aa32■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 KRT27Q7Z3Y8 459 aa31.99■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 SPATA31A5Q5VU36 1347 aa31.99■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 SPATA31A7Q8IWB4 1347 aa31.99■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 STRN4Q9NRL3 753 aa31.96■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 USP19O94966 1318 aa31.96■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 USP6P35125 1406 aa31.95■■■□□ 2.71
CLN3-232ENST00000568443 GCP02774 474 aa31.94■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 EVA1CP58658 441 aa31.93■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 NLRP6P59044 892 aa31.93■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 ZNF692Q9BU19 519 aaPredicted RBP31.93■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 BLMP54132 1417 aaPredicted RBP31.92■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP31.9■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 CPDO75976 1380 aa31.9■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 NRKQ7Z2Y5 1582 aa31.9■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 SPATA31A1Q5TZJ5 1347 aa31.89■■■□□ 2.7
CLN3-232ENST00000568443 SBNO2Q9Y2G9 1366 aa31.87■■■□□ 2.69
CLN3-232ENST00000568443 SSH2Q76I76 1423 aa31.86■■■□□ 2.69
CLN3-232ENST00000568443 USP35Q9P2H5 1018 aa31.84■■■□□ 2.69
CLN3-232ENST00000568443 ZRANB1Q9UGI0 708 aa31.84■■■□□ 2.69
CLN3-232ENST00000568443 CAMTA1Q9Y6Y1 1673 aa31.83■■■□□ 2.69
CLN3-232ENST00000568443 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa31.83■■■□□ 2.69
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CLN3-232ENST00000568443 TTC21AQ8NDW8 1320 aa31.79■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 CPSF1Q10570 1443 aaKnown RBP31.79■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 FAM182BQ5T319 152 aa31.79■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 LMO7Q8WWI1 1683 aa31.78■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 THSD7AQ9UPZ6 1657 aa31.78■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 AKAP12Q02952 1782 aa31.78■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 PIK3C2AO00443 1686 aa31.77■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 BARGINQ6ZT62 677 aa31.77■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 TMC1Q8TDI8 760 aa31.77■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 SLIT3O75094 1523 aa31.76■■■□□ 2.68
CLN3-232ENST00000568443 TCP11L2Q8N4U5 519 aa31.76■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 KCNH5Q8NCM2 988 aa31.75■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 AATKQ6ZMQ8 1374 aa31.74■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 BAG6P46379 1132 aa31.72■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 THRAP3Q9Y2W1 955 aaKnown RBP31.72■■■□□ 2.67
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CLN3-232ENST00000568443 SOX12O15370 315 aa31.71■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP31.71■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP31.71■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 SLC12A5Q9H2X9 1139 aa31.71■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 ST20-MTHFSA0A0A6YYL1 179 aa31.7■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 PDE3BQ13370 1112 aa31.7■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 PUS7Q96PZ0 661 aaKnown RBP31.7■■■□□ 2.67
CLN3-232ENST00000568443 FAM196AQ6ZSG2 479 aa31.69■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 SLC24A1O60721 1099 aa31.68■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF25Q86VW2 580 aa31.68■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 TERF2IPQ9NYB0 399 aa31.67■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 CRB1P82279 1406 aa31.66■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 TESK2Q96S53 571 aa31.66■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 AXIN2Q9Y2T1 843 aa31.66■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 MON2Q7Z3U7 1717 aa31.66■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 TOM1L2Q6ZVM7 507 aa31.65■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 CD163L1Q9NR16 1453 aa31.64■■■□□ 2.66
CLN3-232ENST00000568443 PCGF6Q9BYE7 350 aa31.63■■■□□ 2.65
CLN3-232ENST00000568443 RGPD1P0DJD0 1748 aa31.62■■■□□ 2.65
CLN3-232ENST00000568443 COL18A1P39060 1754 aa31.62■■■□□ 2.65
CLN3-232ENST00000568443 NME9Q86XW9 330 aa31.62■■■□□ 2.65
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