RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PTPN4-208	ENST00000460289	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PTPN4-208	ENST00000460289	ALS2	Q96Q42	1657 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PTPN4-208	ENST00000460289	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPN4-208	ENST00000460289	CABP1	Q9NZU7	370 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPN4-208	ENST00000460289	ATRN	O75882	1429 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PTPN4-208	ENST00000460289	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPN4-208	ENST00000460289	SLIT2	O94813	1529 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPN4-208	ENST00000460289	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PTPN4-208	ENST00000460289	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	32.56	■■■□□ 2.8
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM83G	A6ND36	823 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PTPN4-208	ENST00000460289	ABTB2	Q8N961	1025 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PTPN4-208	ENST00000460289	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PTPN4-208	ENST00000460289	ABCA3	Q99758	1704 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PTPN4-208	ENST00000460289	RGS12	O14924	1447 aa		32.51	■■■□□ 2.8
PTPN4-208	ENST00000460289	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	32.5	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	32.49	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC24A1	O60721	1099 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	VPS72	Q15906	364 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	NLRP13	Q86W25	1043 aa		32.47	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	USP6	P35125	1406 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	BTG4	Q9NY30	223 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PTPN4-208	ENST00000460289	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	32.43	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	32.42	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	32.42	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	32.42	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	32.41	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	32.39	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	USP19	O94966	1318 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	KIAA0232	Q92628	1395 aa		32.39	■■■□□ 2.78
PTPN4-208	ENST00000460289	SSH2	Q76I76	1423 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	NLRP6	P59044	892 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	TESK2	Q96S53	571 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	GC	P02774	474 aa		32.36	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	TMC1	Q8TDI8	760 aa		32.36	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	32.36	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	32.35	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		32.35	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	GLI3	P10071	1580 aa		32.35	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	32.34	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	CHRNA2	Q15822	529 aa		32.34	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		32.33	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	32.33	■■■□□ 2.77
PTPN4-208	ENST00000460289	CPD	O75976	1380 aa		32.32	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	USP47	Q96K76	1375 aa		32.32	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	32.31	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		32.3	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	AKAP12	Q02952	1782 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	NRAP	Q86VF7	1730 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		32.28	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	TMF1	P82094	1093 aa		32.27	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		32.26	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		32.26	■■■□□ 2.76
PTPN4-208	ENST00000460289	EVA1C	P58658	441 aa		32.26	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	STRN4	Q9NRL3	753 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	32.23	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		32.23	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	PIK3C2A	O00443	1686 aa		32.22	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	32.22	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	SLIT3	O75094	1523 aa		32.21	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A0G2JS52	829 aa		32.21	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	MYT1	Q01538	1121 aa		32.21	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	CDCA8	Q53HL2	280 aa		32.2	■■■□□ 2.75
PTPN4-208	ENST00000460289	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		32.19	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		32.18	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		32.18	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		32.18	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		32.17	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC125	Q86Z20	511 aa		32.17	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A1W2PP64	1363 aa		32.17	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		32.17	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	32.17	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	USP31	Q70CQ4	1352 aa		32.16	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		32.14	■■■□□ 2.74
PTPN4-208	ENST00000460289	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	32.13	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		32.13	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	NME9	Q86XW9	330 aa		32.13	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	SOX12	O15370	315 aa		32.12	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	USP35	Q9P2H5	1018 aa		32.12	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		32.1	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		32.09	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	32.09	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		32.08	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	32.08	■■■□□ 2.73
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		32.07	■■■□□ 2.72
PTPN4-208	ENST00000460289	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		32.06	■■■□□ 2.72
PTPN4-208	ENST00000460289	EP400	Q96L91	3159 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PTPN4-208	ENST00000460289	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	32.04	■■■□□ 2.72	1e-7	■■■■■ 57.2

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