RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	AUH	Q13825	339 aa	Known RBP	24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC6	Q16204	474 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	FSCB	Q5H9T9	825 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TTC39B	Q5VTQ0	682 aa	Predicted RBP	24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TRNP1	Q6NT89	227 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	FBXL22	Q6P050	247 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	EMC1	Q8N766	993 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	NT5C3B	Q969T7	300 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PGAP3	Q96FM1	320 aa	Predicted RBP	24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	LMLN	Q96KR4	655 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MRGPRX1	Q96LB2	322 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CFAP57	Q96MR6	1250 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TKTL2	Q9H0I9	626 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SIK2	Q9H0K1	926 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ADAM22	Q9P0K1	906 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	KIAA1522	Q9P206	1035 aa	Predicted RBP	24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	VANGL2	Q9ULK5	521 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MYO6	Q9UM54	1294 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	HS3ST4	Q9Y661	456 aa		24.82	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	LRRC53	A6NM62	1247 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ADCY5	O95622	1261 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CSK	P41240	450 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	FANCC	Q00597	558 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CREB5	Q02930	508 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	LMNB2	Q03252	620 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CSRP2	Q16527	193 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	LPCAT2	Q7L5N7	544 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ARC	Q7LC44	396 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CCAR2	Q8N163	923 aa	Known RBP	24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ARHGEF38	Q9NXL2	777 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MBD1	Q9UIS9	605 aa	Predicted RBP	24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PCDHGA5	Q9Y5G8	931 aa		24.81	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A1B0GVM2	712 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TCAF2	A6NFQ2	919 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF217	O75362	1048 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MOCS3	O95396	460 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CALB1	P05937	261 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	RDX	P35241	583 aa	Known RBP	24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MPL	P40238	635 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	DHPS	P49366	369 aa	Predicted RBP	24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ATXN1	P54253	815 aa	Known RBP	24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	NR1I3	Q14994	352 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ASIC2	Q16515	512 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PTPRN	Q16849	979 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PITRM1	Q5JRX3	1037 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PHF13	Q86YI8	300 aa	Predicted RBP	24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF366	Q8N895	744 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	IGSF8	Q969P0	613 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PRDM16	Q9HAZ2	1276 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM51	Q9NW97	253 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	INTS6	Q9UL03	887 aa	Known RBP	24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP8B1	Q9UNU6	501 aa		24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	DYNC1LI1	Q9Y6G9	523 aa	Known RBP	24.8	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	RALGAPA1	Q6GYQ0	2036 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ABCA7	Q8IZY2	2146 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MSANTD3-TMEFF1	A0A0A6YYJ0	341 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	GJB6	O95452	261 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ASL	P04424	464 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ST8SIA6	P61647	398 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP11A	P98196	1134 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PTP4A2	Q12974	167 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PRR23C	Q6ZRP0	262 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ARMCX6	Q7L4S7	300 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	IRF2BP2	Q7Z5L9	587 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CACUL1	Q86Y37	369 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEFF1	Q8IYR6	380 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TTC17	Q96AE7	1141 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SELENOO	Q9BVL4	669 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MKRN2	Q9H000	416 aa	Known RBP	24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM245	Q9H330	911 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	ANLN	Q9NQW6	1124 aa		24.79	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	THADA	Q6YHU6	1953 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MUC22	E2RYF6	1773 aa	Predicted RBP	24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PDGFRA	P16234	1089 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TNFAIP3	P21580	790 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SDC4	P31431	198 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	IRAK1	P51617	712 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CDO1	Q16878	200 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SFMBT2	Q5VUG0	894 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC36A4	Q6YBV0	504 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP2U1	Q7Z449	544 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	C14orf80	Q86SX3	495 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM131B	Q86XD5	332 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	TMPRSS6	Q8IU80	811 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	C12orf50	Q8NA57	414 aa	Predicted RBP	24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	JOSD2	Q8TAC2	188 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	RXFP2	Q8WXD0	754 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PRCC	Q92733	491 aa	Predicted RBP	24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	CD93	Q9NPY3	652 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SNX10	Q9Y5X0	201 aa		24.78	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	IGHV1OR15-9	A0A0B4J2B8	117 aa		24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	KRT3	P12035	628 aa		24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	UBASH3A	P57075	661 aa		24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	RPL6	Q02878	288 aa	Known RBP	24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	PLEKHG6	Q3KR16	790 aa		24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	MON1B	Q7L1V2	547 aa		24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	APCDD1	Q8J025	514 aa		24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	OR2T3	Q8NH03	318 aa		24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SIPA1	Q96FS4	1042 aa		24.77	■■□□□ 1.56
CPNE1-223	ENST00000475146	SMOC1	Q9H4F8	434 aa		24.77	■■□□□ 1.56

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