RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF34	Q969K3	372 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	EPAS1	Q99814	870 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PRMT1	Q99873	361 aa	Known RBP	13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	HEMGN	Q9BXL5	484 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	COL25A1	Q9BXS0	654 aa	Predicted RBP	13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	CALN1	Q9BXU9	219 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	DCLK3	Q9C098	648 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF38	Q9H0F5	515 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	NSUN3	Q9H649	340 aa	Known RBP	13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	SMARCAL1	Q9NZC9	954 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	THEG	Q9P2T0	379 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PPARGC1A	Q9UBK2	798 aa	Known RBP	13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	NUDT5	Q9UKK9	219 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PLXNA4	Q9HCM2	1894 aa		13.19	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PER2	O15055	1255 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	CCL16	O15467	120 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	MSI1	O43347	362 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	MOSPD3	O75425	235 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	RFPL2	O75678	378 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	HOXB8	P17481	243 aa	Predicted RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	GJC1	P36383	396 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	COIL	P38432	576 aa	Predicted RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	DRG2	P55039	364 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	LMNB2	Q03252	620 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	XRCC4	Q13426	336 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC70	Q6NSX1	233 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	RFX8	Q6ZV50	586 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	SYDE1	Q6ZW31	735 aa	Predicted RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	HS6ST3	Q8IZP7	471 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	LZTR1	Q8N653	840 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	GPR161	Q8N6U8	529 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	EIF1AD	Q8N9N8	165 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	LRRN4CL	Q8ND94	238 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	SEC14L1	Q92503	715 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	MAGOHB	Q96A72	148 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ACSF2	Q96CM8	615 aa	Predicted RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ZFR	Q96KR1	1074 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	AP1M1	Q9BXS5	423 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	TASP1	Q9H6P5	420 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	SFXN1	Q9H9B4	322 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGEF4	Q9NR80	690 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	KLHL11	Q9NVR0	708 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	GPATCH2L	Q9NWQ4	482 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	STIM2	Q9P246	746 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF510	Q9Y2H8	683 aa		13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PRRC2B	Q5JSZ5	2229 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	SYNJ2BP-COX16	A0A087WUM0	186 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC195	A0A1B0GUA6	201 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	C2orf78	A6NCI8	922 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM187A	A6NFU0	413 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM72C	H0Y354	149 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	EEF2K	O00418	725 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	DCLK1	O15075	740 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	NCAM2	O15394	837 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	FGF10	O15520	208 aa	Predicted RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	GREM1	O60565	184 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	STC2	O76061	302 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	LRIG2	O94898	1065 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	RHO	P08100	348 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	GOT1	P17174	413 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	STIP1	P31948	543 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	NRIP1	P48552	1158 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	HARS2	P49590	506 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF33A	Q06730	810 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	MMRN1	Q13201	1228 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ADAM15	Q13444	863 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	COL19A1	Q14993	1142 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	OASL	Q15646	514 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP6R3	Q5H9R7	873 aa	Predicted RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	TJAP1	Q5JTD0	557 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM72A	Q5TYM5	149 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM72D	Q6L9T8	149 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	HTR3D	Q70Z44	454 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PDZD4	Q76G19	769 aa	Predicted RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM72B	Q86X60	149 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	MIB1	Q86YT6	1006 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	RFX6	Q8HWS3	928 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	LRRC49	Q8IUZ0	686 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PYROXD2	Q8N2H3	581 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ATXN2L	Q8WWM7	1075 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	GCNA	Q96QF7	691 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	DDX50	Q9BQ39	737 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	CORO1B	Q9BR76	489 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC46A2	Q9BY10	475 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	MAGEB5	Q9BZ81	275 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	BRD8	Q9H0E9	1235 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ATXN3L	Q9H3M9	355 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	COX16	Q9P0S2	106 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	RASAL2	Q9UJF2	1139 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGAP26	Q9UNA1	814 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	HS3ST4	Q9Y661	456 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	CDH23	Q9H251	3354 aa		13.17	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	PRUNE2	Q8WUY3	3088 aa		13.16	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	GREB1	Q4ZG55	1949 aa		13.16	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	TRAV19	A0A0A6YYK7	116 aa		13.16	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	GFRA2	O00451	464 aa		13.16	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	APOL1	O14791	398 aa		13.16	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	LIAS	O43766	372 aa		13.16	□□□□□ -0.3
TRAF4-208	ENST00000469529	ACSL4	O60488	711 aa		13.16	□□□□□ -0.3

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