RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	DNMT3L	Q9UJW3	386 aa		13.25	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		13.25	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	HBS1L	Q9Y450	684 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	hCG_1818297	A0A087WSY0	165 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	EPOP	A6NHQ4	379 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	RFXAP	O00287	272 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	DLL1	O00548	723 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CTIF	O43310	598 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TJP3	O95049	919 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	OLFM2	O95897	454 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	OAS1	P00973	400 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	IGLV3-27	P01718	113 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP5C1	P36542	298 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SEMA3B	Q13214	749 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TFDP2	Q14188	446 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SIX1	Q15475	284 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	DUSP6	Q16828	381 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	LONRF2	Q1L5Z9	754 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	GLE1	Q53GS7	698 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	KCNT1	Q5JUK3	1230 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PPM1L	Q5SGD2	360 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TAC4	Q86UU9	113 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ELMOD1	Q8N336	334 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CASP10	Q92851	521 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	MRPL38	Q96DV4	380 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF157	Q96PX1	679 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SNRNP25	Q9BV90	132 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	RETREG1	Q9H6L5	497 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	LRRC19	Q9H756	370 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM204A	Q9H8W3	233 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ZWILCH	Q9H900	591 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDH18	Q9HCL0	1135 aa		13.24	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	KIAA1671	Q9BY89	1806 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	LRRD1	A4D1F6	860 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TLR5	O60602	858 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TADA3	O75528	432 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	KRT1	P04264	644 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SPATA31D3	P0C874	917 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PTPN2	P17706	415 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	POU3F3	P20264	500 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	DDX6	P26196	483 aa	Known RBP eCLIP	13.23	□□□□□ -0.29	5e-6	■□□□□ 11.1
TRAF4-208	ENST00000469529	CDC25C	P30307	473 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	DNA2	P51530	1060 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ATXN1	P54253	815 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	MLLT6	P55198	1093 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	COG7	P83436	770 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	IFRD2	Q12894	506 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF211	Q13398	564 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	DPYSL3	Q14195	570 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CCNG2	Q16589	344 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ODF2	Q5BJF6	829 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SPATA31D4	Q6ZUB0	917 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	BBS12	Q6ZW61	710 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ANKS1B	Q7Z6G8	1248 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM131B	Q86XD5	332 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TMC8	Q8IU68	726 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ZDHHC14	Q8IZN3	488 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	MICALL1	Q8N3F8	863 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC185	Q8N715	623 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	C12orf50	Q8NA57	414 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TTC13	Q8NBP0	860 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP2R3C	Q969Q6	453 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF25	Q96BH1	459 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CAPZA3	Q96KX2	299 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	RUNDC3B	Q96NL0	473 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TLE6	Q9H808	572 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	MARCH2	Q9P0N8	246 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	FEZ2	Q9UHY8	353 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	MAGED2	Q9UNF1	606 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	AP4E1	Q9UPM8	1137 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	DRG1	Q9Y295	367 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PATJ	Q8NI35	1801 aa		13.23	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CLUH	O75153	1309 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529		I6L893	689 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	KRIT1	O00522	736 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	XYLB	O75191	536 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ZFX	P17010	805 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CDH6	P55285	790 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TBX4	P57082	545 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	NME3	Q13232	169 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ANKRD20A8P	Q5CZ79	823 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ZC3H12A	Q5D1E8	599 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	EFHC2	Q5JST6	749 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	C10orf120	Q5SQS8	335 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC9A4	Q6AI14	798 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	UNC45B	Q8IWX7	931 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PRELID2	Q8N945	189 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SLCO2A1	Q92959	643 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	FCRL2	Q96LA5	508 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PRKD2	Q9BZL6	878 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TKTL2	Q9H0I9	626 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SLITRK6	Q9H5Y7	841 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PRDM6	Q9NQX0	595 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	STAU2	Q9NUL3	570 aa	Known RBP eCLIP	13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SFMBT1	Q9UHJ3	866 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC12A6	Q9UHW9	1150 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	HCFC2	Q9Y5Z7	792 aa		13.22	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CHD7	Q9P2D1	2997 aa		13.21	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	GOLGA6L10	A0A0M3HER8	536 aa		13.21	□□□□□ -0.29

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