RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	NTAN1	Q96AB6	310 aa		13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	SLITRK1	Q96PX8	696 aa		13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	SMOC2	Q9H3U7	446 aa		13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ENTPD7	Q9NQZ7	604 aa		13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	TLR8	Q9NR97	1041 aa	Known RBP	13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	OLA1	Q9NTK5	396 aa	Known RBP	13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	UXT	Q9UBK9	157 aa	Predicted RBP	13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	NAALADL1	Q9UQQ1	740 aa		13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	YIPF1	Q9Y548	306 aa		13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	INSL5	Q9Y5Q6	135 aa		13.3	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	NLRC5	Q86WI3	1866 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	HIDE1	A8MVS5	230 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PRPSAP2	O60256	369 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	SRGAP2	O75044	1071 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	GLUD1	P00367	558 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	RARA	P10276	462 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	RALA	P11233	206 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	NCAM1	P13591	858 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	KLRC2	P26717	231 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	IL1R2	P27930	398 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	RDX	P35241	583 aa	Known RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	CETN2	P41208	172 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	CLCN4	P51793	760 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF135	P52742	658 aa	Predicted RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	EPHB3	P54753	998 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	SCAP	Q12770	1279 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	TAF10	Q12962	218 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	MTA1	Q13330	715 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	VEPH1	Q14D04	833 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PDK2	Q15119	407 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP2R5E	Q16537	467 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	C15orf59	Q2T9L4	293 aa	Predicted RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PABPC1L	Q4VXU2	614 aa	Known RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ERMARD	Q5T6L9	678 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ACBD5	Q5T8D3	534 aa	Predicted RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	SH3PXD2A	Q5TCZ1	1133 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	OTUD1	Q5VV17	481 aa	Predicted RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAJB7	Q7Z6W7	309 aa	Predicted RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	TADA2B	Q86TJ2	420 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PHF6	Q8IWS0	365 aa	Known RBP eCLIP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC22A17	Q8WUG5	538 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	MAIP1	Q8WWC4	291 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXO32	Q969P5	355 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	RBM41	Q96IZ5	413 aa	Known RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ADAM33	Q9BZ11	813 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	NMUR1	Q9HB89	426 aa		13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	WDR6	Q9NNW5	1121 aa	Known RBP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	MTPAP	Q9NVV4	582 aa	Known RBP eCLIP	13.29	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PQH9	124 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF840P	A6NDX5	716 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	C3orf70	A6NLC5	250 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529		M0QYT0	321 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PDE2A	O00408	941 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PRRG1	O14668	218 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF185	O15231	689 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	CEP104	O60308	925 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	CLASP2	O75122	1294 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	SLU7	O95391	586 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	HNRNPA1	P09651	372 aa	Known RBP eCLIP	13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	TCF4	P15884	667 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PFKL	P17858	780 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	IGFBP4	P22692	258 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	CXCR5	P32302	372 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ADRA1B	P35368	520 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	MARCKSL1	P49006	195 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	CDR1	P51861	262 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	KPNA1	P52294	538 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP11A	P98196	1134 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	DPYSL2	Q16555	572 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	SDHAF4	Q5VUM1	108 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	MAP7D3	Q8IWC1	876 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	MICAL1	Q8TDZ2	1067 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	DQX1	Q8TE96	717 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	OSER1	Q9NX31	292 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	UST	Q9Y2C2	406 aa		13.28	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PTPRD	P23468	1912 aa		13.27	□□□□□ -0.28
TRAF4-208	ENST00000469529	PGRMC1	O00264	195 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ZMYND10	O75800	440 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SOAT2	O75908	522 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC2A3	P11169	496 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TFE3	P19532	575 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	KDELR1	P24390	212 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	CDKN2B	P42772	138 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	HCAR3	P49019	387 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PGF	P49763	221 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SULT1E1	P49888	294 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	EPHA5	P54756	1037 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	DEUP1	Q05D60	604 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	RING1	Q06587	406 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TWF1	Q12792	350 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	MTMR3	Q13615	1198 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	ADGRE1	Q14246	886 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP2R5D	Q14738	602 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	BRMS1L	Q5PSV4	323 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	TXNRD3NB	Q6F5E7	133 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC13A5	Q86YT5	568 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	LEMD2	Q8NC56	503 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	SPATA4	Q8NEY3	305 aa		13.27	□□□□□ -0.29
TRAF4-208	ENST00000469529	GIPC2	Q8TF65	315 aa		13.27	□□□□□ -0.29

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