RNA–Protein interactions for RNA: YKL054C

DEF1, Transcript of RNAPII degradation factor, yeast

Gene DEF1, Length 2,217 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
DEF1	YKL054C	YDR366C	P87287	132 aa		4.65	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YOL029C	Q08187	201 aa		4.65	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	MRPL24	P36525	258 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YFL019C	P43576	117 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YGL118C	P53132	145 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	RSM10	Q03201	203 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	VPS71	Q03433	280 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	FYV7	Q12247	151 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	SGA1	P08019	549 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YRA2	P36036	203 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.64	□□□□□ -1.67	not detected
DEF1	YKL054C	RGI1	P40043	161 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	GLR1	P41921	483 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	SER2	P42941	309 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YPL264C	Q08980	353 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	PSF1	Q12488	208 aa		4.64	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	TOP2	P06786	1428 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	SFC1	P33303	322 aa		4.63	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	PTC1	P35182	281 aa		4.63	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	SWD3	P38123	315 aa		4.63	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	PFS2	P42841	465 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YGR039W	P53225	103 aa		4.63	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	BET1	P22804	142 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	PRE7	P23724	241 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	SPT14	P32363	452 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YER181C	P40097	107 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	IGD1	P43598	195 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YDL211C	Q12121	372 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YIR021W-A	Q3E739	70 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YAL067W-A	Q8TGK6	75 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	PHO85	P17157	305 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	NSG1	P38837	291 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	APS2	Q00381	147 aa		4.62	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	SCW4	P53334	386 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	NUP157	P40064	1391 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	ATP5	P09457	212 aa		4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	SPT15	P13393	240 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	FYV4	P38783	130 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	TIF34	P40217	347 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	CGI121	Q03705	181 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	SLD7	Q08457	257 aa		4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	GEP5	Q12393	293 aa		4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YML100W-A	Q8TGT0	57 aa		4.61	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	URA5	P13298	226 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	VTC1	P40046	129 aa	RIP-Chip data	4.6	□□□□□ -1.67	not detected
DEF1	YKL054C	HHO1	P53551	258 aa		4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	ALG9	P53868	555 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YOL014W	Q08110	124 aa		4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YLR412C-A	Q3E742	68 aa		4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	PAN1	P32521	1480 aa		4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	FMP49	A0A023PZB3	126 aa		4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	COX10	P21592	462 aa		4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	AYR1	P40471	297 aa		4.6	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	CCA1	P21269	546 aa		4.59	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YBL059W	P34224	193 aa		4.59	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YHL026C	P38740	315 aa		4.59	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	RRT13	P40042	185 aa		4.59	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YJL218W	P40892	196 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YIL177C	P40434	1758 aa		4.59	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	YJL225C	P40889	1758 aa		4.59	□□□□□ -1.67
DEF1	YKL054C	BUD23	P25627	275 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YBL010C	P32788	280 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	SHB17	P36136	271 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YKR070W	P36151	352 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	FCY21	P40039	528 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	PRE5	P40302	234 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	PST1	Q12355	444 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	RPL9A	P05738	191 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	TIR1	P10863	254 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	ARO2	P28777	376 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	RNP1	P32385	249 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	RCN1	P36054	211 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	FIS1	P40515	155 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YIL054W	P40524	105 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	RPL9B	P51401	191 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YBR298C-A	Q8TGK4	73 aa		4.58	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	CTR2	P38865	189 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	ATG39	Q06159	398 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	MCH1	Q07376	486 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YNL162W-A	Q3E7A8	72 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	MDS3	P53094	1487 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	RPL14A	P36105	138 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	COS8	P38723	381 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	RPL14B	P38754	138 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YHR140W	P38842	239 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	SFT1	P43682	97 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	TIM13	P53299	105 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	ISD11	Q6Q560	94 aa		4.57	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	PHO13	P19881	312 aa		4.56	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	MRPL27	P36526	146 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	SPC3	Q12133	184 aa		4.56	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	SKG1	P36169	355 aa		4.56	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YAR068W	P39564	161 aa		4.56	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	AVT2	P39981	480 aa		4.56	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	FCF1	Q05498	189 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	SUI1	P32911	108 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	GPI18	P38211	433 aa		4.55	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	KRE9	P39005	276 aa		4.55	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YNL033W	P53964	284 aa		4.55	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	YNL019C	P53975	284 aa		4.55	□□□□□ -1.68
DEF1	YKL054C	CWC27	Q02770	301 aa		4.55	□□□□□ -1.68

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