RNA–Protein interactions for RNA: YGR003W

CUL3, Transcript of Ubiquitin-protein ligase, yeast

Gene CUL3, Length 2,235 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CUL3	YGR003W	MRPL25	P23369	157 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	SIP3	P38717	1229 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	RTC3	P38804	111 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	RSM25	P40496	264 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	EAF6	P47128	113 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	DID2	P69771	204 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	UBC7	Q02159	165 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	PET191	Q02772	108 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	SWP1	Q02795	286 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	RIO1	Q12196	484 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	TCA17	P32613	152 aa		0.43	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	POP4	P38336	279 aa		0.43	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YER076C	P40049	302 aa		0.43	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	NUP84	P52891	726 aa		0.43	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	TIM9	O74700	87 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	VAR1	P02381	398 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	SIR2	P06700	562 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	ATG22	P25568	528 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	CUE1	P38428	203 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	FMC1	P40491	155 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	KNH1	P50112	268 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MRPL50	P53724	139 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YLR283W	Q05867	314 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	ANT1	Q06497	328 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YHR214C-E	Q8TGK0	99 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YCR016W	P25617	290 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MSN4	P33749	630 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	TMA19	P35691	167 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	UMP1	P38293	148 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MIC12	P38341	106 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	RPL37A	P49166	88 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	SNZ1	Q03148	297 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	CDC123	Q05791	360 aa		0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	FSF1	Q12029	327 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YET1	P35723	206 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	AST2	P39945	430 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YEL067C	P39978	195 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	RRN5	Q02983	363 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YMD8	Q03697	442 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YFR032C-B	Q8TGU2	87 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	THP2	O13539	261 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YMR31	P19955	123 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	ATP15	P21306	62 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MRPS28	P21771	286 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	IDH1	P28834	360 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.41	□□□□□ -2.34	not detected
CUL3	YGR003W	MGM101	P32787	269 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	GVP36	P40531	326 aa	Known RBP	0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	ERJ5	P43613	295 aa	Predicted RBP	0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YDR248C	Q03786	193 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YPL162C	Q12042	273 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MED4	Q12343	284 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	TSC3	Q3E790	80 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MET5	P47169	1442 aa		0.41	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YLR236C	A0A023PZG4	107 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	SEC4	P07560	215 aa	Known RBP	0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	NSP1	P14907	823 aa	Known RBP	0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	APS1	P35181	156 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	MRPL28	P36527	147 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YER085C	P40058	173 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	BXI1	P48558	297 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	MIC26	P50087	233 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	PRM8	P53174	237 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YGR050C	P53231	118 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YDR274C	P87283	123 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YDR249C	Q03787	373 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YKL183C-A	Q3E765	70 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YNL146C-A	Q3E7Z1	64 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	BRR6	P53062	197 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	MPC3	P53311	146 aa		0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	LSO2	Q3E772	92 aa	Known RBP	0.4	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	FAR7	P43592	221 aa		0.39	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	FYV6	P53913	173 aa		0.39	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YOL160W	Q08321	113 aa		0.39	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	GPM2	Q12008	311 aa		0.39	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YDR157W	A0A023PZE8	133 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	ARG80	P07249	177 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	RPL27A	P0C2H6	136 aa	Known RBP	0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YHR212W-A	P0CX91	67 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	ERG28	P40030	148 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	RIO2	P40160	425 aa	Known RBP	0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	PRE6	P40303	254 aa	Known RBP	0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	MGA1	P53050	456 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YNG1	Q08465	219 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	ATG40	Q99325	256 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	SEC11	P15367	167 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	VMA6	P32366	345 aa	Known RBP	0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	PTM1	P32857	523 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	SNC2	P33328	115 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	PRX1	P34227	261 aa	Known RBP	0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	ADO1	P47143	340 aa	Known RBP	0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	SAY1	P53324	424 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	CUS2	P53830	285 aa	Predicted RBP	0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	RAD28	Q12021	506 aa		0.38	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	PBN1	P25580	416 aa		0.37	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	TFC1	P32367	649 aa		0.37	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	CBT1	P36038	271 aa	Predicted RBP	0.37	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YNL194C	P40169	301 aa		0.37	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	HUA1	P40325	198 aa		0.37	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YFL065C	P43539	102 aa		0.37	□□□□□ -2.35
CUL3	YGR003W	YNL247W	P53852	767 aa	Known RBP	0.37	□□□□□ -2.35

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