RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	PSTPIP2	Q9H939	334 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	27.67	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	KIAA1217	Q5T5P2	1943 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM43B	A6NCK2	446 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	GH1	P01241	217 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM43	Q96BQ3	446 aa	Predicted RBP	27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	ZSWIM6	Q9HCJ5	1215 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM39A	Q9NV64	488 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	CYP46A1	Q9Y6A2	500 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIOBP	Q9H2D6	2365 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A1W2PPC1	479 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	PIK3CD	O00329	1044 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	CDK7	P50613	346 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	PSMC6	P62333	389 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	FUT2	Q10981	343 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	ITGA7	Q13683	1181 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	FBXL16	Q8N461	479 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	FRMPD4	Q14CM0	1322 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	LTBP2	Q14767	1821 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	MEIS2	O14770	477 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	27.64	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	PURA	Q00577	322 aa	Known RBP	27.64	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	FAAP100	Q0VG06	881 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	WWC2	Q6AWC2	1192 aa		27.64	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	UPF3B	Q9BZI7	483 aa	Known RBP	27.64	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	27.64	■■■□□ 2.02
CPNE1-223	ENST00000475146		A6NJR5	290 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	TLR3	O15455	904 aa	Known RBP	27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	NAPA	P54920	295 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	ARHGAP1	Q07960	439 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM126B	Q8IXS8	530 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	AFG1L	Q8WV93	481 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	BAD	Q92934	168 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	MTG1	Q9BT17	334 aa	Predicted RBP	27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	TM6SF1	Q9BZW5	370 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	KIAA0355	O15063	1070 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	KPNA6	O60684	536 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	RGS20	O76081	388 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	RAG1	P15918	1043 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	UBE2S	Q16763	222 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	GRIN2D	O15399	1336 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	NID2	Q14112	1375 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	FXR1	P51114	621 aa	Known RBP eCLIP	27.61	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	KCNV1	Q6PIU1	500 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC43A3	Q8NBI5	491 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	MMP3	P08254	477 aa		27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	PPP1R18	Q6NYC8	613 aa		27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	TDH	Q8IZJ6	230 aa		27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	SEZ6L	Q9BYH1	1024 aa		27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	TBX21	Q9UL17	535 aa		27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	DNAH12	Q6ZR08	3092 aa		27.6	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	SPDYE3	A6NKU9	549 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	hCG_1984214	I3L0E3	225 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	SORBS3	O60504	671 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	STAM2	O75886	525 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	ITGB8	P26012	769 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	MRPS9	P82933	396 aa	Known RBP	27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	LAMC2	Q13753	1193 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	TYW1B	Q6NUM6	668 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF713	Q8N859	430 aa	Predicted RBP	27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	PDRG1	Q9NUG6	133 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		27.59	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	STXBP3	O00186	592 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	CHMP4BP1	P59074	171 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM47C	Q5HY64	1035 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	PCNX4	Q63HM2	1172 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	EMID1	Q96A84	441 aa	Predicted RBP	27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	BARHL2	Q9NY43	387 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CPNE1-223	ENST00000475146	GGPS1	O95749	300 aa		27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	CD4	P01730	458 aa		27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	TGFB3	P10600	412 aa		27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	ADCY7	P51828	1080 aa		27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	EVC	P57679	992 aa		27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	AKAP17A	Q02040	695 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	XRRA1	Q6P2D8	792 aa		27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	INPP4A	Q96PE3	977 aa	Predicted RBP	27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	EHMT1	Q9H9B1	1298 aa		27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	NCOA5	Q9HCD5	579 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	RIC8A	Q9NPQ8	531 aa		27.57	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	SCG2	P13521	617 aa		27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	DGKD	Q16760	1214 aa		27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	CELF3	Q5SZQ8	465 aa	Known RBP	27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PPTC7	Q8NI37	304 aa		27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PHKB	Q93100	1093 aa		27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PPP1R12C	Q9BZL4	782 aa		27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	TRPV6	Q9H1D0	765 aa		27.56	■■■□□ 2
CPNE1-223	ENST00000475146	PCDHA6	Q9UN73	950 aa		27.56	■■■□□ 2

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