Protein–RNA interactions for Protein: P08254

MMP3, Stromelysin-1, humanhuman

Predictions only

Length 477 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MMP3P08254 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC38.82■■■■□ 3.8
MMP3P08254 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC38.07■■■■□ 3.68
MMP3P08254 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
MMP3P08254 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
MMP3P08254 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
MMP3P08254 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.48■■■■□ 3.59
MMP3P08254 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.44■■■■□ 3.58
MMP3P08254 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC37.24■■■■□ 3.55
MMP3P08254 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
MMP3P08254 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
MMP3P08254 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
MMP3P08254 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC36.32■■■■□ 3.4
MMP3P08254 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC36.28■■■■□ 3.4
MMP3P08254 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
MMP3P08254 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
MMP3P08254 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
MMP3P08254 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
MMP3P08254 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
MMP3P08254 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC35.85■■■■□ 3.33
MMP3P08254 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
MMP3P08254 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
MMP3P08254 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
MMP3P08254 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
MMP3P08254 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
MMP3P08254 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
MMP3P08254 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
MMP3P08254 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
MMP3P08254 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
MMP3P08254 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.11■■■■□ 3.21
MMP3P08254 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC35.09■■■■□ 3.21
MMP3P08254 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
MMP3P08254 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
MMP3P08254 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
MMP3P08254 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
MMP3P08254 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
MMP3P08254 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
MMP3P08254 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC34.58■■■■□ 3.13
MMP3P08254 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
MMP3P08254 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC34.53■■■■□ 3.12
MMP3P08254 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
MMP3P08254 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC34.49■■■■□ 3.11
MMP3P08254 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
MMP3P08254 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
MMP3P08254 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
MMP3P08254 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
MMP3P08254 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
MMP3P08254 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
MMP3P08254 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
MMP3P08254 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
MMP3P08254 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
MMP3P08254 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
MMP3P08254 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
MMP3P08254 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC33.68■■■□□ 2.98
MMP3P08254 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
MMP3P08254 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
MMP3P08254 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
MMP3P08254 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
MMP3P08254 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC33.56■■■□□ 2.96
MMP3P08254 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
MMP3P08254 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
MMP3P08254 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
MMP3P08254 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
MMP3P08254 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
MMP3P08254 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
MMP3P08254 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
MMP3P08254 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
MMP3P08254 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
MMP3P08254 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
MMP3P08254 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
MMP3P08254 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC33.4■■■□□ 2.94
MMP3P08254 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
MMP3P08254 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
MMP3P08254 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
MMP3P08254 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
MMP3P08254 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
MMP3P08254 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
MMP3P08254 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
MMP3P08254 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
MMP3P08254 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
MMP3P08254 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC33.22■■■□□ 2.91
MMP3P08254 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
MMP3P08254 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
MMP3P08254 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
MMP3P08254 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
MMP3P08254 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
MMP3P08254 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
MMP3P08254 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
MMP3P08254 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
MMP3P08254 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
MMP3P08254 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.87
MMP3P08254 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
MMP3P08254 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
MMP3P08254 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
MMP3P08254 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
MMP3P08254 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
MMP3P08254 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.93■■■□□ 2.86
MMP3P08254 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
MMP3P08254 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC32.84■■■□□ 2.85
MMP3P08254 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
MMP3P08254 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms