RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CPNE1-223	ENST00000475146	MORC4	Q8TE76	937 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CPNE1-223	ENST00000475146	SPC25	Q9HBM1	224 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CPNE1-223	ENST00000475146	VTA1	Q9NP79	307 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CPNE1-223	ENST00000475146	ZMYND8	Q9ULU4	1186 aa	Predicted RBP	27.89	■■■□□ 2.06
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC12A7	Q9Y666	1083 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CPNE1-223	ENST00000475146	C11orf97	A0A1B0GVM6	126 aa	Predicted RBP	27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	CYTH3	O43739	400 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	PPP1R11	O60927	126 aa	Predicted RBP	27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	C6orf222	P0C671	652 aa	Predicted RBP	27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	RXRA	P19793	462 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	PDE4D	Q08499	809 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	DNER	Q8NFT8	737 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	TBC1D5	Q92609	795 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	PHF24	Q9UPV7	400 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	CALM1	P0DP23	149 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	CALM2	P0DP24	149 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	CALM3	P0DP25	149 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	27.87	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	MAF1	Q9H063	256 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	PDGFC	Q9NRA1	345 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	MYADML2	A6NDP7	307 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146		B4DLN1	442 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	CFB	P00751	764 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	HSPA4	P34932	840 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	MRPL12	P52815	198 aa	Known RBP	27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	TRAF1	Q13077	416 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	SYTL5	Q8TDW5	730 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	27.86	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	SYN1	P17600	705 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	GNAQ	P50148	359 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	RTP1	P59025	263 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	IQSEC1	Q6DN90	963 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	TAPT1	Q6NXT6	567 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC39A5	Q6ZMH5	540 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	MICU3	Q86XE3	530 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	KLHDC9	Q8NEP7	349 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	LZTS2	Q9BRK4	669 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	TSEN34	Q9BSV6	310 aa	Known RBP	27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	UPF3A	Q9H1J1	476 aa	Known RBP	27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP11B	Q9Y2G3	1177 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	CEP290	O15078	2479 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	SMPD1	P17405	629 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	GJA9	P57773	515 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	TLK2	Q86UE8	772 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	SGMS1	Q86VZ5	419 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	TAAR1	Q96RJ0	339 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	COL20A1	Q9P218	1284 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A1W2PQ45	241 aa	Predicted RBP	27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A1W2PQY0	241 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	EDNRB	P24530	442 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	CST5	P28325	142 aa	Predicted RBP	27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	ACLY	P53396	1101 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	KCNA10	Q16322	511 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	KCNB2	Q92953	911 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	RRP36	Q96EU6	259 aa	Known RBP	27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	AP5M1	Q9H0R1	490 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	GNE	Q9Y223	722 aa	Known RBP	27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CPNE1-223	ENST00000475146	MOXD2P	A6NHM9	499 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	OPLAH	O14841	1288 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	PTGS1	P23219	599 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	FGD1	P98174	961 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM60	Q495X7	471 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	GNAS	Q5JWF2	1037 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	PCSK9	Q8NBP7	692 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	NSUN6	Q8TEA1	469 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	RMDN3	Q96TC7	470 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	SEC63	Q9UGP8	760 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	SMARCA1	P28370	1054 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	ARHGEF16	Q5VV41	709 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	CCSAP	Q6IQ19	270 aa	Predicted RBP	27.81	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	APOA5	Q6Q788	366 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	27.81	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	SRBD1	Q8N5C6	995 aa	Known RBP	27.81	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	WDR11	Q9BZH6	1224 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	DYNC1LI2	O43237	492 aa	Predicted RBP	27.8	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	CPA1	P15085	419 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	HSD17B4	P51659	736 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	BEX3	Q00994	111 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	SNX17	Q15036	470 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM63B	Q5T3F8	832 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	FANCB	Q8NB91	859 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	STARD7	Q9NQZ5	370 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	ASGR1	P07306	291 aa		27.79	■■■□□ 2.04
CPNE1-223	ENST00000475146	EIF2AK2	P19525	551 aa	Known RBP	27.79	■■■□□ 2.04

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