RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	TY1A-OR	P0CX59	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-PR2	P0CX60	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-DR5	P0CX65	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-ER2	P0CX66	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-GR3	P0CX67	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-LR1	P0CX68	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-MR2	P0CX69	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	FBA1	P14540	359 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	SFL1	P20134	766 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	APN1	P22936	367 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	ADP1	P25371	1049 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CHA1	P25379	360 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CIN8	P27895	1000 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	SPT14	P32363	452 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	NGG1	P32494	702 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CTP1	P38152	299 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CDS1	P38221	457 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	SRP72	P38688	640 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YHK8	P38776	514 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	RTT105	P40063	208 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	ASG1	P40467	964 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YKE4	P40544	346 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	MNN5	P46982	586 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	IRC18	P47056	224 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-JR2	P47099	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	RPS12	P48589	143 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YGR111W	P53265	400 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	ELP3	Q02908	557 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	RNY1	Q02933	434 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YML131W	Q03102	365 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	VHS1	Q03785	461 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-DR1	Q03856	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TVP15	Q03860	143 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	MUS81	Q04149	632 aa	Predicted RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-ML1	Q04706	440 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	SAM4	Q08985	325 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-BR	Q12217	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	DGK1	Q12382	290 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-NL2	Q12470	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TY1A-GR2	Q12485	440 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	MED11	Q99278	115 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TUB2	P02557	457 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	GPH1	P06738	902 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	PRI2	P20457	528 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	MAK31	P23059	88 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TRK2	P28584	889 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	PET309	P32522	965 aa	Predicted RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	KAP122	P32767	1081 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TOD6	P34219	525 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CCZ1	P38273	704 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	EXO5	P38289	585 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	BFR1	P38934	470 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.05	□□□□□ -1.76	not detected
VHS3	YOR054C	PLB1	P39105	664 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	SEN34	P39707	275 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	MIT1	P40002	666 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	GTT1	P40582	234 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	GSM1	P42950	618 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CAF16	P43569	289 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	AIM23	P47015	356 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	BIO3	P50277	480 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YGR026W	P53217	278 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	REC102	Q02721	264 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YDR541C	Q03049	344 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	PFA5	Q03289	374 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TIF35	Q04067	274 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TAF11	Q04226	346 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	ADE13	Q05911	482 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	DUS3	Q06053	668 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YPS7	Q06325	596 aa		4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	SYC1	Q08553	188 aa	Predicted RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	SMF3	Q12078	473 aa	Predicted RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	FAL1	Q12099	399 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	RRG1	Q12167	365 aa	Predicted RBP	4.05	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CIT2	P08679	460 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CAF20	P12962	161 aa	Known RBP	4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	CAP2	P13517	287 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	HPR1	P17629	752 aa	Known RBP	4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	AEP2	P22136	580 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	AMS1	P22855	1083 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	THI4	P32318	326 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	DAL1	P32375	460 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	LYP1	P32487	611 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	MSS1	P32559	526 aa	Predicted RBP	4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	UTR4	P32626	227 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YKL100C	P34248	587 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YKL077W	P36081	392 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	PRS2	P38620	318 aa	Known RBP	4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	IPI1	P38803	334 aa	Predicted RBP	4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	YJL206C	P39529	758 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	PAC1	P39946	494 aa	Known RBP	4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	TPA1	P40032	644 aa	Known RBP	4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	ALR2	P43553	858 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	BNA6	P43619	295 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	GPI8	P49018	411 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	SLI1	P53304	468 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	GPI1	P53306	609 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	EAR1	Q03212	550 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	RPN4	Q03465	531 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	ATG16	Q03818	150 aa		4.04	□□□□□ -1.76
VHS3	YOR054C	UFO1	Q04511	668 aa		4.04	□□□□□ -1.76

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