RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000475146.1

CPNE1-223, Transcript of copine 1, human

TSL 3

Gene CPNE1, Length 627 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE1-223	ENST00000475146	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	28.75	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	SBK1	Q52WX2	424 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	ANKRD13C	Q8N6S4	541 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	GNRH1	P01148	92 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	AKR1B1	P15121	316 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	CTGF	P29279	349 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	USP14	P54578	494 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	TRIM47	Q96LD4	638 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC17	Q96LX7	622 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	28.73	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	28.73	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	FCGRT	P55899	365 aa		28.73	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		28.73	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	RILPL2	Q969X0	211 aa		28.73	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		28.73	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	28.72	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	SOX10	P56693	466 aa		28.72	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	C12orf42	Q96LP6	360 aa		28.72	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	HOXD10	P28358	340 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CPNE1-223	ENST00000475146	ICA1	Q05084	483 aa		28.7	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	CLEC10A	Q8IUN9	316 aa		28.7	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	NAPB	Q9H115	298 aa		28.7	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	ROBO3	Q96MS0	1386 aa		28.7	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	PRMT2	P55345	433 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	28.69	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	MKNK2	Q9HBH9	465 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	SRRD	Q9UH36	339 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	VCAM1	P19320	739 aa		28.68	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		28.68	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	FAM227B	Q96M60	508 aa		28.68	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		28.68	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	MYPN	Q86TC9	1320 aa		28.68	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A1W2PRG0	241 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L15	C9J2P7	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L13	C9JLJ4	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L11	C9JVI0	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L18	D6R9N7	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L22	D6RA61	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L17	D6RBQ6	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L19	D6RCP7	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L20	D6RJB6	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	HERVK_113	P62684	666 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	USP17L24	Q0WX57	530 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	MGAM	O43451	1857 aa		28.66	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146		A0A0D9SFI3	127 aa		28.66	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	ATP2B2	Q01814	1243 aa		28.66	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	TICAM2	Q86XR7	235 aa		28.66	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	RAET1E	Q8TD07	263 aa		28.66	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	SH2D4A	Q9H788	454 aa		28.66	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	RASA1	P20936	1047 aa		28.65	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	NMI	Q13287	307 aa	Predicted RBP	28.65	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	ARMC5	Q96C12	935 aa		28.65	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	RPAP3	Q9H6T3	665 aa	Predicted RBP	28.65	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF287	Q9HBT7	754 aa		28.65	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	PRKCZ	Q05513	592 aa		28.64	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		28.64	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	28.64	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		28.64	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	MORF4L1	Q9UBU8	362 aa		28.64	■■■□□ 2.18
CPNE1-223	ENST00000475146	PRDM1	O75626	825 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	SLC3A2	P08195	630 aa	Known RBP	28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	PDE4A	P27815	886 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	PPARA	Q07869	468 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	VPS53	Q5VIR6	699 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	NBPF11	Q86T75	865 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	TMX2	Q9Y320	296 aa		28.63	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	FOXP2	O15409	715 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	PEX10	O60683	326 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	EEF2	P13639	858 aa	Known RBP	28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	SDS	P20132	328 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF444	Q8N0Y2	327 aa	Predicted RBP	28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	SH3TC2	Q8TF17	1288 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	COA7	Q96BR5	231 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	TXNRD2	Q9NNW7	524 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	GABRQ	Q9UN88	632 aa		28.62	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	TANGO6	Q9C0B7	1094 aa		28.61	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	RGS19	P49795	217 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	PDE4B	Q07343	736 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF589	Q86UQ0	364 aa	Predicted RBP	28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	SPICE1	Q8N0Z3	855 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	LPAR1	Q92633	364 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	ZNF333	Q96JL9	665 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	GNL3	Q9BVP2	549 aa	Known RBP eCLIP	28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	VCPKMT	Q9H867	229 aa		28.6	■■■□□ 2.17
CPNE1-223	ENST00000475146	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		28.6	■■■□□ 2.17

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