RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640501.1

PNKP-231, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 151 nt, Biotype non stop decay, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-231	ENST00000640501	FSIP2	Q5CZC0	6907 aa		2.8	□□□□□ -1.96
PNKP-231	ENST00000640501	FCGBP	Q9Y6R7	5405 aa	Predicted RBP	2.79	□□□□□ -1.96
PNKP-231	ENST00000640501	MT1M	Q8N339	61 aa		2.78	□□□□□ -1.96
PNKP-231	ENST00000640501	INE1	O15225	51 aa		2.77	□□□□□ -1.97
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		2.77	□□□□□ -1.97
PNKP-231	ENST00000640501	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		2.75	□□□□□ -1.97
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		2.74	□□□□□ -1.97
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-9	P26371	169 aa		2.73	□□□□□ -1.97
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		2.69	□□□□□ -1.98
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		2.69	□□□□□ -1.98
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		2.69	□□□□□ -1.98
PNKP-231	ENST00000640501	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		2.66	□□□□□ -1.98
PNKP-231	ENST00000640501	SPRR2E	P22531	72 aa		2.65	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	SPRR2B	P35325	72 aa		2.65	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	SPRR2A	P35326	72 aa		2.65	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		2.65	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP6-3	Q3LI67	103 aa		2.64	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	MACF1	Q9UPN3	7388 aa	Known RBP	2.63	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		2.62	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		2.6	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-1	A8MXZ3	250 aa	Predicted RBP	2.6	□□□□□ -1.99
PNKP-231	ENST00000640501	SPRR2D	P22532	72 aa		2.57	□□□□□ -2
PNKP-231	ENST00000640501	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		2.57	□□□□□ -2
PNKP-231	ENST00000640501	MT1A	P04731	61 aa		2.52	□□□□□ -2.01
PNKP-231	ENST00000640501	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	2.52	□□□□□ -2.01
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	2.47	□□□□□ -2.01
PNKP-231	ENST00000640501	LCE3B	Q5TA77	95 aa		2.44	□□□□□ -2.02
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		2.43	□□□□□ -2.02
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		2.42	□□□□□ -2.02
PNKP-231	ENST00000640501	MDN1	Q9NU22	5596 aa		2.4	□□□□□ -2.02
PNKP-231	ENST00000640501	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	2.39	□□□□□ -2.03
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP12-4	P60329	112 aa		2.37	□□□□□ -2.03
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		2.37	□□□□□ -2.03
PNKP-231	ENST00000640501	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		2.32	□□□□□ -2.04
PNKP-231	ENST00000640501	MT3	P25713	68 aa		2.31	□□□□□ -2.04
PNKP-231	ENST00000640501	LCE4A	Q5TA78	99 aa		2.31	□□□□□ -2.04
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		2.3	□□□□□ -2.04
PNKP-231	ENST00000640501	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		2.28	□□□□□ -2.04
PNKP-231	ENST00000640501	NEB	P20929	6669 aa		2.27	□□□□□ -2.05
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		2.25	□□□□□ -2.05
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		2.24	□□□□□ -2.05
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		2.24	□□□□□ -2.05
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		2.2	□□□□□ -2.06
PNKP-231	ENST00000640501	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	2.19	□□□□□ -2.06
PNKP-231	ENST00000640501	MT4	P47944	62 aa		2.18	□□□□□ -2.06
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		2.15	□□□□□ -2.07
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		2.13	□□□□□ -2.07
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		2.11	□□□□□ -2.07
PNKP-231	ENST00000640501	LCE1D	Q5T752	114 aa		2.1	□□□□□ -2.07
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		2.04	□□□□□ -2.08
PNKP-231	ENST00000640501	PRM1	P04553	51 aa		2.02	□□□□□ -2.09
PNKP-231	ENST00000640501	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		1.99	□□□□□ -2.09
PNKP-231	ENST00000640501	LCE1E	Q5T753	118 aa		1.97	□□□□□ -2.09
PNKP-231	ENST00000640501	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		1.89	□□□□□ -2.11
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		1.83	□□□□□ -2.12
PNKP-231	ENST00000640501	LCE1C	Q5T751	118 aa		1.82	□□□□□ -2.12
PNKP-231	ENST00000640501	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		1.82	□□□□□ -2.12
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		1.8	□□□□□ -2.12
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		1.78	□□□□□ -2.12
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-8	O75690	187 aa		1.76	□□□□□ -2.13
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		1.74	□□□□□ -2.13
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		1.74	□□□□□ -2.13
PNKP-231	ENST00000640501	MUC5AC	P98088	5654 aa		1.72	□□□□□ -2.13
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	1.71	□□□□□ -2.14
PNKP-231	ENST00000640501	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		1.66	□□□□□ -2.14
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		1.61	□□□□□ -2.15
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		1.59	□□□□□ -2.15
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		1.59	□□□□□ -2.15
PNKP-231	ENST00000640501	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	1.45	□□□□□ -2.18
PNKP-231	ENST00000640501	LCE1F	Q5T754	118 aa		1.44	□□□□□ -2.18
PNKP-231	ENST00000640501	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		1.39	□□□□□ -2.19
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		1.39	□□□□□ -2.19
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		1.36	□□□□□ -2.19
PNKP-231	ENST00000640501	PHGR1	C9JFL3	82 aa		1.35	□□□□□ -2.19
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		1.26	□□□□□ -2.21
PNKP-231	ENST00000640501	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	1.21	□□□□□ -2.22
PNKP-231	ENST00000640501	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		1.11	□□□□□ -2.23
PNKP-231	ENST00000640501	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		0.81	□□□□□ -2.28

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