RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637107.1

CLN3-256, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,946 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP12-3	P60328	96 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-256	ENST00000637107	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-256	ENST00000637107	MDN1	Q9NU22	5596 aa		6.51	□□□□□ -1.37
CLN3-256	ENST00000637107	NEB	P20929	6669 aa		6.45	□□□□□ -1.38
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		6.4	□□□□□ -1.39
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		6.35	□□□□□ -1.39
CLN3-256	ENST00000637107	SPRR2E	P22531	72 aa		6.35	□□□□□ -1.39
CLN3-256	ENST00000637107	SPRR2B	P35325	72 aa		6.35	□□□□□ -1.39
CLN3-256	ENST00000637107	SPRR2A	P35326	72 aa		6.35	□□□□□ -1.39
CLN3-256	ENST00000637107	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		6.33	□□□□□ -1.4
CLN3-256	ENST00000637107	MT1E	P04732	61 aa		6.27	□□□□□ -1.41
CLN3-256	ENST00000637107	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		6.15	□□□□□ -1.42
CLN3-256	ENST00000637107	SPRR2D	P22532	72 aa		6.13	□□□□□ -1.43
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		6.13	□□□□□ -1.43
CLN3-256	ENST00000637107	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		6.09	□□□□□ -1.43
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		6.07	□□□□□ -1.44
CLN3-256	ENST00000637107	MT1L	Q93083	61 aa		6.06	□□□□□ -1.44
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		6.01	□□□□□ -1.45
CLN3-256	ENST00000637107	MT1G	P13640	62 aa		6.01	□□□□□ -1.45
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		6.01	□□□□□ -1.45
CLN3-256	ENST00000637107	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	6	□□□□□ -1.45
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		5.99	□□□□□ -1.45
CLN3-256	ENST00000637107	MT1M	Q8N339	61 aa		5.93	□□□□□ -1.46
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		5.93	□□□□□ -1.46
CLN3-256	ENST00000637107	LCE3B	Q5TA77	95 aa		5.93	□□□□□ -1.46
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		5.88	□□□□□ -1.47
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		5.86	□□□□□ -1.47
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		5.86	□□□□□ -1.47
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		5.84	□□□□□ -1.48
CLN3-256	ENST00000637107	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		5.55	□□□□□ -1.52
CLN3-256	ENST00000637107	INE1	O15225	51 aa		5.51	□□□□□ -1.53
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		5.45	□□□□□ -1.54
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLN3-256	ENST00000637107	LCE4A	Q5TA78	99 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-256	ENST00000637107	MT4	P47944	62 aa		5.36	□□□□□ -1.55
CLN3-256	ENST00000637107	LCE1D	Q5T752	114 aa		5.35	□□□□□ -1.55
CLN3-256	ENST00000637107	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		5.29	□□□□□ -1.56
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		5.26	□□□□□ -1.57
CLN3-256	ENST00000637107	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-256	ENST00000637107	MT1A	P04731	61 aa		5.14	□□□□□ -1.59
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP12-4	P60329	112 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CLN3-256	ENST00000637107	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CLN3-256	ENST00000637107	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CLN3-256	ENST00000637107	MT3	P25713	68 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CLN3-256	ENST00000637107	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CLN3-256	ENST00000637107	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CLN3-256	ENST00000637107	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		4.48	□□□□□ -1.69
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-8	O75690	187 aa		4.4	□□□□□ -1.71
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		4.26	□□□□□ -1.73
CLN3-256	ENST00000637107	PRM1	P04553	51 aa		4.22	□□□□□ -1.73
CLN3-256	ENST00000637107	LCE1E	Q5T753	118 aa		4.19	□□□□□ -1.74
CLN3-256	ENST00000637107	MUC5AC	P98088	5654 aa		4.13	□□□□□ -1.75
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		4.06	□□□□□ -1.76
CLN3-256	ENST00000637107	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	3.99	□□□□□ -1.77
CLN3-256	ENST00000637107	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		3.96	□□□□□ -1.78
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		3.95	□□□□□ -1.78
CLN3-256	ENST00000637107	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.9	□□□□□ -1.78
CLN3-256	ENST00000637107	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	3.87	□□□□□ -1.79
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	3.59	□□□□□ -1.83
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		3.49	□□□□□ -1.85
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		3.46	□□□□□ -1.85
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CLN3-256	ENST00000637107	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.27	□□□□□ -1.89
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.05	□□□□□ -1.92
CLN3-256	ENST00000637107	PHGR1	C9JFL3	82 aa		3.01	□□□□□ -1.93
CLN3-256	ENST00000637107	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.81	□□□□□ -1.96
CLN3-256	ENST00000637107	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		2.64	□□□□□ -1.99
CLN3-256	ENST00000637107	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.96	□□□□□ -2.1

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