RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	SPRR2B	P35325	72 aa		4.74	□□□□□ -1.65
TRAF4-208	ENST00000469529	SPRR2A	P35326	72 aa		4.74	□□□□□ -1.65
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP12-3	P60328	96 aa		4.73	□□□□□ -1.65
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		4.73	□□□□□ -1.65
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		4.7	□□□□□ -1.66
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		4.7	□□□□□ -1.66
TRAF4-208	ENST00000469529	MT1E	P04732	61 aa		4.67	□□□□□ -1.66
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		4.66	□□□□□ -1.66
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		4.66	□□□□□ -1.66
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		4.62	□□□□□ -1.67
TRAF4-208	ENST00000469529	SPRR2D	P22532	72 aa		4.59	□□□□□ -1.67
TRAF4-208	ENST00000469529	MT1L	Q93083	61 aa		4.55	□□□□□ -1.68
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		4.54	□□□□□ -1.68
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		4.54	□□□□□ -1.68
TRAF4-208	ENST00000469529	MT1G	P13640	62 aa		4.52	□□□□□ -1.69
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		4.52	□□□□□ -1.69
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		4.49	□□□□□ -1.69
TRAF4-208	ENST00000469529		H3BS24	57 aa		4.45	□□□□□ -1.7
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE3B	Q5TA77	95 aa		4.45	□□□□□ -1.7
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		4.43	□□□□□ -1.7
TRAF4-208	ENST00000469529	LUZP6	Q538Z0	58 aa		4.41	□□□□□ -1.7
TRAF4-208	ENST00000469529	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		4.4	□□□□□ -1.71
TRAF4-208	ENST00000469529	NDUFAF8	A1L188	74 aa		4.39	□□□□□ -1.71
TRAF4-208	ENST00000469529	MT1M	Q8N339	61 aa		4.39	□□□□□ -1.71
TRAF4-208	ENST00000469529	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		4.33	□□□□□ -1.72
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		4.3	□□□□□ -1.72
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		4.22	□□□□□ -1.73
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		4.15	□□□□□ -1.75
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		4.15	□□□□□ -1.75
TRAF4-208	ENST00000469529	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A0A0MQY5	61 aa		4.12	□□□□□ -1.75
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE1D	Q5T752	114 aa		4.05	□□□□□ -1.76
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE4A	Q5TA78	99 aa		4.05	□□□□□ -1.76
TRAF4-208	ENST00000469529	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		4.04	□□□□□ -1.76
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	4.02	□□□□□ -1.77
TRAF4-208	ENST00000469529	MT4	P47944	62 aa		4.01	□□□□□ -1.77
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		3.96	□□□□□ -1.78
TRAF4-208	ENST00000469529	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		3.91	□□□□□ -1.78
TRAF4-208	ENST00000469529	MT1A	P04731	61 aa		3.89	□□□□□ -1.79
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		3.88	□□□□□ -1.79
TRAF4-208	ENST00000469529	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		3.84	□□□□□ -1.79
TRAF4-208	ENST00000469529	INE1	O15225	51 aa		3.8	□□□□□ -1.8
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		3.8	□□□□□ -1.8
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		3.8	□□□□□ -1.8
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP12-4	P60329	112 aa		3.76	□□□□□ -1.81
TRAF4-208	ENST00000469529	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	3.76	□□□□□ -1.81
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		3.74	□□□□□ -1.81
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		3.73	□□□□□ -1.81
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		3.72	□□□□□ -1.81
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		3.68	□□□□□ -1.82
TRAF4-208	ENST00000469529	MT3	P25713	68 aa		3.55	□□□□□ -1.84
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		3.55	□□□□□ -1.84
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		3.53	□□□□□ -1.84
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		3.42	□□□□□ -1.86
TRAF4-208	ENST00000469529	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	3.36	□□□□□ -1.87
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-8	O75690	187 aa		3.3	□□□□□ -1.88
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		3.3	□□□□□ -1.88
TRAF4-208	ENST00000469529	MUC5AC	P98088	5654 aa		3.3	□□□□□ -1.88
TRAF4-208	ENST00000469529	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	3.25	□□□□□ -1.89
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE1E	Q5T753	118 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		3.15	□□□□□ -1.91
TRAF4-208	ENST00000469529	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE1C	Q5T751	118 aa		2.94	□□□□□ -1.94
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		2.94	□□□□□ -1.94
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		2.9	□□□□□ -1.95
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	2.77	□□□□□ -1.97
TRAF4-208	ENST00000469529	PRM1	P04553	51 aa		2.66	□□□□□ -1.98
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		2.59	□□□□□ -1.99
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		2.56	□□□□□ -2
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		2.54	□□□□□ -2
TRAF4-208	ENST00000469529	LCE1F	Q5T754	118 aa		2.44	□□□□□ -2.02
TRAF4-208	ENST00000469529	PHGR1	C9JFL3	82 aa		2.22	□□□□□ -2.05
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		2.14	□□□□□ -2.07
TRAF4-208	ENST00000469529	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		1.9	□□□□□ -2.1
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		1.72	□□□□□ -2.13
TRAF4-208	ENST00000469529	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.42	□□□□□ -2.18

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