RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000497815.5

CUX1-210, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 2

Gene CUX1, Length 947 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-210ENST00000497815 KIAA1109Q2LD37 5005 aa7.51□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 VAMP8Q9BV40 100 aa7.5□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 PAM16Q9Y3D7 125 aa7.5□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 APOBP04114 4563 aaKnown RBP7.49□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 SPATA45Q537H7 98 aa7.49□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 XP32Q5T750 250 aa7.49□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 SERTAD4-AS1Q5TG53 156 aa7.49□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 SCGB1D4Q6XE38 83 aa7.49□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 KRTAP7-1Q8IUC3 87 aa7.49□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 M0QXV9 152 aa7.48□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 NPC2P61916 151 aa7.48□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 ADAMTSL4-AS1Q5T5F5 129 aa7.48□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 PHF5AQ7RTV0 110 aaKnown RBP7.48□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 TP73-AS1Q9UF72 201 aa7.48□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 DNAH8Q96JB1 4490 aa7.48□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 KRTAP17-1Q9BYP8 105 aa7.47□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 RYR1P21817 5038 aa7.47□□□□□ -1.21
CUX1-210ENST00000497815 C7orf33Q8WU49 177 aa7.46□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 LITAFQ99732 161 aa7.46□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 EPM2AB3EWF7 344 aa7.45□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 TIMM17BO60830 172 aa7.45□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 BOD1L2Q8IYS8 172 aa7.45□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 NKAPP1Q8N9T2 125 aa7.45□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 Q8NDZ9 215 aa7.45□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 C14orf144Q96I85 54 aa7.45□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 MIEN1Q9BRT3 115 aa7.45□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 C22orf24Q9Y442 160 aa7.45□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 GAGE10A6NGK3 116 aa7.44□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 TMEM238C9JI98 176 aa7.44□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 FAM229AH3BQW9 127 aa7.44□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 COX8AP10176 69 aa7.44□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 RPL24P83731 157 aaKnown RBP7.44□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 PLA2G2DQ9UNK4 145 aa7.44□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 LOC105371267A0A1B0GV96 52 aa7.43□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 EIF4EBP3O60516 100 aaPredicted RBP7.43□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 VPREB1P12018 145 aa7.43□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 UBE2BP63146 152 aa7.43□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 PRR3P79522 188 aaKnown RBP7.43□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 Q5VSD8 79 aa7.43□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 SOSTDC1Q6X4U4 206 aa7.43□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 Q8N1X5 172 aa7.43□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 NCR3O14931 201 aa7.42□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 RPL37AP61513 92 aaKnown RBP7.42□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 LBHQ53QV2 105 aaPredicted RBP7.42□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 MRPL55Q7Z7F7 128 aaKnown RBP7.42□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 LINC00308Q8TCZ7 52 aa7.42□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 IGLV5-37A0A075B6J1 123 aa7.41□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 RPL37AP8A6NKH3 93 aa7.41□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 S100A12P80511 92 aa7.41□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 KRTAP11-1Q8IUC1 163 aa7.41□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 LINC00167Q96N53 147 aa7.41□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 SPANXDQ9BXN6 97 aa7.41□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 SPANXCQ9NY87 97 aa7.41□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 HSPG2P98160 4391 aa7.41□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 LOC107984156A0A0G2JMH3 177 aa7.4□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 SLC25A34Q6PIV7 304 aa7.4□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 ARL17AQ8IVW1 177 aa7.4□□□□□ -1.22
CUX1-210ENST00000497815 IGKV2-28A0A075B6P5 120 aa7.39□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 DLEU1O43261 78 aa7.39□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 IGKV2D-28P01615 120 aa7.39□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 PLA2G1BP04054 148 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 SRSF9Q13242 221 aaKnown RBP eCLIP7.39□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 HERC2O95714 4834 aa7.39□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 M0R378 163 aa7.38□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 SMIM6P0DI80 62 aa7.38□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 MUSTN1Q8IVN3 82 aa7.38□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 PSORS1C2Q9UIG4 136 aa7.38□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 Q6ZVH6 145 aa7.37□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 KRTAP4-5Q9BYR2 181 aa7.37□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 SPANXB1Q9NS25 103 aaPredicted RBP7.37□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 NDUFC2O95298 119 aa7.36□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 IFITM1P13164 125 aa7.36□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 C1orf137Q5JT78 98 aa7.36□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 C2orf91Q6ZV80 131 aa7.36□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 COPS9Q8WXC6 57 aa7.36□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 HIST1H4GQ99525 98 aa7.36□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 IGLV1-50A0A075B6I6 118 aa7.35□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 KRTAP10-4P60372 401 aaPredicted RBP7.35□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 PCLOQ9Y6V0 5065 aa7.34□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 TRBV10-2A0A0K0K1G8 114 aa7.34□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 S100A7L2Q5SY68 101 aa7.34□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 PRO1933Q9H354 126 aa7.34□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 HIGD1BQ9P298 99 aa7.34□□□□□ -1.23
CUX1-210ENST00000497815 FAT1Q14517 4588 aa7.34□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 TRBV10-3A0A0K0K1G6 114 aa7.33□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 DDTP30046 118 aa7.33□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 OR13C6PQ8NH95 151 aa7.33□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 UQCR10Q9UDW1 63 aa7.33□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 A6NJY4 79 aa7.32□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 HNRNPA3P51991 378 aaKnown RBP7.32□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 C12orf57Q99622 126 aa7.32□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 A4D1N5 150 aa7.31□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 REG3GQ6UW15 175 aa7.31□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 TMEM126AQ9H061 195 aa7.31□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 PPDPFQ9H3Y8 114 aa7.31□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 A6NDN8 102 aa7.3□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 BCE1O60756 84 aa7.3□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 IGLV6-57P01721 117 aa7.3□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 IGLV7-43P04211 117 aa7.3□□□□□ -1.24
CUX1-210ENST00000497815 LINC00518Q8N0U6 118 aa7.3□□□□□ -1.24
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 66.9 ms