RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	CLLU1	Q5K131	121 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	FRZB	Q92765	325 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM243	Q9BU79	118 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	SMDT1	Q9H4I9	107 aa		9.37	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	IGLV2-33	A0A075B6J2	118 aa	Predicted RBP	9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	LINC00862	A6NCI5	91 aa		9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	XG	P55808	180 aa		9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	COTL1	Q14019	142 aa		9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	CLPSL2	Q6UWE3	100 aa		9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	SLC7A5P1	Q8MH63	180 aa		9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	LINC00269	Q8N2A0	174 aa		9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	NUP35	Q8NFH5	326 aa		9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	C1orf43	Q9BWL3	253 aa		9.36	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	GAS8-AS1	O95177	125 aa		9.35	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	9.35	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	AMT	P48728	403 aa		9.35	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179		Q8N1X5	172 aa		9.35	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM191A	Q9H0A3	160 aa		9.35	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	IGLV4-60	A0A075B6I1	120 aa		9.34	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	MIA	Q16674	131 aa		9.34	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	C20orf203	Q8NBC4	194 aa		9.34	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	RNF185	Q96GF1	192 aa		9.34	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179	PRR34	Q9NV39	138 aa		9.34	□□□□□ -0.91
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1B0GUV1	79 aa		9.33	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	SDHAF1	A6NFY7	115 aa		9.33	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	UBE2L6	O14933	153 aa		9.33	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	RAB4A	P20338	218 aa		9.33	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	RIG	Q13278	110 aa		9.33	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	NAT8B	Q9UHF3	227 aa		9.33	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	HLA-DQA1	P01909	254 aa		9.32	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	HAMP	P81172	84 aa		9.32	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	REG3A	Q06141	175 aa		9.32	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	AMN1	Q8IY45	258 aa		9.32	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	TRBV6-5	A0A0K0K1A5	114 aa		9.31	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	SMIM27	A0A1W2PRY6	76 aa		9.31	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	PMCH	P20382	165 aa		9.31	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	RPS10	P46783	165 aa	Known RBP	9.31	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	LINC01620	Q4KN68	170 aa		9.31	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	KRTAP26-1	Q6PEX3	210 aa		9.31	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	FAM30A	Q9NZY2	134 aa		9.31	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	IGLV10-54	A0A075B6I4	117 aa		9.3	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	SMKR1	H3BMG3	65 aa		9.3	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	NCR2	O95944	276 aa		9.3	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	MRAP2	Q96G30	205 aa		9.3	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM70	Q9BUB7	260 aa		9.3	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	ST20	Q9HBF5	79 aa		9.3	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV2D-29	A0A075B6S2	120 aa	Predicted RBP	9.29	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV2-29	A2NJV5	120 aa	Predicted RBP	9.29	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	USP17L23	D6RBM5	183 aa		9.29	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179		I3L3M4	83 aa		9.29	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	APCS	P02743	223 aa		9.29	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	SMR3B	P02814	79 aa	Predicted RBP	9.28	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	CAMP	P49913	170 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	POLR2K	P53803	58 aa	Known RBP	9.28	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	C14orf177	Q52M58	125 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	AMMECR1L	Q6DCA0	310 aa		9.28	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	PCLO	Q9Y6V0	5065 aa		9.27	□□□□□ -0.92
PNKP-223	ENST00000629179	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	TSHB	P01222	138 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	FAM104B	Q5XKR9	115 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	RNASEK	Q6P5S7	137 aa	Known RBP	9.27	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		9.27	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV3OR2-268	A0A0C4DH90	116 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	EPM2A	B3EWF7	344 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179		H7C423	109 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	PRSS1	P07477	247 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	FGF6	P10767	208 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	9.26	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	9.26	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	NRAC	Q8N912	160 aa		9.26	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	TRBV27	A0A0K0K1C4	114 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1B0GW15	77 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	ESD	P10768	282 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	COMMD7	Q86VX2	200 aa		9.25	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179		Q6ZSA8	131 aa		9.24	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		9.23	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1B0GXF2	115 aa		9.23	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	VCY	O14598	125 aa		9.23	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	PPP1R2P9	O14990	202 aa		9.23	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	PPP1R17	O96001	155 aa		9.23	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	SUMO2	P61956	95 aa	Known RBP	9.23	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	HBB	P68871	147 aa		9.23	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179		Q5VSD8	79 aa		9.23	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	GAGE12H	A6NDE8	117 aa		9.22	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	S100A8	P05109	93 aa		9.22	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	CKS2	P33552	79 aa		9.22	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	UQCC3	Q6UW78	93 aa		9.22	□□□□□ -0.93
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF25	P17030	456 aa	Predicted RBP	9.21	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	FCER1G	P30273	86 aa		9.21	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	PNRC1	Q12796	327 aa	Predicted RBP	9.21	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	CHCHD10	Q8WYQ3	142 aa	Predicted RBP	9.21	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM101	Q96IK0	257 aa		9.21	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	BTF3L4	Q96K17	158 aa		9.21	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	FLG2	Q5D862	2391 aa	Predicted RBP	9.21	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	hDV102S1	A0JD36	115 aa		9.2	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		9.2	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179		D6R8Y8	96 aa		9.2	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179		F8W036	122 aa		9.2	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	MT-ND4L	P03901	98 aa		9.2	□□□□□ -0.94
PNKP-223	ENST00000629179	DGAT2L7P	Q6IED9	249 aa		9.2	□□□□□ -0.94

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