RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	UFL1	O94874	794 aa		32.29	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	32.29	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	32.28	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	32.28	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	ECE2	O60344	883 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	ATP8B2	P98198	1209 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	SCN9A	Q15858	1988 aa		32.27	■■■□□ 2.76
NME3-208	ENST00000565379	PSMD14	O00487	310 aa		32.26	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		32.26	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		32.26	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	SRGAP3	O43295	1099 aa		32.25	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	VEGFB	P49765	207 aa		32.25	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	TNIP1	Q15025	636 aa		32.25	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	32.25	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		32.25	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	ADARB2	Q9NS39	739 aa	Known RBP	32.25	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	32.25	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	GGA1	Q9UJY5	639 aa		32.25	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	TRAF5	O00463	557 aa		32.24	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	CEP85	Q6P2H3	762 aa		32.24	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	32.23	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	EYA3	Q99504	573 aa		32.23	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	FBXO3	Q9UK99	471 aa		32.23	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	HMMR	O75330	724 aa		32.22	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	CAPN15	O75808	1086 aa		32.22	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	32.21	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	32.21	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	NEFL	P07196	543 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	POLA2	Q14181	598 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	MICALL2	Q8IY33	904 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	SSH3	Q8TE77	659 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	ZC3H12C	Q9C0D7	883 aa	Known RBP	32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	COPRS	Q9NQ92	184 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		32.2	■■■□□ 2.75
NME3-208	ENST00000565379	XDH	P47989	1333 aa		32.2	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	RASSF10	A6NK89	507 aa		32.19	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		32.19	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	FOXN1	O15353	648 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	EGFR	P00533	1210 aa		32.18	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	32.18	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	AIDA	Q96BJ3	306 aa		32.17	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	32.16	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	32.16	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		32.16	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	CIAO1	O76071	339 aa		32.15	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	32.15	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	ATP2B4	P23634	1241 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	DLK2	Q6UY11	383 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	WBP1L	Q9NX94	342 aa		32.14	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	ABT1	Q9ULW3	272 aa	Known RBP	32.14	■■■□□ 2.74
NME3-208	ENST00000565379	EYA2	O00167	538 aa		32.13	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	32.13	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	32.13	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		32.13	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	KLRK1	P26718	216 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	CST9	Q5W186	159 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	DPF2	Q92785	391 aa		32.12	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379		G3V3G9	751 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379		H7C1D1	291 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		32.11	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	32.1	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	32.1	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		32.1	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	32.1	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		32.1	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		32.1	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	32.1	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		32.1	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	32.09	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	TRPM7	Q96QT4	1865 aa		32.09	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	SNAP23	O00161	211 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	CHRND	Q07001	517 aa		32.08	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	32.08	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	32.08	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	MED23	Q9ULK4	1368 aa		32.07	■■■□□ 2.73
NME3-208	ENST00000565379	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	32.07	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	32.07	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	32.07	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	32.07	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	MXD3	Q9BW11	206 aa		32.07	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	PSME4	Q14997	1843 aa		32.07	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	LRRC24	Q50LG9	513 aa		32.06	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	SIL1	Q9H173	461 aa		32.06	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		32.06	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	METTL24	Q5JXM2	366 aa		32.05	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	32.05	■■■□□ 2.72
NME3-208	ENST00000565379	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		32.05	■■■□□ 2.72

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54.2 ms