RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	OR9Q2	Q8NGE9	314 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	OR8D4	Q8NGM9	314 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	APOBEC3D	Q96AK3	386 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP6	Q96JE9	813 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	MEGF10	Q96KG7	1140 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC30A2	Q9BRI3	323 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	IFT27	Q9BW83	186 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PLA2G12A	Q9BZM1	189 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	EGLN3	Q9H6Z9	239 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR76	Q9H967	626 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PATZ1	Q9HBE1	687 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ESM1	Q9NQ30	184 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	MMP26	Q9NRE1	261 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	VNN3	Q9NY84	501 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	UBAP1	Q9NZ09	502 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R3C	Q9UQK1	317 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR1D	Q9Y2S0	133 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ARL2BP	Q9Y2Y0	163 aa		10.06	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TANC2	Q9HCD6	1990 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAPPC2L	H3BP13	241 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	RGS9	O75916	674 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	REN	P00797	406 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFRSF1A	P19438	455 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFSF4	P23510	183 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PMEL	P40967	661 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC6A9	P48067	706 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PAX2	Q02962	417 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATS1	Q496A3	300 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC35F1	Q5T1Q4	408 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	LYPD4	Q6UWN0	246 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PEG10	Q86TG7	708 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	NAA40	Q86UY6	237 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	GNPDA2	Q8TDQ7	276 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF418	Q8TF45	676 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	DACT3	Q96B18	629 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC6A7	Q99884	636 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	C7orf69	Q9H7B7	122 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ACTR3B	Q9P1U1	418 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH10	Q9Y6N8	788 aa		10.05	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	C5orf63	A6NC05	138 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	CEACAM18	A8MTB9	384 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SURF4	O15260	269 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SELE	P16581	610 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF12	P17014	697 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	OTX1	P32242	354 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PYCR1	P32322	319 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	MDH2	P40926	338 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	CENPA	P49450	140 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	KHDRBS1	Q07666	443 aa	Known RBP eCLIP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAP1	Q12931	704 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SCGB2A2	Q13296	93 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	GK2	Q14410	553 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF181	Q2M3W8	571 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	KLF17	Q5JT82	389 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	CLEC12A	Q5QGZ9	265 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	C16orf89	Q6UX73	402 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2R1	Q6VVX0	501 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SPIC	Q8N5J4	248 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX29	Q8N6K0	151 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	FITM2	Q8N6M3	262 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ATG16L2	Q8NAA4	619 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	CYB561A3	Q8NBI2	242 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	BHLHE23	Q8NDY6	225 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	OR52E2	Q8NGJ4	325 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF420	Q8TAQ5	688 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	MCUR1	Q96AQ8	359 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ATF6B	Q99941	703 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM15	Q9C019	465 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	IL20	Q9NYY1	176 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TMCC3	Q9ULS5	477 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHB10	Q9UN67	800 aa		10.04	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464		F5H5P2	479 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXH1	O75593	365 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	DCTN3	O75935	186 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	FSTL3	O95633	263 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	CYB5R3	P00387	301 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	GAST	P01350	101 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT2	P09544	360 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	IFNGR2	P38484	337 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS27	P42677	84 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	COMP	P49747	757 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	RAD23A	P54725	363 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R8	Q12972	351 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ECH1	Q13011	328 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	MAB21L1	Q13394	359 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC36A3	Q495N2	470 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC27A4	Q6P1M0	643 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	RASSF6	Q6ZTQ3	369 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHL36	Q8N4N3	616 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ZDHHC22	Q8N966	263 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5L1	Q8NGL2	311 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	OR13G1	Q8NGZ3	307 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	NANP	Q8TBE9	248 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ST7L	Q8TDW4	575 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM216A	Q8WUB2	273 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF582	Q96NG8	517 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	NMNAT2	Q9BZQ4	307 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM165	Q9HC07	324 aa		10.03	□□□□□ -0.8
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX28	Q9NUL7	540 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8

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