RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	HIST1H2AB	P04908	130 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL2	P13500	99 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ACADS	P16219	412 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CLRN1	P58418	232 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ERVS71-1	P61550	626 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS23	P62266	143 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FMOD	Q06828	376 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LAPTM4A	Q15012	233 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	IQCC	Q4KMZ1	466 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM120AOS	Q5T036	256 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HIST3H2A	Q7L7L0	130 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC15A3	Q8IY34	581 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC75A	Q8NAA5	344 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SYT14	Q8NB59	555 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC30A7	Q8NEW0	376 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	UBASH3B	Q8TF42	649 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HIST1H2AC	Q93077	130 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	PRRC1	Q96M27	445 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPAN32	Q96QS1	320 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RACGAP1	Q9H0H5	632 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	GID8	Q9NWU2	228 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNS2	Q9ULS6	477 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HIF3A	Q9Y2N7	669 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SPEF1	Q9Y4P9	236 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SNX13	Q9Y5W8	968 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	COL6A5	A8TX70	2615 aa		10.26	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV3-9	A0A075B6K5	115 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PRG6	482 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ELOVL7	A1L3X0	281 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF212B	A8MTL3	300 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464		J3KTA2	159 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	NME4	O00746	187 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	PHF1	O43189	567 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MGRN1	O60291	552 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RP2	O75695	350 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CLPTM1	O96005	669 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	IFNA14	P01570	189 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHM	P01871	453 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	VIM	P08670	466 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TCN1	P20061	433 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MAK	P20794	623 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CDA	P32320	146 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	DAP3	P51398	398 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CHN2	P52757	468 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SELENOW	P63302	87 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS34	P82930	218 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM255A	Q5JRV8	349 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	GKAP1	Q5VSY0	366 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXL2NB	Q6ZUU3	175 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC16A14	Q7RTX9	510 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TSEN54	Q7Z6J9	526 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	VTCN1	Q7Z7D3	282 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	DPPA2	Q7Z7J5	298 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TREML1	Q86YW5	311 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	PCYOX1L	Q8NBM8	494 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CPEB3	Q8NE35	698 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	YIPF5	Q969M3	257 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	BEX2	Q9BXY8	128 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SHARPIN	Q9H0F6	387 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TXNIP	Q9H3M7	391 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CHODL	Q9H9P2	273 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SMURF2	Q9HAU4	748 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MED31	Q9Y3C7	131 aa		10.25	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MCIDAS	D6RGH6	385 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ENTPD5	O75356	428 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FARS2	O95363	451 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TGFA	P01135	160 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ERCC1	P07992	297 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM157B	P0CG42	384 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF250	P15622	560 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF26	P17031	533 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	COL8A2	P25067	703 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	APEX1	P27695	318 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	THBS2	P35442	1172 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	GALK2	Q01415	458 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LIPE	Q05469	1076 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ST3GAL3	Q11203	375 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP24-1	Q3LI83	254 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC36A2	Q495M3	483 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM53	Q6P2H8	277 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A47	Q6Q0C1	308 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HDDC2	Q7Z4H3	204 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MEX3D	Q86XN8	651 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	OFCC1	Q8IZS5	231 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	CLDN22	Q8N7P3	220 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM15B	Q8NDT2	890 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	RP9	Q8TA86	221 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF519	Q8TB69	540 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	GTF3A	Q92664	365 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	HPS1	Q92902	700 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	BPIFA2	Q96DR5	249 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	TPD52L3	Q96J77	140 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SNX18	Q96RF0	628 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	MS4A5	Q9H3V2	200 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf198	Q9H425	327 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	SIAE	Q9HAT2	523 aa		10.24	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC100509620	A0A075B734	347 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT9B	O14905	357 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	NAT2	P11245	290 aa		10.23	□□□□□ -0.77
PTPRF-211	ENST00000467464	COX4I1	P13073	169 aa		10.23	□□□□□ -0.77

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