RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	PCGF2	P35227	344 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2N	P61088	152 aa	Known RBP	10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NCALD	P61601	193 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	VLDLR	P98155	873 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	C1D	Q13901	141 aa	Known RBP	10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	MFSD13A	Q14CX5	517 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	EFNB3	Q15768	340 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM249	Q2WGJ8	235 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	C6orf52	Q5T4I8	152 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF613	Q6PF04	617 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	HDX	Q7Z353	690 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR137C	Q8N3F9	429 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PIK3C3	Q8NEB9	887 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NUP37	Q8NFH4	326 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	OR6T1	Q8NGN1	323 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TAMM41	Q96BW9	452 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO17	Q96EF6	278 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	LRR1	Q96L50	414 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TNFRSF13C	Q96RJ3	184 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	MCHR1	Q99705	422 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF426	Q9BUY5	554 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	EMC6	Q9BV81	110 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHAC1	Q9H158	963 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PLK3	Q9H4B4	646 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM27	Q9HBJ8	222 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	B3GNT2	Q9NY97	397 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF224	Q9NZL3	707 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFAF1	Q9Y375	327 aa		10.38	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM129	A0AVI4	362 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC35F4	A4IF30	521 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CRYAA	P02489	173 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CR1	P17927	2039 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SERPINF1	P36955	418 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	POU3F1	Q03052	451 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRNB3	Q05901	458 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PUDP	Q08623	228 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NFYC	Q13952	458 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP51A1	Q16850	503 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	MSMP	Q1L6U9	139 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ENTPD8	Q5MY95	495 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CGB2	Q6NT52	195 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	MDP1	Q86V88	176 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	RANBP3L	Q86VV4	465 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CALHM3	Q86XJ0	350 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	HIPK1	Q86Z02	1210 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	UEVLD	Q8IX04	471 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM168A	Q92567	244 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	EPYC	Q99645	322 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF442	Q9H7R0	627 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	MOV10	Q9HCE1	1003 aa	Known RBP	10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NOX1	Q9Y5S8	564 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PMF1-BGLAP	U3KQ54	211 aa		10.37	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SVEP1	Q4LDE5	3571 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0G2JND7	137 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CPSF4L	A6NMK7	179 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464		B9A039	149 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464		M0R3G1	203 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ANGPT2	O15123	496 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	AKAP8	O43823	692 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	MT-ATP6	P00846	226 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TP53	P04637	393 aa	Predicted RBP	10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CSF3	P09919	207 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	OR4A8	P0C604	315 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	NQO1	P15559	274 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	IDH3G	P51553	393 aa	Predicted RBP	10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF74	Q16587	644 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	RABL3	Q5HYI8	236 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	METTL21C	Q5VZV1	264 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CARD17	Q5XLA6	110 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC80	Q76M96	950 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PXK	Q7Z7A4	578 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKS4B	Q8N8V4	417 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	OR4F15	Q8NGB8	312 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	OR5J2	Q8NH18	312 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	OR10A6	Q8NH74	314 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF217	Q8TC41	542 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAMTS16	Q8TE57	1224 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PROX1	Q92786	737 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	MS4A3	Q96HJ5	214 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PRSS27	Q9BQR3	290 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SIKE1	Q9BRV8	207 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM120A	Q9BXJ8	343 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ASPN	Q9BXN1	380 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	YAE1D1	Q9NRH1	226 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SELENON	Q9NZV5	590 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM33	Q9UPN9	1127 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	USP22	Q9UPT9	525 aa		10.36	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	JMJD1C	Q15652	2540 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464		A8MV72	311 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	HLA-H	P01893	362 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	IGHV4-31	P0DP07	118 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF14	P17017	642 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	THBS4	P35443	961 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ARR3	P36575	388 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PPOX	P50336	477 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	SNRPD2	P62316	118 aa	Known RBP	10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	IL1RL1	Q01638	556 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	ZP4	Q12836	540 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	PMS2P3	Q13401	168 aa		10.35	□□□□□ -0.75
PTPRF-211	ENST00000467464	VMAC	Q2NL98	169 aa		10.35	□□□□□ -0.75

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