RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	BGLAP	P02818	100 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH2	P19022	906 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	GRPR	P30550	384 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	PCBP3	P57721	371 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	DMTN	Q08495	405 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	SCARB2	Q14108	478 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	SELPLG	Q14242	412 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	SWI5	Q1ZZU3	235 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ELOA3B	Q3SY89	546 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	RUNDC3A	Q59EK9	446 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM69A	Q5T7M9	428 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM91A1	Q658Y4	838 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ABHD12B	Q7Z5M8	362 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	MYPOP	Q86VE0	399 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM123	Q8N131	208 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXL14	Q8N1E6	418 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	DPP10	Q8N608	796 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ADPRHL1	Q8NDY3	354 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ELOA3	Q8NG57	546 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF417	Q8TAU3	575 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	HTRA1	Q92743	480 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC38A4	Q969I6	547 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC25A36	Q96CQ1	311 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF837	Q96EG3	531 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC41A3	Q96GZ6	507 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF587	Q96SQ5	575 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CACYBP	Q9HB71	228 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	TES	Q9UGI8	421 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	POU2F3	Q9UKI9	436 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	MOK	Q9UQ07	419 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CUBN	O60494	3623 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	FBN1	P35555	2871 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV36DV7	A0A075B6V5	113 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WUJ7	227 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	MS4A18	H0YCH9	400 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	MFN2	O95140	757 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	LYPD3	O95274	346 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT11	O96014	354 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	H2AFX	P16104	143 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	AQP1	P29972	269 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CLDN17	P56750	224 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	TUBA1B	P68363	451 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	TUBA4A	P68366	448 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ROR2	Q01974	943 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	OR1Q1	Q15612	314 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	NPTX1	Q15818	432 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	MS4A18	Q3C1V0	323 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ALG10B	Q5I7T1	473 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	C5orf46	Q6UWT4	87 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	TUBA1A	Q71U36	451 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	NET1	Q7Z628	596 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT73	Q86Y46	540 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF525	Q8N782	197 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	HIPK4	Q8NE63	616 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKK1	Q8NFD2	765 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR32P1	Q8NGA4	272 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	OR6S1	Q8NH40	331 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJA4	Q8WW22	397 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	OXGR1	Q96P68	337 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF317	Q96PQ6	595 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC38A2	Q96QD8	506 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2M2	Q96R28	347 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	MDFI	Q99750	246 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	FKRP	Q9H9S5	495 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	INTS9	Q9NV88	658 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP23	Q9Y6H3	246 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CAD	P27708	2225 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A096LPE4	126 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PPZ6	126 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	OR6C65	A6NJZ3	312 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	HMGB1P1	B2RPK0	211 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	AIM2	O14862	343 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CD5L	O43866	347 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	OR2T1	O43869	369 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	GPRIN2	O60269	458 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	EDF1	O60869	148 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV3-15	P01624	115 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	THY1	P04216	161 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CECR9	P0C854	216 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	HLA-DOB	P13765	273 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF43	P17038	809 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CALCR	P30988	508 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	APOBEC3A	P31941	199 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	NUDT6	P53370	316 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CRYBA2	P53672	197 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH12	P55289	794 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP2R2B	Q00005	443 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	NAAA	Q02083	359 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	DUSP7	Q16829	419 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	C3orf36	Q3SXR2	165 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	PHYHD1	Q5SRE7	291 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD16	Q6P6B7	361 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	ULK3	Q6PHR2	472 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHL24	Q6TFL4	600 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00114	Q6XXX2	140 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR88	Q6ZMY6	472 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	H1FNT	Q75WM6	255 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	DHDDS	Q86SQ9	333 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPYL5	Q86VY4	417 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-211	ENST00000467464	DEPDC4	Q8N2C3	294 aa		10.41	□□□□□ -0.74

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