RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000639501.1

PMS1-222, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 2,506 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-222	ENST00000639501	ELF2	Q15723	593 aa		24.18	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	ZNF397	Q8NF99	534 aa	Predicted RBP	24.18	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	DDX11	Q96FC9	970 aa		24.18	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	TRMT1	Q9NXH9	659 aa	Known RBP	24.18	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		24.18	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	USP16	Q9Y5T5	823 aa		24.18	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501		A0A0D9SFI3	127 aa		24.17	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	KRT222	Q8N1A0	295 aa		24.17	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	24.17	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		24.17	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		24.17	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	24.17	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		24.16	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	EVI5L	Q96CN4	794 aa		24.16	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	TMEM51	Q9NW97	253 aa		24.16	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	SKIL	P12757	684 aa		24.16	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	RPS6KB1	P23443	525 aa		24.16	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	CCZ1B	P86790	482 aa		24.16	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	CCZ1	P86791	482 aa	Predicted RBP	24.16	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	24.16	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		24.15	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	PTPN14	Q15678	1187 aa		24.15	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	TAF3	Q5VWG9	929 aa		24.15	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	NWD1	Q149M9	1564 aa		24.15	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	24.15	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	REST	Q13127	1097 aa		24.15	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	SARM1	Q6SZW1	724 aa		24.15	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	FAM53C	Q9NYF3	392 aa		24.15	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	AACS	Q86V21	672 aa		24.14	■■□□□ 1.46
PMS1-222	ENST00000639501	FILIP1	Q7Z7B0	1213 aa		24.14	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC69	A6NI79	296 aa		24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	PSMA5	P28066	241 aa		24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	CEBPZ	Q03701	1054 aa	Known RBP	24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	MRFAP1L1	Q96HT8	127 aa		24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	ZNF589	Q86UQ0	364 aa	Predicted RBP	24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	BRF1	Q92994	677 aa		24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	24.13	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	NPHP1	O15259	732 aa		24.11	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	PDIA4	P13667	645 aa	Known RBP	24.11	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	MTX1	Q13505	466 aa		24.11	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	GPATCH3	Q96I76	525 aa		24.11	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		24.11	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	KCNQ3	O43525	872 aa		24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	DHX40	Q8IX18	779 aa	Known RBP	24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	CCAR2	Q8N163	923 aa	Known RBP	24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	LRRN4CL	Q8ND94	238 aa		24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	ERO1A	Q96HE7	468 aa		24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	ANKRD1	Q15327	319 aa		24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	MED23	Q9ULK4	1368 aa		24.1	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	ERICH4	A6NGS2	130 aa		24.09	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	ERCC4	Q92889	916 aa	Predicted RBP	24.09	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	24.09	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	SNRK	Q9NRH2	765 aa		24.09	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	24.08	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	GTF3C6	Q969F1	213 aa		24.08	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	24.08	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	PIK3C2A	O00443	1686 aa		24.08	■■□□□ 1.45
PMS1-222	ENST00000639501	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	24.08	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	SASH1	O94885	1247 aa		24.08	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	FOSB	P53539	338 aa		24.08	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	STX1A	Q16623	288 aa		24.08	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		24.08	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	NEMF	O60524	1076 aa		24.07	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		24.07	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	FBXW7	Q969H0	707 aa		24.07	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	FSD1	Q9BTV5	496 aa		24.07	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	SLU7	O95391	586 aa	Known RBP	24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	CAVIN2	O95810	425 aa		24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	HOXC9	P31274	260 aa		24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	ALDH8A1	Q9H2A2	487 aa	Predicted RBP	24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	COL15A1	P39059	1388 aa		24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	RNF20	Q5VTR2	975 aa		24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		24.06	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	24.05	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		24.05	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	24.05	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	SNW1	Q13573	536 aa	Known RBP	24.05	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	NBPF11	Q86T75	865 aa		24.05	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	LGR6	Q9HBX8	967 aa		24.05	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	MYH15	Q9Y2K3	1946 aa		24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	BECN2	A8MW95	431 aa		24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501		H3BQV1	296 aa		24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	IFFO2	Q5TF58	517 aa		24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	AOPEP	Q8N6M6	819 aa		24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	JCAD	Q9P266	1359 aa		24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	ERCC6L	Q2NKX8	1250 aa		24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	24.04	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	HIP1	O00291	1037 aa		24.03	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	CHGB	P05060	677 aa		24.03	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		24.03	■■□□□ 1.44
PMS1-222	ENST00000639501	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		24.03	■■□□□ 1.44

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