RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489554.1

SCAMP4-208, Transcript of secretory carrier membrane protein 4, human

TSL 3

Gene SCAMP4, Length 573 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCAMP4-208	ENST00000489554	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		13.62	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	ABCC12	Q96J65	1359 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	KIF3C	O14782	793 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	NTSR2	O95665	410 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	ALDH1B1	P30837	517 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	CRY2	Q49AN0	593 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	ERFE	Q4G0M1	354 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	HYPK	Q9NX55	129 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		13.61	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554		E9PSI1	815 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		13.6	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	PRELP	P51888	382 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	TCIRG1	Q13488	830 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	CCDC93	Q567U6	631 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	SBF1	O95248	1867 aa		13.59	□□□□□ -0.23
SCAMP4-208	ENST00000489554	SLX4	Q8IY92	1834 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	NLRP10	Q86W26	655 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	NMRK2	Q9NPI5	230 aa		13.58	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	TOMM70	O94826	608 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	NLRP3	Q96P20	1036 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		13.57	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	GLTPD2	A6NH11	291 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	13.56	□□□□□ -0.24	7e-6	■■■■□ 25.4
SCAMP4-208	ENST00000489554	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		13.55	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	RRAGC	Q9HB90	399 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	CACNA1S	Q13698	1873 aa		13.54	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	HSPA6	P17066	643 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	TSPYL6	Q8N831	410 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	PSMD1	Q99460	953 aa		13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
SCAMP4-208	ENST00000489554	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	OLFM4	Q6UX06	510 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	STK31	Q9BXU1	1019 aa		13.52	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	SNED1	Q8TER0	1413 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	FSTL1	Q12841	308 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	SYNE4	Q8N205	404 aa		13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	ABCC4	O15439	1325 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	BBOX1	O75936	387 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		13.5	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	VAMP4	O75379	141 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	FAM89A	Q96GI7	184 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	WDR90	Q96KV7	1748 aa		13.49	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	GRAP	Q13588	217 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	KSR2	Q6VAB6	950 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	TMC4	Q7Z404	712 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	JDP2	Q8WYK2	163 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	MYD88	Q99836	296 aa		13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	POTEC	B2RU33	542 aa		13.47	□□□□□ -0.25
SCAMP4-208	ENST00000489554	FZD9	O00144	591 aa		13.47	□□□□□ -0.25

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