RNA–Protein interactions for RNA: YKL007W

CAP1, Transcript of Alpha subunit of the capping protein heterodimer (Cap1p and Cap2p), yeast

Gene CAP1, Length 807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CAP1	YKL007W	MET12	P46151	657 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	GTF1	P53260	183 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	VPS62	P53285	467 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YPR196W	Q06595	470 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	TPO1	Q07824	586 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	NOP12	Q08208	459 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YCR015C	P25616	317 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	CDC48	P25694	835 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YKL222C	P35995	705 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YRO2	P38079	344 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	FLR1	P38124	548 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	TAT2	P38967	592 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	ALR2	P43553	858 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	PFD1	P46988	109 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	CCM1	P48237	864 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	CLU1	Q03690	1277 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	EAF1	Q06337	982 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	HMI1	Q12039	706 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	HIS5	P07172	385 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	CDC6	P09119	513 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	RAD4	P14736	754 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	STE11	P23561	717 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	RPL8B	P29453	256 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	MPT5	P39016	859 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.88	□□□□□ -1.63	not detected
CAP1	YKL007W	LCD1	Q04377	747 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	CDA1	Q06702	301 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	ADY3	Q07732	790 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	HSP60	P19882	572 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	EMC1	P25574	760 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	ARE1	P25628	610 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	SRP101	P32916	621 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YBR238C	P38330	731 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	TSL1	P38427	1098 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	GIP4	P39732	760 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	VPS30	Q02948	557 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	HBS1	P32769	611 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	IOC3	P43596	787 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	TIM54	P47045	478 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	GCV2	P49095	1034 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	MNN10	P50108	393 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	SFB2	P53953	876 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YAP6	Q03935	383 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YLR224W	Q05947	369 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	URN1	Q06525	465 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	SPE1	P08432	466 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	GGA2	P38817	585 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	HUL4	P40985	892 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	CHA4	P43634	648 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YKE2	P52553	114 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YGR125W	P53273	1036 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	CIT1	P00890	479 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	STI1	P15705	589 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.84	□□□□□ -1.63	not detected
CAP1	YKL007W	NPP1	P25353	742 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	REC104	P33323	182 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	NPP2	P39997	493 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	TAF1	P46677	1066 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	RAI1	P53063	387 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	YDL124W	Q07551	312 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CAP1	YKL007W	AFR1	P33304	620 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	LST4	P34239	828 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	PLB1	P39105	664 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	URM1	P40554	99 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	MCM6	P53091	1017 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	UBX5	Q06682	500 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	HBN1	Q96VH4	193 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	NOT3	P06102	836 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	RFA1	P22336	621 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	CTS1	P29029	562 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	PET10	P36139	283 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	SHM2	P37291	469 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	NPL3	Q01560	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.82	□□□□□ -1.64	not detected
CAP1	YKL007W	FLC1	Q08967	793 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	YPR071W	Q12346	211 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	STE13	P33894	931 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	YBR284W	P38150	797 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	TOK1	P40310	691 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	HUL5	P53119	910 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	BUL2	Q03758	920 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	GSF2	Q04697	403 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	NSE3	Q05541	303 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	TMA10	Q06177	86 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	YOR131C	Q12486	218 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	YOL098C	Q12496	1037 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	DCG1	P32460	244 aa		4.8	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	YHR020W	P38708	688 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	JSN1	P47135	1091 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.8	□□□□□ -1.64	not detected
CAP1	YKL007W	NIT3	P49954	291 aa		4.8	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	TAF8	Q03750	510 aa		4.8	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	BDF2	Q07442	638 aa		4.8	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	GUP2	Q08929	609 aa		4.8	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	CDC53	Q12018	815 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	MPH2	P0CD99	609 aa		4.79	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	MSD1	P15179	658 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	GAL11	P19659	1081 aa		4.79	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	HCM1	P25364	564 aa		4.79	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	SED4	P25365	1065 aa		4.79	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	UBP6	P43593	499 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	NCS6	P53088	359 aa		4.79	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	SRP40	P32583	406 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
CAP1	YKL007W	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64

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