RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621217.4

GGA3-222, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 2

Gene GGA3, Length 4,181 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-222	ENST00000621217	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ATP8B2	P98198	1209 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	KLHL34	Q8N239	644 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	LAMC1	P11047	1609 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ESYT1	Q9BSJ8	1104 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ATP7B	P35670	1465 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	KSR2	Q6VAB6	950 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	GOLGA6L1	Q8N7Z2	621 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	BICD2	Q8TD16	824 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	GRM8	O00222	908 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	KCNQ4	P56696	695 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	DDX11	Q96FC9	970 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ZNF853	P0CG23	659 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC173	Q0VFZ6	552 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	NECAB1	Q8N987	351 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CYP46A1	Q9Y6A2	500 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	DDB1	Q16531	1140 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	RNF20	Q5VTR2	975 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	SNX21	Q969T3	373 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	DCAF5	Q96JK2	942 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	PDRG1	Q9NUG6	133 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	RTL1	A6NKG5	1358 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	METTL24	Q5JXM2	366 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ADGRB1	O14514	1584 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	PTPRU	Q92729	1446 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	RAB3GAP1	Q15042	981 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	TEX35	Q5T0J7	233 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	FAM89A	Q96GI7	184 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CPS1	P31327	1500 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	RAD21	O60216	631 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	TOM1	O60784	492 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC39	Q9UFE4	941 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ABCF2	Q9UG63	623 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	PALD1	Q9ULE6	856 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CHML	P26374	656 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	MCM2	P49736	904 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	BRINP3	Q76B58	766 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	SPC24	Q8NBT2	197 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	USP44	Q9H0E7	712 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ATP6V1A	P38606	617 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	TAF3	Q5VWG9	929 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	RAB11FIP3	O75154	756 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CAMK4	Q16566	473 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	LINS1	Q8NG48	757 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ERBB3	P21860	1342 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	GOLIM4	O00461	696 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	GPS2	Q13227	327 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	ECHDC1	Q9NTX5	307 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	TFIP11	Q9UBB9	837 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-222	ENST00000621217	PHKG2	P15735	406 aa		10.77	□□□□□ -0.69
GGA3-222	ENST00000621217	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
GGA3-222	ENST00000621217	RRAGD	Q9NQL2	400 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69
GGA3-222	ENST00000621217	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
GGA3-222	ENST00000621217	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		10.77	□□□□□ -0.69
GGA3-222	ENST00000621217	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69

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