RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000492275.5

TTC3-223, Transcript of tetratricopeptide repeat domain 3, human

TSL 3

Gene TTC3, Length 769 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TTC3-223	ENST00000492275	NUP98	P52948	1817 aa		33.42	■■■□□ 2.94
TTC3-223	ENST00000492275	HLF	Q16534	295 aa		33.41	■■■□□ 2.94
TTC3-223	ENST00000492275	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		33.41	■■■□□ 2.94
TTC3-223	ENST00000492275	RGL2	O15211	777 aa		33.39	■■■□□ 2.94
TTC3-223	ENST00000492275	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		33.39	■■■□□ 2.94
TTC3-223	ENST00000492275	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		33.38	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	33.38	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		33.37	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	SERPINB2	P05120	415 aa		33.37	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		33.37	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	GOLGA2	Q08379	1002 aa		33.36	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		33.36	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	COPS6	Q7L5N1	327 aa		33.36	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		33.36	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	33.35	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		33.35	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		33.35	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	33.34	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	SETDB2	Q96T68	719 aa		33.34	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		33.34	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	33.33	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		33.33	■■■□□ 2.93
TTC3-223	ENST00000492275	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		33.31	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	HYPK	Q9NX55	129 aa		33.31	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	33.31	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		33.31	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	33.3	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	VAMP4	O75379	141 aa		33.29	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	33.29	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	TGFB2	P61812	414 aa		33.28	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		33.28	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	SLFN5	Q08AF3	891 aa		33.27	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		33.27	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	33.27	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		33.26	■■■□□ 2.92
TTC3-223	ENST00000492275		E9PSI1	815 aa		33.26	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	33.26	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		33.26	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	ATP10D	Q9P241	1426 aa		33.26	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		33.25	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275		A0A0G2JLW4	131 aa		33.24	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		33.24	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		33.24	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	CACNA1F	O60840	1977 aa		33.23	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		33.23	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		33.23	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		33.22	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	DPEP1	P16444	411 aa		33.22	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	GPT	P24298	496 aa		33.22	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	33.22	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	CNBD1	Q8NA66	436 aa		33.21	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		33.21	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	FAM177B	A6PVY3	158 aa		33.2	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	KCNA3	P22001	575 aa		33.2	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	33.2	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	STK31	Q9BXU1	1019 aa		33.2	■■■□□ 2.91
TTC3-223	ENST00000492275	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	33.2	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	CHRNA5	P30532	468 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	TCIRG1	Q13488	830 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	GPR162	Q16538	588 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	SUSD4	Q5VX71	490 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	SLC4A2	P04920	1241 aa		33.17	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	33.17	■■■□□ 2.9	4e-14	■□□□□ 9.1
TTC3-223	ENST00000492275	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	33.17	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	33.17	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		33.17	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		33.16	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	G2E3	Q7L622	706 aa		33.16	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	NPHP1	O15259	732 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	ST5	P78524	1137 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TTC3-223	ENST00000492275	PARP10	Q53GL7	1025 aa		33.13	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		33.13	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		33.13	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	NLRP10	Q86W26	655 aa		33.12	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		33.12	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		33.12	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	NYX	Q9GZU5	481 aa		33.12	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	33.11	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	NTSR2	O95665	410 aa		33.11	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	PDE6B	P35913	854 aa		33.11	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		33.11	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	ERFE	Q4G0M1	354 aa		33.1	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		33.1	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	PIM2	Q9P1W9	311 aa		33.1	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	33.1	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	33.09	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	33.09	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		33.08	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275		H0YIN7	160 aa		33.08	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	KSR2	Q6VAB6	950 aa		33.08	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	33.08	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	ABCC12	Q96J65	1359 aa		33.08	■■■□□ 2.89
TTC3-223	ENST00000492275	FLII	Q13045	1269 aa		33.07	■■■□□ 2.88
TTC3-223	ENST00000492275	ADCY9	O60503	1353 aa		33.07	■■■□□ 2.88
TTC3-223	ENST00000492275	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	33.06	■■■□□ 2.88
TTC3-223	ENST00000492275	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		33.06	■■■□□ 2.88

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