RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000570139.1

CNOT1-222, Transcript of CCR4-NOT transcription complex subunit 1, human

TSL 2

Gene CNOT1, Length 458 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CNOT1-222	ENST00000570139	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		10.25	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		10.25	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	COPS2	P61201	443 aa		10.25	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	ARHGAP4	P98171	946 aa		10.25	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	ESPN	B1AK53	854 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	PTCRA	Q6ISU1	281 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	SREK1	Q8WXA9	508 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	DRC1	Q96MC2	740 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	FAM13A	O94988	1023 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	ITGAE	P38570	1179 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	ZNF511	Q8NB15	262 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	TSEN2	Q8NCE0	465 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	HELQ	Q8TDG4	1101 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	TRIM52	Q96A61	297 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	WBP1L	Q9NX94	342 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	FOXO3	O43524	673 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	ZPR1	O75312	459 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	RECK	O95980	971 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	FGD1	P98174	961 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	ECM1	Q16610	540 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	BAP1	Q92560	729 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	HCST	Q9UBK5	93 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	AKNA	Q7Z591	1439 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	MAPKBP1	O60336	1514 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	10.22	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	IGFBP4	P22692	258 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	NYAP1	Q6ZVC0	841 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	TRMT44	Q8IYL2	757 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	C1QTNF2	Q9BXJ5	285 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CNOT1-222	ENST00000570139	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		10.21	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		10.21	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		10.21	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		10.2	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	TSNAXIP1	Q2TAA8	658 aa		10.2	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		10.2	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	FOXJ1	Q92949	421 aa		10.2	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	SLC6A16	Q9GZN6	736 aa		10.2	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	NDUFB5	O43674	189 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	TLL1	O43897	1013 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	LGR5	O75473	907 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	MTMR3	Q13615	1198 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	LINC01559	Q495D7	138 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	RBCK1	Q9BYM8	510 aa		10.19	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		10.18	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	NPR3	P17342	541 aa		10.18	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	10.18	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	C4orf48	Q5BLP8	95 aa		10.18	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	SERBP1	Q8NC51	408 aa	Known RBP eCLIP	10.18	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	VTI1A	Q96AJ9	217 aa		10.18	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	10.18	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ZNF358	Q9NW07	568 aa		10.18	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ASXL2	Q76L83	1435 aa		10.17	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	BACH1	O14867	736 aa		10.17	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	TAGLN	Q01995	201 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		10.17	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	CITED4	Q96RK1	184 aa		10.17	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	10.17	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	HFM1	A2PYH4	1435 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	PLCH2	O75038	1416 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	DAPK1	P53355	1430 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ROCK1	Q13464	1354 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	SCAMP3	O14828	347 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	NAA30	Q147X3	362 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	CAPN12	Q6ZSI9	719 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	KCTD15	Q96SI1	283 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CNOT1-222	ENST00000570139	P4HB	P07237	508 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	TMC7	Q7Z402	723 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	SCG3	Q8WXD2	468 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	UBXN4	Q92575	508 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	ADGRL2	O95490	1459 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	ERCC5	P28715	1186 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	RAB15	P59190	212 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	ALKBH2	Q6NS38	261 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	GLI2	P10070	1586 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	ABCC1	P33527	1531 aa		10.12	□□□□□ -0.79

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 91.6 ms