RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000571409.1

CTDNEP1-206, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

TSL 5

Gene CTDNEP1, Length 741 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-206	ENST00000571409	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		40.96	■■■■■ 4.15
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ATP6V1A	P38606	617 aa		40.96	■■■■■ 4.15
CTDNEP1-206	ENST00000571409	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		40.96	■■■■■ 4.15
CTDNEP1-206	ENST00000571409	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		40.95	■■■■■ 4.15
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ITPK1	Q13572	414 aa		40.94	■■■■■ 4.14
CTDNEP1-206	ENST00000571409	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		40.94	■■■■■ 4.14
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		40.92	■■■■■ 4.14
CTDNEP1-206	ENST00000571409	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		40.91	■■■■■ 4.14
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MAP3K5	Q99683	1374 aa		40.9	■■■■■ 4.14
CTDNEP1-206	ENST00000571409	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		40.9	■■■■■ 4.14
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MSL1	Q68DK7	614 aa		40.89	■■■■■ 4.14
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	40.89	■■■■■ 4.14
CTDNEP1-206	ENST00000571409	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	40.88	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PHF14	O94880	888 aa		40.88	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		40.88	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		40.88	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SMIM5	Q71RC9	77 aa		40.86	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	KLHL34	Q8N239	644 aa		40.86	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		40.86	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	40.85	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	40.84	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GNPAT	O15228	680 aa		40.83	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SSFA2	P28290	1259 aa		40.83	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CFAP53	Q96M91	514 aa		40.82	■■■■■ 4.13
CTDNEP1-206	ENST00000571409	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	40.81	■■■■■ 4.12
CTDNEP1-206	ENST00000571409	LGR6	Q9HBX8	967 aa		40.81	■■■■■ 4.12
CTDNEP1-206	ENST00000571409	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	40.8	■■■■■ 4.12
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PPP2R1A	P30153	589 aa		40.79	■■■■■ 4.12
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	40.78	■■■■■ 4.12
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	40.78	■■■■■ 4.12
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		40.77	■■■■■ 4.12
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MRC1	P22897	1456 aa		40.76	■■■■■ 4.12
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		40.75	■■■■■ 4.11
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		40.71	■■■■■ 4.11
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	40.71	■■■■■ 4.11
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	40.71	■■■■■ 4.11
CTDNEP1-206	ENST00000571409	YY1	P25490	414 aa		40.7	■■■■■ 4.11
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NUDC	Q9Y266	331 aa		40.7	■■■■■ 4.11
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		40.69	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TJP1	Q07157	1748 aa		40.69	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	40.68	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		40.68	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		40.66	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MYH14	Q7Z406	1995 aa	Known RBP	40.65	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PRKAR2B	P31323	418 aa		40.65	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		40.65	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SLC39A6	Q13433	755 aa		40.64	■■■■■ 4.1
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RPS6KA4	O75676	772 aa		40.63	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		40.62	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	40.62	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GPR162	Q16538	588 aa		40.62	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	40.61	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ADRA2B	P18089	450 aa		40.61	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	40.61	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		40.61	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	40.6	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	KCP	Q6ZWJ8	1503 aa		40.59	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	40.58	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		40.58	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	IL17RE	Q8NFR9	667 aa		40.57	■■■■■ 4.09
CTDNEP1-206	ENST00000571409	C4A	P0C0L4	1744 aa		40.56	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		40.56	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RFC4	P35249	363 aa		40.55	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TEF	Q10587	303 aa		40.55	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	UBR2	Q8IWV8	1755 aa		40.54	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	FCHSD2	O94868	740 aa		40.52	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	40.52	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MMP10	P09238	476 aa		40.51	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	40.51	■■■■■ 4.08
CTDNEP1-206	ENST00000571409	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		40.5	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		40.5	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CHD4	Q14839	1912 aa		40.5	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GYS1	P13807	737 aa		40.49	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		40.49	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	UTRN	P46939	3433 aa		40.49	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		40.48	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	40.47	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		40.47	■■■■■ 4.07
CTDNEP1-206	ENST00000571409	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	40.44	■■■■■ 4.06	3e-6	■■■□□ 15.5
CTDNEP1-206	ENST00000571409	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	40.44	■■■■■ 4.06
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZNF790	Q6PG37	636 aa		40.43	■■■■■ 4.06
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	40.43	■■■■■ 4.06
CTDNEP1-206	ENST00000571409	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	40.42	■■■■■ 4.06
CTDNEP1-206	ENST00000571409	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	40.41	■■■■■ 4.06
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	40.4	■■■■■ 4.06
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	40.39	■■■■■ 4.06
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		40.39	■■■■■ 4.06
CTDNEP1-206	ENST00000571409	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		40.37	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GRIN3B	O60391	1043 aa		40.37	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	RALBP1	Q15311	655 aa		40.37	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	BTBD11	A6QL63	1104 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	MCM10	Q7L590	875 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	40.35	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	COL15A1	P39059	1388 aa		40.35	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	FKBP8	Q14318	412 aa		40.34	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	ZPR1	O75312	459 aa		40.33	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	STARD3NL	O95772	234 aa		40.33	■■■■■ 4.05
CTDNEP1-206	ENST00000571409	NEFM	P07197	916 aa		40.33	■■■■■ 4.05

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