Protein–RNA interactions for Protein: P50220

Nkx2-1, Homeobox protein Nkx-2.1, mousemouse

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx2-1P50220 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Nkx2-1P50220 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Nkx2-1P50220 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Nkx2-1P50220 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Nkx2-1P50220 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
Nkx2-1P50220 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Nkx2-1P50220 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Nkx2-1P50220 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Nkx2-1P50220 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Nkx2-1P50220 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Nkx2-1P50220 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Nkx2-1P50220 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Nkx2-1P50220 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Nkx2-1P50220 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Nkx2-1P50220 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Nkx2-1P50220 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Nkx2-1P50220 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Nkx2-1P50220 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Nkx2-1P50220 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Nkx2-1P50220 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
Nkx2-1P50220 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Nkx2-1P50220 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Nkx2-1P50220 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Nkx2-1P50220 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Nkx2-1P50220 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Nkx2-1P50220 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Nkx2-1P50220 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Nkx2-1P50220 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Nkx2-1P50220 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Nkx2-1P50220 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Nkx2-1P50220 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Nkx2-1P50220 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Nkx2-1P50220 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Nkx2-1P50220 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Nkx2-1P50220 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Nkx2-1P50220 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Nkx2-1P50220 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
Nkx2-1P50220 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Nkx2-1P50220 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Nkx2-1P50220 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Nkx2-1P50220 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Nkx2-1P50220 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Nkx2-1P50220 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Nkx2-1P50220 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
Nkx2-1P50220 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Nkx2-1P50220 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Nkx2-1P50220 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Nkx2-1P50220 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Nkx2-1P50220 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Nkx2-1P50220 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Nkx2-1P50220 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Nkx2-1P50220 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Nkx2-1P50220 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Nkx2-1P50220 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Nkx2-1P50220 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
Nkx2-1P50220 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Nkx2-1P50220 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Nkx2-1P50220 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Nkx2-1P50220 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Nkx2-1P50220 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Nkx2-1P50220 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Nkx2-1P50220 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Nkx2-1P50220 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.32
Nkx2-1P50220 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Nkx2-1P50220 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
Nkx2-1P50220 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Nkx2-1P50220 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Nkx2-1P50220 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Nkx2-1P50220 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Nkx2-1P50220 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Nkx2-1P50220 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Nkx2-1P50220 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Nkx2-1P50220 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Nkx2-1P50220 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Nkx2-1P50220 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Nkx2-1P50220 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Nkx2-1P50220 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Nkx2-1P50220 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Nkx2-1P50220 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Nkx2-1P50220 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Nkx2-1P50220 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Nkx2-1P50220 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Nkx2-1P50220 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Nkx2-1P50220 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Nkx2-1P50220 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
Nkx2-1P50220 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Nkx2-1P50220 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Nkx2-1P50220 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Nkx2-1P50220 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Nkx2-1P50220 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Nkx2-1P50220 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Nkx2-1P50220 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Nkx2-1P50220 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Nkx2-1P50220 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Nkx2-1P50220 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Nkx2-1P50220 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Nkx2-1P50220 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Nkx2-1P50220 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Nkx2-1P50220 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Nkx2-1P50220 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.2 ms