Protein–RNA interactions for Protein: D3Z6J4

Vpreb3, Pre-B lymphocyte gene 3, mousemouse

Predictions only

Length 130 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vpreb3D3Z6J4 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Vpreb3D3Z6J4 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
Vpreb3D3Z6J4 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Vpreb3D3Z6J4 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Vpreb3D3Z6J4 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC20.02■□□□□ 0.79
Vpreb3D3Z6J4 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Vpreb3D3Z6J4 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
Vpreb3D3Z6J4 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Vpreb3D3Z6J4 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
Vpreb3D3Z6J4 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
Vpreb3D3Z6J4 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
Vpreb3D3Z6J4 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Vpreb3D3Z6J4 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Vpreb3D3Z6J4 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Vpreb3D3Z6J4 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Vpreb3D3Z6J4 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Vpreb3D3Z6J4 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Vpreb3D3Z6J4 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
Vpreb3D3Z6J4 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Vpreb3D3Z6J4 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
Vpreb3D3Z6J4 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Vpreb3D3Z6J4 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Vpreb3D3Z6J4 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Vpreb3D3Z6J4 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Vpreb3D3Z6J4 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
Vpreb3D3Z6J4 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Vpreb3D3Z6J4 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Vpreb3D3Z6J4 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Vpreb3D3Z6J4 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Vpreb3D3Z6J4 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Vpreb3D3Z6J4 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Vpreb3D3Z6J4 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Vpreb3D3Z6J4 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Vpreb3D3Z6J4 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Vpreb3D3Z6J4 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
Vpreb3D3Z6J4 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Vpreb3D3Z6J4 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Vpreb3D3Z6J4 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Vpreb3D3Z6J4 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Vpreb3D3Z6J4 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Vpreb3D3Z6J4 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Vpreb3D3Z6J4 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Vpreb3D3Z6J4 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
Vpreb3D3Z6J4 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Vpreb3D3Z6J4 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Vpreb3D3Z6J4 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Vpreb3D3Z6J4 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Vpreb3D3Z6J4 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Vpreb3D3Z6J4 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Vpreb3D3Z6J4 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Vpreb3D3Z6J4 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Vpreb3D3Z6J4 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
Vpreb3D3Z6J4 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Vpreb3D3Z6J4 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
Vpreb3D3Z6J4 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Vpreb3D3Z6J4 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Vpreb3D3Z6J4 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Vpreb3D3Z6J4 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Vpreb3D3Z6J4 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Vpreb3D3Z6J4 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Vpreb3D3Z6J4 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Vpreb3D3Z6J4 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Vpreb3D3Z6J4 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
Vpreb3D3Z6J4 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Vpreb3D3Z6J4 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Vpreb3D3Z6J4 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Vpreb3D3Z6J4 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Vpreb3D3Z6J4 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Vpreb3D3Z6J4 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Vpreb3D3Z6J4 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Vpreb3D3Z6J4 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Vpreb3D3Z6J4 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
Vpreb3D3Z6J4 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Vpreb3D3Z6J4 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Vpreb3D3Z6J4 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Vpreb3D3Z6J4 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Vpreb3D3Z6J4 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Vpreb3D3Z6J4 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Vpreb3D3Z6J4 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Vpreb3D3Z6J4 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Vpreb3D3Z6J4 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
Vpreb3D3Z6J4 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Vpreb3D3Z6J4 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Vpreb3D3Z6J4 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Vpreb3D3Z6J4 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Vpreb3D3Z6J4 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Vpreb3D3Z6J4 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Vpreb3D3Z6J4 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Vpreb3D3Z6J4 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Vpreb3D3Z6J4 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Vpreb3D3Z6J4 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Vpreb3D3Z6J4 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Vpreb3D3Z6J4 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Vpreb3D3Z6J4 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
Vpreb3D3Z6J4 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Vpreb3D3Z6J4 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Vpreb3D3Z6J4 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Vpreb3D3Z6J4 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Vpreb3D3Z6J4 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Vpreb3D3Z6J4 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms