Protein–RNA interactions for Protein: A0A075B5Z8

Trav6-1, T cell receptor alpha variable 6-1 (Fragment), mousemouse

Predictions only

Length 112 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trav6-1A0A075B5Z8 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
Trav6-1A0A075B5Z8 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Trav6-1A0A075B5Z8 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Trav6-1A0A075B5Z8 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
Trav6-1A0A075B5Z8 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
Trav6-1A0A075B5Z8 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Trav6-1A0A075B5Z8 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Trav6-1A0A075B5Z8 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Trav6-1A0A075B5Z8 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trav6-1A0A075B5Z8 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Trav6-1A0A075B5Z8 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Trav6-1A0A075B5Z8 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Trav6-1A0A075B5Z8 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
Trav6-1A0A075B5Z8 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Trav6-1A0A075B5Z8 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
Trav6-1A0A075B5Z8 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Trav6-1A0A075B5Z8 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Trav6-1A0A075B5Z8 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Trav6-1A0A075B5Z8 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Trav6-1A0A075B5Z8 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Trav6-1A0A075B5Z8 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Trav6-1A0A075B5Z8 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Trav6-1A0A075B5Z8 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Trav6-1A0A075B5Z8 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Trav6-1A0A075B5Z8 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Trav6-1A0A075B5Z8 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Trav6-1A0A075B5Z8 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Trav6-1A0A075B5Z8 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Trav6-1A0A075B5Z8 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Trav6-1A0A075B5Z8 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Trav6-1A0A075B5Z8 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Trav6-1A0A075B5Z8 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Trav6-1A0A075B5Z8 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC23.83■■□□□ 1.4
Trav6-1A0A075B5Z8 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Trav6-1A0A075B5Z8 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Trav6-1A0A075B5Z8 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
Trav6-1A0A075B5Z8 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Trav6-1A0A075B5Z8 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trav6-1A0A075B5Z8 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Trav6-1A0A075B5Z8 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trav6-1A0A075B5Z8 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trav6-1A0A075B5Z8 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Trav6-1A0A075B5Z8 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trav6-1A0A075B5Z8 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trav6-1A0A075B5Z8 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trav6-1A0A075B5Z8 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trav6-1A0A075B5Z8 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trav6-1A0A075B5Z8 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trav6-1A0A075B5Z8 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trav6-1A0A075B5Z8 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trav6-1A0A075B5Z8 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Trav6-1A0A075B5Z8 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trav6-1A0A075B5Z8 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trav6-1A0A075B5Z8 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trav6-1A0A075B5Z8 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Trav6-1A0A075B5Z8 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
Trav6-1A0A075B5Z8 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Trav6-1A0A075B5Z8 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Trav6-1A0A075B5Z8 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Trav6-1A0A075B5Z8 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Trav6-1A0A075B5Z8 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Trav6-1A0A075B5Z8 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Trav6-1A0A075B5Z8 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Trav6-1A0A075B5Z8 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Trav6-1A0A075B5Z8 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Trav6-1A0A075B5Z8 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Trav6-1A0A075B5Z8 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Trav6-1A0A075B5Z8 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trav6-1A0A075B5Z8 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trav6-1A0A075B5Z8 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trav6-1A0A075B5Z8 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Trav6-1A0A075B5Z8 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trav6-1A0A075B5Z8 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trav6-1A0A075B5Z8 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trav6-1A0A075B5Z8 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Trav6-1A0A075B5Z8 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trav6-1A0A075B5Z8 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trav6-1A0A075B5Z8 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trav6-1A0A075B5Z8 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Trav6-1A0A075B5Z8 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trav6-1A0A075B5Z8 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trav6-1A0A075B5Z8 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trav6-1A0A075B5Z8 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trav6-1A0A075B5Z8 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trav6-1A0A075B5Z8 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Trav6-1A0A075B5Z8 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Trav6-1A0A075B5Z8 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Trav6-1A0A075B5Z8 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trav6-1A0A075B5Z8 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trav6-1A0A075B5Z8 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.5 ms