Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SYNE4Q8N205 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE4Q8N205 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE4Q8N205 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.4 ms