Protein–RNA interactions for Protein: Q9QZR9

Col4a4, Collagen alpha-4(IV) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,682 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col4a4Q9QZR9 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Col4a4Q9QZR9 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Col4a4Q9QZR9 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col4a4Q9QZR9 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col4a4Q9QZR9 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Col4a4Q9QZR9 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col4a4Q9QZR9 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col4a4Q9QZR9 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col4a4Q9QZR9 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Col4a4Q9QZR9 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Col4a4Q9QZR9 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Col4a4Q9QZR9 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col4a4Q9QZR9 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col4a4Q9QZR9 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col4a4Q9QZR9 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col4a4Q9QZR9 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col4a4Q9QZR9 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Col4a4Q9QZR9 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Col4a4Q9QZR9 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Col4a4Q9QZR9 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col4a4Q9QZR9 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.74
Col4a4Q9QZR9 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Col4a4Q9QZR9 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Col4a4Q9QZR9 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Col4a4Q9QZR9 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col4a4Q9QZR9 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col4a4Q9QZR9 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17 ms